Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,344,484 | C→G | 10.5% | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,484 | 0 | C | G | 10.5% | 92.0 / 2.4 | 36 | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/13); new base G (2/2); total (21/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGC > NC_002947/5344336‑5344631 | cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTc > 3:319384/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCg > 5:70164/1‑148 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 4:174892/149‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 5:303855/149‑1 (MQ=255) cTTCGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAg > 6:72178/1‑148 (MQ=255) ggTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGa < 2:275008/147‑1 (MQ=255) tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGttt < 5:72178/149‑1 (MQ=255) gaGCCTGGACGACAGCGCCGAAGACTGTTAGACCAAAGTTCTGATCAACTCCTTCCGCGGCCGTCAGCGCGGTTGATCCGAGCTTGTCCCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGttt < 8:285785/148‑1 (MQ=255) gCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACGCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc > 5:321738/1‑149 (MQ=255) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 7:61892/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTC‑‑CTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAccc < 1:140307/149‑1 (MQ=21) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAccc > 4:279839/1‑142 (MQ=255) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAccc < 3:279839/142‑1 (MQ=255) cgcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTTATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggcc < 7:177302/149‑1 (MQ=255) cGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 7:267174/128‑1 (MQ=255) cGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg > 8:267174/1‑128 (MQ=255) aCCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CGACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAacac > 6:110789/1‑149 (MQ=255) tGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAAACCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACCCGTTACCTCGTAGGAGCCGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCAGGTTGGACACCGCTACCAGc > 1:299590/1‑149 (MQ=38) aTCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGt > 4:287801/1‑104 (MQ=255) aTCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGt < 3:287801/104‑1 (MQ=255) tactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTTAACCCG‑‑C‑‑CGACCCGGCAACGCGGTACCGCGTAGGGGCGGGGTTAACCGCGCAGAGGCCGGGCCCGGGTGCACCCCGCGCCCCGCGACACAGt > 8:79279/1‑149 (MQ=255) ttCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCt > 8:87983/1‑148 (MQ=255) cgcgGCCGTCCCCGCGGTTTATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTGGCGGGTAACCCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCTTCGGAGCGGGTTAACCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTAt < 6:70164/148‑1 (MQ=255) ccGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCTTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa < 7:87983/149‑1 (MQ=255) cggggTTGATCCGCGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCTTTACCTGGTTGGTGGGGGTTTACCCGCGATTTGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 4:319384/146‑1 (MQ=255) ggCCTCTCGGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTATTAGCGGGTTTACCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag < 5:110789/149‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg > 2:10457/1‑148 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCACTTACAAGAGCAg > 6:189191/1‑148 (MQ=255) gggTAAACCCGCTC‑‑CTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCAccc > 3:51689/1‑149 (MQ=21) gTAAACCCG‑‑CTACTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGACGTTGCAGTCCATCGCACCAAACAagag > 6:26725/1‑136 (MQ=18) aCCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCCCCCGCCATg > 2:85683/1‑149 (MQ=255) ccG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 8:354976/1‑149 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCCCTCCAAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGCCCAGCCGCCAAGTACGATATc > 6:6822/1‑149 (MQ=39) aaCGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCaaa > 4:256802/1‑149 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACATGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcccc > 5:318897/1‑149 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCGCAGGTTGACCACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGGCGTTGCAGTCCGTCGCCCCGAGCAAGAGCAGGACCACACGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCCGGc > 8:281022/1‑149 (MQ=38) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc > 5:48586/1‑149 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa > 5:115072/1‑110 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa < 6:115072/110‑1 (MQ=255) | CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑C‑‑CTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGC > NC_002947/5344336‑5344631 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |