| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,749,046 | G→T | 6.7% | Q312K (CAG→AAG) | typA ← | ribosome associated GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,749,046 | 0 | G | T | 6.7% | 188.6 / 3.0 | 60 | Q312K (CAG→AAG) | typA | ribosome associated GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/31); new base T (2/2); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
ACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACG > NC_002947/5748907‑5749194 | aCCTTGCTCTTGTCTGTGGAGGCGGTCTCCTGAAGGCGCAGGGCAACGTTGAACACGAGCTGCTTGTCGAGACGCTCCTTTCTGTTTCGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTTCCAGGTCaa < 8:138585/149‑2 (MQ=255) ccTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATc < 8:8568/149‑1 (MQ=255) ccTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATc < 7:290956/149‑1 (MQ=255) cTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATc > 2:274259/1‑148 (MQ=255) ttGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCg > 8:227262/1‑148 (MQ=255) ttGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCg > 4:76667/1‑148 (MQ=255) aaCTTGTCTGGGGAGTCTGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACTAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGaaa < 7:65420/148‑1 (MQ=255) aaCTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGaaa < 5:329892/148‑1 (MQ=255) aCTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAATTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACg < 1:287212/149‑1 (MQ=255) cTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGCACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACgg > 1:37550/1‑149 (MQ=255) gTCGGGGGAGGCGGTCTCCTGATCGCGGAGGGCATCGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCGTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGATGGTCATCGAATCGGTc < 2:155201/148‑1 (MQ=255) tCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCgg < 5:112492/149‑1 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGc < 2:193859/146‑1 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGc < 8:12694/146‑1 (MQ=255) ggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCg > 5:112291/1‑148 (MQ=255) gTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGCACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCaa > 6:109077/1‑149 (MQ=255) gTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCaa > 7:135574/1‑149 (MQ=255) gTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCaa < 1:339577/149‑1 (MQ=255) cGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAAc < 6:112291/148‑1 (MQ=255) gTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGt > 4:10790/1‑149 (MQ=255) cTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCa < 3:10790/146‑1 (MQ=255) cTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCg > 5:75627/1‑149 (MQ=255) gggCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCt < 7:106861/149‑1 (MQ=255) ggCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCtt > 1:198322/1‑149 (MQ=255) cAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGTTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGATGACCTTCCAGGTCaa < 1:170881/106‑2 (MQ=255) cAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGTTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGATGAACTTCCAGGTCaa > 2:170881/1‑105 (MQ=255) tACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAATCGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATc < 1:274259/149‑1 (MQ=255) agcagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCgg > 3:345080/1‑149 (MQ=255) catcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCgggg < 3:222881/146‑1 (MQ=255) cTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGgcg > 6:113064/1‑148 (MQ=255) gTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAgg < 6:75627/148‑1 (MQ=255) tCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGACCGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGgt < 4:290098/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga < 2:198322/149‑1 (MQ=255) tCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGAt < 5:113064/149‑1 (MQ=255) tCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGAt < 3:76667/149‑1 (MQ=255) ttGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCa > 7:280807/1‑120 (MQ=255) ttGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCa < 8:280807/120‑1 (MQ=255) gCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCg > 1:32543/1‑148 (MQ=255) tGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga < 5:82459/129‑1 (MQ=255) tGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga > 6:82459/1‑129 (MQ=255) gAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCCCAGGGTGTCGGAGCTGAACAGCTCATCGAAACCGCTGa > 7:140164/1‑149 (MQ=255) gAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGa < 4:345080/149‑1 (MQ=255) aaCTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGAt > 7:239690/1‑149 (MQ=255) cTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATg > 4:112410/1‑148 (MQ=255) ttGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAg > 8:187315/1‑110 (MQ=255) ttGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAg < 7:187315/110‑1 (MQ=255) gCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAAc > 4:70347/1‑124 (MQ=255) gCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAAc < 3:70347/124‑1 (MQ=255) cttcttTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCg > 5:135617/1‑137 (MQ=255) cttcttTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCg < 6:135617/137‑1 (MQ=255) cttcttTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGAc > 7:192345/1‑148 (MQ=255) tACCGCAGAACGGGGAGTCGTTGACCTGGAATGTCATCGAAAGGGTCGGCTCGTGAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATc < 5:283749/148‑1 (MQ=255) aCGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTgg < 8:135574/149‑1 (MQ=255) tttCGATGACCTTCCAGGTCAACGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGcttct > 8:109750/3‑149 (MQ=255) aGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAgg > 7:274909/1‑86 (MQ=255) aGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAgg < 8:274909/86‑1 (MQ=255) gTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGa > 1:321931/1‑149 (MQ=255) tGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGAc < 8:192345/148‑1 (MQ=255) gACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGAc < 2:132391/120‑1 (MQ=255) gACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGAc > 1:132391/1‑120 (MQ=255) ggAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCAAACGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTACGACGTCaatg > 1:110918/1‑147 (MQ=255) | ACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCTGGAAGGTCATCGAAACGGTCGGCTCGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACG > NC_002947/5748907‑5749194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |