| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,730,126 | T→C | 8.7% | S440G (AGT→GGT) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,126 | 0 | T | C | 8.7% | 157.6 / 4.9 | 58 | S440G (AGT→GGT) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base C (2/3); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
GACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCCG > NC_002947/4729978‑4730274 | gacgGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACACGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACt > 4:33692/1‑149 (MQ=255) gggCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGt > 8:252219/1‑149 (MQ=255) cAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGcc < 7:296745/149‑1 (MQ=255) aGCACGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTC‑TACGGTTGGCCAACTGAAAGGCCCCGCCAATCACCCCCAGCGCGGCTTCATTCAACGCGTGGGACAGGGTTTGATTGCTGAAGACAGAAATTCCCAGATCCTC‑GGCCATGGTGCCg > 8:60246/1‑148 (MQ=255) gCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGGGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACCAGTGCCGa < 2:190502/149‑1 (MQ=255) cgccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACCAGTGCCGagga < 1:94574/149‑4 (MQ=255) ggtgTGGTTTGTTTTTATTAACGCTTCTTAGTGTTGGGCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTTTTTCATGCTACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGGCGAGATCCTG‑GGCACGTGTGGCGaggat < 8:133205/146‑5 (MQ=255) ggTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCAAGCCCAGATCATC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCattg > 6:361576/1‑149 (MQ=255) gTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCattgc > 5:350197/1‑149 (MQ=255) tCTAATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga < 3:292082/148‑1 (MQ=255) tataATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCACCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 1:92667/1‑149 (MQ=255) ataATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACCAGTGCCGa < 4:355612/132‑1 (MQ=255) ataATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACCAGTGCCGa > 3:355612/1‑132 (MQ=255) ttAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGATTGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCct > 1:211874/1‑149 (MQ=255) ttAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCct > 7:301311/1‑149 (MQ=255) aaCGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTGGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCctg < 6:377875/148‑1 (MQ=255) ttcttACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCAc > 6:63617/1‑149 (MQ=255) cttACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCAc < 3:265474/147‑1 (MQ=255) cttACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCAc > 5:151797/1‑147 (MQ=255) gTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCgg < 5:63617/149‑1 (MQ=255) gCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGc > 3:189824/1‑149 (MQ=255) cACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGcc > 3:349676/1‑148 (MQ=255) aCGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGa < 3:3045/149‑1 (MQ=255) cGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGAt < 6:73989/149‑1 (MQ=255) gTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATg < 7:252219/149‑1 (MQ=255) gcgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGCCCATCATG‑CCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACg > 7:351107/2‑149 (MQ=255) gccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGt < 3:251749/149‑1 (MQ=255) ccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTg < 2:75021/149‑1 (MQ=255) cATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTg > 6:131536/1‑148 (MQ=255) gCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAg < 2:355159/149‑1 (MQ=255) cgaaGCGTTGCATGAAGCAGCGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACAcc > 4:196284/4‑146 (MQ=255) gctgctTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAAcgcg > 8:340236/1‑149 (MQ=255) ctTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtc < 3:33692/148‑1 (MQ=255) cATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtcggt < 4:323868/148‑1 (MQ=255) tGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCtt < 6:350197/149‑1 (MQ=255) tGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCtt < 2:327212/149‑1 (MQ=255) cAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTg < 4:12862/148‑1 (MQ=255) gCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATc > 1:330583/1‑149 (MQ=255) ttCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCgg > 4:327753/1‑149 (MQ=255) gACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGAt > 8:21641/1‑149 (MQ=255) gTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCtt < 7:311268/149‑1 (MQ=255) ttGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTTTTGGCATCGGCGATGACCTTg < 6:151797/149‑1 (MQ=255) ttGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTg < 8:301311/149‑1 (MQ=255) gATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGAt < 2:110728/139‑1 (MQ=255) gATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGAt > 1:110728/1‑139 (MQ=255) gATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGAc > 6:35572/1‑148 (MQ=255) tGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGaa < 7:340236/149‑1 (MQ=255) gAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAacca > 7:52299/1‑149 (MQ=255) aaGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAaccacc < 7:21641/149‑1 (MQ=255) 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tGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTGGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAaccccct > 8:333261/1‑139 (MQ=255) tGCCCAGATCCTC‑GGAACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCg < 7:333261/140‑1 (MQ=255) cAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAg > 1:46787/1‑149 (MQ=255) tggaattC‑GGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGc > 4:278670/7‑149 (MQ=255) gCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACg < 5:35572/149‑1 (MQ=255) tGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCCg > 6:38501/1‑149 (MQ=255) | GACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTC‑GGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCCG > NC_002947/4729978‑4730274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |