| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,137,670 | C→T | 7.5% | intergenic (‑69/‑144) | PP_4522 ← / → PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,137,670 | 0 | C | T | 7.5% | 233.0 / 6.7 | 80 | intergenic (‑69/‑144) | PP_4522/PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/44); new base T (2/4); total (32/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
GGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACC > NC_002947/5137524‑5137808 | ggCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCt < 5:357301/149‑1 (MQ=255) gCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTg < 6:262043/149‑1 (MQ=255) gTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTGCCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTg > 7:166354/1‑147 (MQ=255) ttGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACGAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAAc > 2:142615/1‑149 (MQ=255) ttGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAAc > 1:38181/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTa < 2:75141/148‑1 (MQ=255) aaaGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGGAATTTCTGAACTaaag < 1:246914/149‑3 (MQ=255) aGCCCTGGTGGCGCACCTCGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGGAATTTCTGAACTaaag < 8:340985/147‑3 (MQ=255) aGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGGAATTTCTGAACTaaag > 7:340985/1‑145 (MQ=255) 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6:67516/147‑1 (MQ=255) atgaAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTccc < 6:140731/147‑1 (MQ=255) atgaAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCg > 7:67121/1‑149 (MQ=255) aaGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGgc < 4:184523/148‑1 (MQ=255) aTGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGcgctc > 5:185436/1‑149 (MQ=255) gcagcaGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCtt < 6:318776/149‑1 (MQ=255) 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gCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGaaa > 5:136376/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGt > 6:231043/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGt < 5:296287/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTcc < 8:7581/149‑1 (MQ=255) tCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTCCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTccc < 3:203126/149‑1 (MQ=255) ccATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccg > 1:70822/1‑149 (MQ=255) aaCGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAAc < 6:40641/149‑1 (MQ=255) aaCGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAAc < 6:185436/149‑1 (MQ=255) aaCGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCACTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAAATCCTGAACTAAGTATTAATC‑GGTAACGATTCTTCCCCGGCGCACGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAAAGTCCCTCCCCCCCGGCAAAc > 2:338471/1‑149 (MQ=255) ggTTCCACAAGGGTATGTGCGCACAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCt < 7:262682/132‑1 (MQ=255) ggTTCCACAAGGGTATGTGCGCACAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCt > 8:262682/1‑132 (MQ=255) gTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGTCCGCCGGCAAACcaca < 6:310048/149‑1 (MQ=255) gTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACcaca > 8:100491/1‑149 (MQ=255) ttCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCacac < 7:100491/149‑1 (MQ=255) cacaAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgcc > 6:202674/1‑134 (MQ=255) cacaAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgcc < 5:202674/134‑1 (MQ=255) acaAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTg > 6:155762/1‑148 (MQ=255) acaAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑CGTAGCGCTTCTTCCCCGGCGCTCGGTTGAGCAGACTTGGCCGAAAAGTCCCTGCCCGCCGGCAAACAACACGTg > 7:150964/1‑148 (MQ=255) ggTATGTGCTCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTTAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGgc < 4:333268/149‑1 (MQ=255) gTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATg > 5:81775/1‑146 (MQ=255) gTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATg < 6:81775/146‑1 (MQ=255) aaCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTc > 3:106742/1‑149 (MQ=255) tGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCa < 3:165122/80‑1 (MQ=255) tGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCa > 4:165122/1‑80 (MQ=255) tGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaa > 2:364341/1‑149 (MQ=255) ctctACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaa < 5:231043/147‑1 (MQ=255) ctACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa < 1:324249/149‑1 (MQ=255) 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gTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgac < 8:67121/149‑1 (MQ=255) ttCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgacc < 1:338471/149‑1 (MQ=255) | GGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTC‑GGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACC > NC_002947/5137524‑5137808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |