Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,547,146 | A→T | 7.7% | V67E (GTG→GAG) | pydP ← | NCS1 family transporter PydP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,547,146 | 0 | A | T | 7.7% | 179.6 / 4.9 | 65 | V67E (GTG→GAG) | pydP | NCS1 family transporter PydP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/28); new base T (3/2); total (35/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
AACGACGAACGCAGCAGCACCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAGGACATC > NC_002947/4546999‑4547282 | aaCGACGAACGCAGCAGCACCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCAc < 8:277974/149‑1 (MQ=255) acgacgAACGCATCAGCACCGGAAACGGGATGACGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCTCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCAc < 3:285329/148‑1 (MQ=255) cgaACGCAGCAGCACCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCAcgccgc > 4:146504/1‑149 (MQ=255) gaACGCAGCAGCACCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACgccgcc > 7:285775/1‑149 (MQ=255) cGCAGCAGCACCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAg > 3:107695/1‑149 (MQ=255) agcaCCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAAGGCTTCGCCAACGCTGAGGACGAAGTAGGCGCTGAGCACGCCGCCGAGGgtg > 1:310847/1‑147 (MQ=255) gcaCCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAg < 7:312734/149‑1 (MQ=255) ccGGAAACGGGATGAAGTACTTGGTTCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGAACAATTACGTAGGCCAGCAAAATCGACAGCAGCGCTTCGCCAACGATCACGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGACGCAGAGGGTGTAGGTg > 4:287790/1‑149 (MQ=255) cGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTgg < 5:98576/149‑1 (MQ=255) cGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTgg < 4:122560/149‑1 (MQ=255) cGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGgtgt > 4:64967/1‑129 (MQ=255) cGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGgtgt < 3:64967/129‑1 (MQ=255) ggTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGc‑‑‑cc < 1:149604/148‑1 (MQ=255) gCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGc‑‑‑ccacc > 8:139682/1‑148 (MQ=255) ccGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAgg > 2:72730/1‑121 (MQ=255) ccGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAgg < 1:72730/121‑1 (MQ=255) ccGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGc‑‑‑ccaccca > 5:266265/1‑149 (MQ=255) ccGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGc‑‑‑ccaccca > 3:226422/1‑149 (MQ=255) aaaGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAggg < 6:255341/149‑1 (MQ=255) aaaGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAggg < 3:146504/149‑1 (MQ=255) 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aCGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAGCATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTgc < 1:278667/149‑1 (MQ=255) aCGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTgcg > 1:46479/1‑149 (MQ=255) aCGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTgcg > 7:320874/1‑149 (MQ=255) cGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTgcgc > 1:289110/1‑149 (MQ=255) ttACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTgg < 6:266265/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGCTAAATCGCCAGCAGCTCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGTCGGTGAGCACGCCGCCGAGTGTGTATGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑GCAGCCACAGGGCTGTGATTTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCa < 4:201543/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCa > 4:96003/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCtt < 1:178654/149‑1 (MQ=255) cAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTgg > 6:166954/1‑149 (MQ=255) aGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGCTGGGGGCCCACAGGGCGGTGATGTGCAATTTGTTCCAGGTGCGATGGTGCACCtt > 1:312025/1‑149 (MQ=255) aGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGt > 5:68538/1‑149 (MQ=255) aGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCACCAGCGCACCtggaa < 8:285775/149‑5 (MQ=255) aGCAAAAACGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGACCACGACGCCGAGGCTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGA‑‑‑CCACCCACAGGCCGCTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTAGGt > 4:94140/1‑149 (MQ=255) gCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTc < 5:255827/149‑1 (MQ=255) gCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTc > 6:255827/1‑149 (MQ=255) aaaTCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGt < 5:166954/149‑1 (MQ=255) tCGCCAGCAGCGCTTCGCCGACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTcc < 6:16124/120‑1 (MQ=255) tCGCCAGCAGCGCTTCGCCGACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTcc > 5:16124/1‑120 (MQ=255) gcagcGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTg > 8:93046/1‑124 (MQ=255) gcagcGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTg < 7:93046/124‑1 (MQ=255) gcagcGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCg > 5:153496/1‑149 (MQ=255) agcGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCggg < 2:46479/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCgggg > 3:281956/1‑149 (MQ=255) cGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTa < 3:96003/148‑1 (MQ=255) caaaCGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGAACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCAAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTGGTAgcg > 6:127537/3‑149 (MQ=255) cTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCt < 4:107695/149‑1 (MQ=255) cTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCt < 2:289110/149‑1 (MQ=255) gCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCAATTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGa < 7:178381/149‑1 (MQ=255) ccGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAg > 1:241289/1‑149 (MQ=255) ccctcggcggcGTGCTCACCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAGGa > 4:279349/6‑148 (MQ=255) aaGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAGGAc < 4:111001/149‑1 (MQ=255) tcggcggcGTGCTCACCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGt > 2:300603/3‑107 (MQ=255) tcggcggcGTGCTCACCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGt < 1:300603/105‑1 (MQ=255) tcggcggcGTGCTCACCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAGGACATc > 8:327475/3‑149 (MQ=255) ggcggcGTGCTCACCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAGGACATc < 7:327475/147‑1 (MQ=255) | AACGACGAACGCAGCAGCACCGGAAACGGGATGCCGTACTTGGTGCCGGGAAAGGCATTGAGGGTAAGCGGTATCAGCACGATTACGTTGGCCAGCAAAATCGCCAGCAGCGCTTCGCCAACGCTGAGGCCGAAGTAGGCGGTGAGCACGCCGCCGAGGGTGTAGGTGGGTACGCAG‑ATGGACATGC‑‑‑CCACCCACAGGGCGGTGATGTGCCATTTGTTCCAGGTGCGCTGGTGCACCTTGGTCGGTGCTATGTCGGGGTTGTAGCGCGGGCTGTCGAGGACATC > NC_002947/4546999‑4547282 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |