| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 524,180 | T→G | 22.9% | intergenic (+47/‑769) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 524,180 | 0 | T | G | 22.9% | 84.7 / 3.0 | 53 | intergenic (+47/‑769) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/24); new base G (9/4); total (25/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATTCACC > NC_002947/524036‑524327 | cAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGATGTCGTTTGGTCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCTACCGGC‑CTcccc < 4:123297/149‑1 (MQ=255)cAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCTACTGGC‑CTcccc < 6:83293/149‑1 (MQ=255)cAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTccc < 6:239950/148‑1 (MQ=255) cGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGt > 7:332068/1‑149 (MQ=255) cAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCCAGCGGGCAAGAAGACGTTTGGCCGGGTTTCCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCCGTATGC‑CGACCCGCGTTGtttt > 6:315650/1‑149 (MQ=255) gACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTggg < 8:332068/149‑1 (MQ=255) ttCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTTGGGtt > 4:243346/1‑149 (MQ=255) tCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGGGGGCGCGCCCCGC‑ATGTTTTTGGGGgtt > 2:196701/1‑149 (MQ=255) 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ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGc < 5:259693/121‑1 (MQ=255) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGc > 6:259693/1‑121 (MQ=255) ttGCTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGGGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGc < 5:259694/121‑1 (MQ=255) ggTGCTACCCTTGTGTGCCAAGCGGGAAATAAGGGGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGTGTGATGGCCTGGATGGTGTAGCTATATCGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtgt < 5:237504/147‑1 (MQ=255) ggTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtgtt < 3:148849/148‑1 (MQ=255) gTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTATGC‑CGCCCCCCGTTGTTTTTGTGGGTTGGGGGTTggggtttt > 4:45885/1‑142 (MQ=255) 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aaGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGGTGGG‑GGAGCCGGAGTGTTTTTTGGGGTTGGTGGGTGGGGTTGTtgggggggggggggggtt > 8:142979/1‑143 (MQ=255) aaGCGGGCAAGAAGTCGTTTGCCCGGGTTACCCTCACGGGGGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGttt < 7:195856/149‑1 (MQ=255) aGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGGGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGtttt < 1:77359/149‑1 (MQ=255) cGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCTACCGGC‑CTccc < 7:265493/94‑1 (MQ=39) cGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTga < 1:4154/149‑1 (MQ=255) cGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTga < 4:39290/149‑1 (MQ=255) ggCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTTTTTTTTGGGTTTGGTGGGTGCTGTTTTAGGGGGGGGGGGCTGGTTTgtga > 2:132529/1‑149 (MQ=255) ggCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTGCCCCCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGGTGCTGTTTTAGGGGGAGGGGGGGGTTTTgt > 5:181327/1‑146 (MQ=255) cAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGTTGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAgg < 7:42564/149‑1 (MQ=255) agaagTCGTTTGGCGGGTTTACCCTCATGGCTGAGTGTTTGCGTGGTTGGTGTAGCTATATCGAAGC‑GGGGAGGCGGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGgt < 3:189823/149‑1 (MQ=38) gTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGTTGGC‑CGCCCCGCGGTGTTTTTTGGGTTTGGTGGTTTGTGTTGTTTGGGGGGGGGGGGGGTTTGTGAGGGGGTTg > 8:6942/1‑149 (MQ=255) 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aaGC‑GGGGAGGCCTACCGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcg > 5:354371/1‑149 (MQ=255) gC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTc > 4:23606/1‑149 (MQ=255) ggggAGGCCTACCGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGACAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCg > 6:167741/1‑149 (MQ=18) ggggAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCg < 7:142979/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTGTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGCGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCtt < 5:131372/149‑1 (MQ=255) gcgggTAGGC‑CTGCCCGCGTTGTTTTTGGGGGTTGGGGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCGTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 8:306492/146‑1 (MQ=21) gCCGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 2:49169/149‑1 (MQ=255) ccGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgag < 3:23606/149‑1 (MQ=255) ccGGTAGGC‑CGCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGGGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTgag < 5:315650/149‑1 (MQ=255) ggTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCCTCCGGCTTgaga > 8:213197/1‑148 (MQ=255) gC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATTCa > 6:72301/1‑149 (MQ=255) gC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAAGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATTCa > 1:303442/1‑149 (MQ=255) cTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATTCAcc < 5:321159/149‑1 (MQ=255) | CAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGC‑CTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATTCACC > NC_002947/524036‑524327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |