Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,629,625 | G→T | 12.6% | A214D (GCT→GAT) | putP ← | sodium/L‑proline transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,629,625 | 0 | G | T | 12.6% | 135.4 / 3.9 | 50 | A214D (GCT→GAT) | putP | sodium/L‑proline transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/25); new base T (5/2); total (23/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTCTGGTCGAAGCCACCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACGCAGCAGCCCGCTATTGTCTTC > NC_002947/5629477‑5629767 | ggTCTGGTCGAAGCCACCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAg < 1:22473/149‑1 (MQ=255) gTCGAAGCCACCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCacac > 3:114732/1‑148 (MQ=255) gAAGTCACCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACaaa < 2:145605/148‑1 (MQ=255) cACCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGtt < 8:237012/149‑1 (MQ=255) aCCGGTTGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGttt < 5:91658/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGttt < 6:191048/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGtt > 6:22305/1‑148 (MQ=255) ccGGTGGAGATTAGCACTATTTCCGGTGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGTTATCGGTCCAGAGCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAATGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTc < 4:114732/149‑1 (MQ=255) tGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCTTGTACTGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTAc < 3:229111/149‑1 (MQ=255) gaTCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGAGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGACAACAAAGCGGTTTCGTACGACa > 2:169940/1‑149 (MQ=255) cAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGc > 7:6575/1‑149 (MQ=255) aCGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGaa < 7:96767/149‑1 (MQ=255) cGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAg < 7:274071/149‑1 (MQ=255) cGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGACTAGGAGATCGTCG‑CCCCCGCACCATCACAAAAAAACGTTTACTCCGACATCCCTAAGGAGcact > 8:276876/1‑149 (MQ=255) gATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCg < 2:211846/118‑1 (MQ=255) gATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCg > 1:211846/1‑118 (MQ=255) gATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGAACCAGACAACAAAGCGGTTTAGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGAc > 8:305723/1‑149 (MQ=255) tCAGCGAGAAGATCATCAGCGATTCCTTTACGGTATCTGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACgg < 6:202515/149‑1 (MQ=255) gcgAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACgg > 1:52496/1‑144 (MQ=255) gcgAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACgg < 2:52496/144‑1 (MQ=255) cgAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGAACAAGGTCG‑ACGCCGAAACATAAAAAAAAAAAGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCg > 4:271837/1‑149 (MQ=255) tcaGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATg > 1:372280/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGa < 5:287115/149‑1 (MQ=255) aaGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAg < 2:342376/149‑1 (MQ=255) aaGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAg < 7:305723/149‑1 (MQ=255) gCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGGCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAACGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGc < 3:113352/149‑1 (MQ=255) ccTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGca < 1:169940/149‑1 (MQ=255) tGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGca > 3:256338/1‑147 (MQ=255) tGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGca > 3:186119/1‑147 (MQ=255) tGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGca > 1:5829/1‑147 (MQ=255) tACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCTCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACCTGCCGAAGGTGCTCTCGCACAGACGGGCACCGCACACGATGCCGGAGGCACAg > 3:90925/1‑148 (MQ=255) gTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACGTGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGACGGAGGCACAGTAGAt > 3:41354/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTg > 1:12608/1‑147 (MQ=255) tCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGAACAAGGTCG‑ACGCCGAAACATAAAAAAAAACAGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTg > 6:90637/1‑146 (MQ=255) gCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCGCCCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTgaagaa > 1:273701/1‑148 (MQ=255) tCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGAACAAGGTCG‑ACGCCGAAACATAAAAAAAAAAATTTTCGTACTACATGCCGAAGGTGATCTCGAACAGACGGGAACCGGCCACTATGCCGGAGTCACAGTAGATGGTGAAGAacac > 8:347525/1‑148 (MQ=255) aCCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCa < 1:269434/148‑1 (MQ=255) aGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGAc < 3:271837/149‑1 (MQ=255) gAAGCCACCAACGAAGGTGTAGAACAAGGTCG‑ACGCCGAAACATAAAAAAAAAAAATTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGa > 4:142428/1‑149 (MQ=255) caccaACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGa > 1:234604/1‑141 (MQ=255) caccaACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGa < 2:234604/141‑1 (MQ=255) caACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGaa < 8:6575/149‑1 (MQ=255) aaCGTAGGTGTAGGCGCTGGTCG‑GCGCCGCACCAGCCCACAATGCGGTTTCGTACGACATGCCGATGGTGCTCTGGAACTGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGaaa < 7:276876/149‑1 (MQ=255) aCGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAAt < 4:256338/149‑1 (MQ=255) cGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAAt > 7:296336/1‑148 (MQ=255) gtgtAGTCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACg < 6:360549/149‑1 (MQ=255) tAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACgca < 2:372280/148‑1 (MQ=255) g‑ccgccgcACGATCCCACAAAGCGGTTTCGTCCGACATGCCGAAGGTTCTCTCGAACAGTCGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACGCAGCAGCCCGCTAtt < 7:354161/149‑1 (MQ=255) g‑ccgccgcACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACGCAGCAGCCCGCTAtt > 8:277035/1‑149 (MQ=255) cagcACCATCCCAAAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCAACGGCCACGATGGCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACGCAGCAGGCCGCTATTGTCt < 2:12608/147‑1 (MQ=255) gcACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACCTGACGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACGCAGCAGCCCGCTATTGTCTTc < 4:41354/149‑1 (MQ=255) | GGTCTGGTCGAAGCCACCGGTGGAGATCAGCACGATTACCGGGGTCAGGATCAGCGCGAAGATCATCAGCGAAGCCTGTACGGTATCGGTCCAGCTCACCGCCAGGAAGCCACCAACGAAGGTGTAGGCGATGGTCG‑CCGCCGCACCAGCCCACAAAGCGGTTTCGTACGACATGCCGAAGGTGCTCTCGAACAGACGGGCACCGGCCACGATGCCGGAGGCACAGTAGATGGTGAAGAACACCAGGATGACGATGGCGGAAATGATACGCAGCAGCCCGCTATTGTCTTC > NC_002947/5629477‑5629767 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |