Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 524,173 | G→A | 9.6% | intergenic (+40/‑776) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 524,173 | 0 | G | A | 9.6% | 135.6 / 3.8 | 52 | intergenic (+40/‑776) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/25); new base A (2/3); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.24e-01 |
GATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGA > NC_002947/524029‑524319 | gATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAg < 8:15504/148‑1 (MQ=255) aTGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGc > 2:4154/1‑149 (MQ=255) cAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGATGTCGTTTGGTCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCTACCGGC‑CTcccc < 4:123297/149‑1 (MQ=255) cAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCTACTGGC‑CTcccc < 6:83293/149‑1 (MQ=255) cAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTccc < 6:239950/148‑1 (MQ=255) tGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAg > 6:129646/1‑138 (MQ=255) tGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAg < 5:129646/138‑1 (MQ=255) cGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGt > 7:332068/1‑149 (MQ=255) cAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCCAGCGGGCAAGAAGACGTTTGGCCGGGTTTCCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCCGTATGC‑CGACCCGCGTTGtttt > 6:315650/1‑149 (MQ=255) gACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTggg < 8:332068/149‑1 (MQ=255) ttCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTTGGGtt > 4:243346/1‑149 (MQ=255) tCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGGGGGCGCGCCCCGC‑ATGTTTTTGGGGgtt > 2:196701/1‑149 (MQ=255) cATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTCCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATACAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGttt < 1:363761/148‑1 (MQ=255) gTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGGGGGCGGGGGGGC‑GGACCCCCGGTGTTTTTTGGGTTtggt > 6:237504/1‑149 (MQ=255) tttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGTTGGG‑AGCACCGCGTTGTTTTTTTGGGTtggtgg > 7:135336/1‑149 (MQ=255) tttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTtggtg < 3:243346/148‑1 (MQ=255) ttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGGCCGTAGGC‑CTCCCCCCGTTTTTTTTGGGGTTTtgtggt > 8:42564/1‑149 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGc > 6:259693/1‑121 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGc < 5:259693/121‑1 (MQ=255) ttGCTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGGGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGc < 5:259694/121‑1 (MQ=255) ggTGCTACCCTTGTGTGCCAAGCGGGAAATAAGGGGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGTGTGATGGCCTGGATGGTGTAGCTATATCGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtgt < 5:237504/147‑1 (MQ=255) ggTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtgtt < 3:148849/148‑1 (MQ=255) gTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTATGC‑CGCCCCCCGTTGTTTTTGTGGGTTGGGGGTTggggtttt > 4:45885/1‑142 (MQ=255) gCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGAAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGGCGGGAGGC‑CGCCCCGCGGTGTTTTTGGGGGTTGGTGGGTGGtgttggat > 1:119816/1‑146 (MQ=255) cTACCTCTGTGTGCCAAGCGGGCAAGCAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTag < 4:248948/148‑1 (MQ=255) aCCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCCGGTGGC‑CAGCCCGCCTTGTTTTTTGGGGTTTGTGGTTGGttttgtttggg > 3:162579/1‑144 (MQ=255) ccATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTTCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagggg > 7:306492/1‑147 (MQ=255) ccAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGCGGCCCGGAGGC‑CAACCCGCGTTTTTTTTTTGGTTTTGTGGTTGCTGTTGTTAGGGGAGGGGGCTGt > 2:77359/1‑149 (MQ=255) aaGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGGTGGG‑GGAGCCGGAGTGTTTTTTGGGGTTGGTGGGTGGGGTTGTtgggggggggggggggtt > 8:142979/1‑143 (MQ=255) aaGCGGGCAAGAAGTCGTTTGCCCGGGTTACCCTCACGGGGGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGttt < 7:195856/149‑1 (MQ=255) aGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGGGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGtttt < 1:77359/149‑1 (MQ=255) cGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCTACCGGC‑CTccc < 7:265493/94‑1 (MQ=39) cGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTga < 4:39290/149‑1 (MQ=255) cGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTga < 1:4154/149‑1 (MQ=255) ggCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTTTTTTTTGGGTTTGGTGGGTGCTGTTTTAGGGGGGGGGGGCTGGTTTgtga > 2:132529/1‑149 (MQ=255) ggCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTGCCCCCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGGTGCTGTTTTAGGGGGAGGGGGGGGTTTTgt > 5:181327/1‑146 (MQ=255) cAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGTTGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAgg < 7:42564/149‑1 (MQ=255) agaagTCGTTTGGCGGGTTTACCCTCATGGCTGAGTGTTTGCGTGGTTGGTGTAGCTATATCGAAGC‑GGGGAGGCGGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGgt < 3:189823/149‑1 (MQ=38) gTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGTTGGC‑CGCCCCGCGGTGTTTTTTGGGTTTGGTGGTTTGTGTTGTTTGGGGGGGGGGGGGGTTTGTGAGGGGGTTg > 8:6942/1‑149 (MQ=255) gTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGGCGGGTGGC‑GGCCCCCCGTTGTTTTTTGGGGTTGTTGGGGGGTGTTGTTGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGAGGGTGTTgggg > 6:103907/1‑147 (MQ=255) cGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAt < 3:45885/149‑1 (MQ=255) cccTCAAGGCTCTCTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTcc < 1:132529/148‑1 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGCGGCCGGGAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTTGGGTTTGGGGGTTGGTGTTGTATGGGGAGGGGGGGGTTTTGATCGGGTGTTGGCGGTGCGGTGTGTGCGCca > 1:49169/1‑149 (MQ=37) taGAAGG‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGccgccc < 4:162579/149‑1 (MQ=255) aaGC‑GGGGAGGCCTACCGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcg > 5:354371/1‑149 (MQ=255) gC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTc > 4:23606/1‑149 (MQ=255) ggggAGGCCTACCGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGACAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCg > 6:167741/1‑149 (MQ=18) ggggAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCg < 7:142979/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTGTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGCGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCtt < 5:131372/149‑1 (MQ=255) gcgggTAGGC‑CTGCCCGCGTTGTTTTTGGGGGTTGGGGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCGTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 8:306492/146‑1 (MQ=21) gCCGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 2:49169/149‑1 (MQ=255) ccGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgag < 3:23606/149‑1 (MQ=255) ccGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGGGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgag < 5:315650/149‑1 (MQ=255) ggTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCCTCCGGCTTgaga > 8:213197/1‑148 (MQ=255) | GATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGA > NC_002947/524029‑524319 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |