| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,436 | T→C | 20.2% | intergenic (+32/+57) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,436 | 0 | T | C | 20.2% | 95.3 / 22.0 | 55 | intergenic (+32/+57) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/21); new base C (4/7); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-02 | |||||||||||
CGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTC > NC_002947/5984298‑5984582 | cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCg > 7:264005/1‑149 (MQ=255)cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTAcagcc > 4:235331/1‑144 (MQ=255) tCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt > 2:37500/1‑149 (MQ=255) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGTCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGAGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 5:217455/148‑1 (MQ=255) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAg < 1:340087/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg < 5:189232/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg > 8:112439/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCTGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTTTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 6:213619/148‑1 (MQ=37) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:32943/149‑1 (MQ=38) 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(MQ=255) cGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGttt > 1:235905/1‑95 (MQ=255) aGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAgg < 6:105205/149‑1 (MQ=255) cccttgtaaTCACGCATCCCTTGGGCGGGCTTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTAGGGGCGGCTGTTGGGGGGGTTTAACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGc < 8:74125/141‑1 (MQ=255) cTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCgg > 5:353578/1‑148 (MQ=255) tttGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCGGCGACGGTGGGCGGGAGGGGCGGGGTTTCCC‑GCGAAGAGGGCAGTACAGGGTTACATAAGCGCGAGGCCCGCGCGGGGGTGCTGTTGATGAGGGTggggga > 8:341138/1‑147 (MQ=255) aTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 7:112439/149‑1 (MQ=255) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTGCAACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGGTTTCCC‑GCGAAGACGCCAGGACAGGTTTACATGAGCGCGAGGCCACCGCGGCGTAGCTGTTCAAGAGGTTGGGGTAGTTGGGGATa > 7:100090/1‑149 (MQ=37) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:114749/1‑129 (MQ=255) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:114749/129‑1 (MQ=255) cATAGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTCGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc < 3:301713/149‑1 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCt < 8:264005/148‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCACTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc > 3:287941/1‑149 (MQ=255) tgtcCCGGCCGCTTGGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCGGGGGGGTAGGGGGGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGTTGCGa < 8:100090/149‑1 (MQ=38) cGGCCTCTTCGGGGGTATACCCGCTCCTACGGTGGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagca < 8:89814/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTCCCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGCTACGCTGCGACAGCAGGTTAcc > 3:234853/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCTGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGGGTAGCTGTTCAGCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:89551/1‑149 (MQ=255) 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ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg > 4:279667/1‑146 (MQ=38) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:188823/1‑149 (MQ=255) cGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 3:47051/1‑149 (MQ=38) gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 1:104658/149‑1 (MQ=255) | CGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTC > NC_002947/5984298‑5984582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |