| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,338,053 | C→G | 9.3% | intergenic (+60/‑224) | PP_4696 → / → PP_mr53 | nitrogen regulation protein NR(I)/CrcZ ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,338,053 | 0 | C | G | 9.3% | 226.1 / 12.0 | 75 | intergenic (+60/‑224) | PP_4696/PP_mr53 | nitrogen regulation protein NR(I)/CrcZ ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/35); new base G (3/4); total (36/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
AAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGC > NC_002947/5337907‑5338199 | aaGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCcgcgc > 3:345971/1‑149 (MQ=255) gCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCgcgg > 1:117271/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCgcggc < 8:20175/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCgcggc < 4:195642/149‑1 (MQ=255) gCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCTGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAA‑CCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCcgcgcg > 1:226190/1‑143 (MQ=255) gCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGGCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc > 7:315442/1‑149 (MQ=255) gCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc < 7:60945/149‑1 (MQ=255) gCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAA‑CCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCcgcgcg < 2:226190/142‑1 (MQ=255) tAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTAGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCgg < 1:226758/149‑1 (MQ=255) aGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGGCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCt < 8:315442/149‑1 (MQ=255) cGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTca > 7:98089/1‑148 (MQ=255) gCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGGCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTcacc < 2:308496/149‑2 (MQ=255) gCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCt > 4:314470/1‑149 (MQ=255) tgtgGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGaa > 2:7752/1‑149 (MQ=255) gtgGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAAc > 7:7943/1‑149 (MQ=255) tgGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAAc < 6:209983/148‑1 (MQ=255) tgGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGCCTGT‑GAGGCCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCACCGacgccgcata < 6:86973/149‑7 (MQ=25) gAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACgtgt < 4:233410/149‑1 (MQ=255) gcc‑gccAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCa < 7:280423/147‑1 (MQ=255) gcc‑gccAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCa > 8:280423/1‑147 (MQ=255) gccAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCacgac > 8:332644/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCacgacg > 2:68539/1‑148 (MQ=255) cgcCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCTAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAacac < 8:98089/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACAccc < 2:128006/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACAccc < 6:356987/149‑1 (MQ=255) ggCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAg < 2:117271/148‑1 (MQ=255) cACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCacga > 8:105187/1‑129 (MQ=255) cACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCacga < 7:105187/129‑1 (MQ=255) cGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAAcacctc < 1:333780/149‑1 (MQ=255) cAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACacctcacctc < 8:109355/149‑1 (MQ=255) aaGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGCCGAACACCCCAGGTAACACCTCCACTcc > 7:247270/1‑149 (MQ=255) agCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAg > 8:347208/1‑130 (MQ=255) agCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAg < 7:347208/130‑1 (MQ=255) gCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGt < 8:27316/148‑1 (MQ=255) cAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGt > 2:352103/1‑130 (MQ=255) cAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGt < 1:352103/130‑1 (MQ=255) cGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTaaaaa < 3:314470/149‑1 (MQ=255) cTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATc < 7:332644/149‑1 (MQ=255) tACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTACCGTAAAAATCt > 2:286459/1‑149 (MQ=255) tACCAGCGAATAACCCACCTACGCACAGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGGAAAAATCt > 3:224467/1‑149 (MQ=255) ccAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCt < 2:57902/147‑1 (MQ=255) ccAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCt < 2:217778/147‑1 (MQ=255) ccAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGt < 1:186342/149‑1 (MQ=255) aGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACCTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGtt > 4:194953/1‑148 (MQ=255) gCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTAc > 4:294248/1‑149 (MQ=255) gCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTAc > 8:53249/1‑149 (MQ=255) cGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑TACACCCAGCGCCCCCCGCGCGGCGCTCGGCCACACAAGGCCAGAACGTGGCAAGACGAACACCCCCGCTAACACCAAACCTCCCCTAAAAATCTGTTaac > 6:242611/1‑147 (MQ=255) gAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTAccc < 8:7943/149‑1 (MQ=255) tAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAg < 4:83079/149‑1 (MQ=255) tAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAg < 1:68539/149‑1 (MQ=255) aCCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATc > 4:35032/1‑136 (MQ=255) aCCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATc < 3:35032/136‑1 (MQ=255) cccACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTTTGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCCGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCtt > 1:214300/1‑149 (MQ=255) cacACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTAAGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCtt > 8:20845/3‑149 (MQ=255) gcaccgcacGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGt > 3:340967/1‑148 (MQ=255) acGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTcc < 2:113933/149‑1 (MQ=255) cgcAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTcccc > 5:107185/1‑147 (MQ=255) cAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAgg > 2:267008/1‑149 (MQ=255) aGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGc < 1:286459/149‑1 (MQ=255) gatccgtgcgTAGGT‑GACACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTCTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAACCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTa < 8:237346/142‑1 (MQ=38) tGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACg < 6:371547/148‑1 (MQ=255) tgcgTAGGT‑GAGACCGAGCGCCTCCCGCGCGGCGCTCGGCCTAACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACGTCCCGTAAAAATCAGTTACCCAAGCTTTCCGCCGGACCAGTGCCCGAGGCGTAcagaac > 7:237346/2‑144 (MQ=255) gcgTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAAc < 1:7752/149‑1 (MQ=255) tCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGa > 2:38500/1‑148 (MQ=255) tCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTAGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGCCGAGCACCCCAGGTAACCCCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGTCGTACGGTAACgt > 6:71659/1‑147 (MQ=39) gT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTACCACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTACCAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAAtt > 3:299823/1‑149 (MQ=255) t‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTg < 3:294248/149‑1 (MQ=255) agaCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGc < 7:20845/148‑1 (MQ=255) aaagagAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCg < 8:37528/144‑1 (MQ=255) gccGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCACCGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa > 5:105041/2‑148 (MQ=255) gccGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCACCGGCCCTGAACGTGTCACGACCAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCCAGGCGTACGGAAACGAAATTGCGa > 5:54086/2‑148 (MQ=38) aCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGATCACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTCCCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa > 3:354751/1‑148 (MQ=255) aCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTCCCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa > 3:360487/1‑148 (MQ=255) aCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa > 1:153943/1‑148 (MQ=255) aCCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa > 4:232501/1‑148 (MQ=255) gAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACAtt < 6:107185/149‑1 (MQ=255) cgccgcCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTaa < 7:284720/131‑1 (MQ=255) cgccgcCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTaa > 8:284720/1‑131 (MQ=255) ccgcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCCTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGaa < 1:267008/149‑1 (MQ=255) cgcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTACCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGAGACATTTTGAAc > 3:147844/1‑149 (MQ=255) gcccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAAcc < 7:53249/149‑1 (MQ=255) cccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCt > 1:254207/1‑149 (MQ=255) cccgcGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCACCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCt > 3:270797/1‑149 (MQ=255) cgcgcgGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGc < 4:340967/149‑1 (MQ=255) gcgcgGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGc > 4:299507/1‑148 (MQ=255) | AAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCC‑GCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGT‑GAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGC > NC_002947/5337907‑5338199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |