| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,442 | G→A | 16.7% | intergenic (+38/+51) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,442 | 0 | G | A | 16.7% | 127.7 / 18.1 | 60 | intergenic (+38/+51) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/25); new base A (3/7); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-02 | |||||||||||
CGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGC > NC_002947/5984298‑5984589 | cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCg > 7:264005/1‑149 (MQ=255) tCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt > 2:37500/1‑149 (MQ=255) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGTCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGAGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 5:217455/148‑1 (MQ=255) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAg < 1:340087/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg < 5:189232/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg > 8:112439/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCTGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTTTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 6:213619/148‑1 (MQ=37) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:32943/149‑1 (MQ=38) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:27229/149‑1 (MQ=38) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCg < 3:235331/148‑1 (MQ=38) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCggg < 4:179433/149‑1 (MQ=38) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTTCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAc > 8:340021/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAc > 4:27850/1‑149 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAccc < 1:37500/149‑1 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTCGTGACGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCGGCCTTTGATTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTATTCCCGCTGCTACGGTCGGGGGTAGGGGCGGGTTTAccc > 1:46756/1‑149 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGGTCCTACGGGCGGCGGGAGGGGCGGGTTTTCCc‑gcg > 3:43443/1‑148 (MQ=39) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCc‑gcg > 2:104658/1‑148 (MQ=255) cggcggGCAGCGGCCGGCGCTGGTGTCGCAGGTGGGGGGAGGCCGGATTC‑GTGTCAGGCTGCCTTTGAAGCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGGGCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAaga < 3:27850/149‑1 (MQ=37) 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(MQ=255) cGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGttt > 1:235905/1‑95 (MQ=255) aGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAgg < 6:105205/149‑1 (MQ=255) cccttgtaaTCACGCATCCCTTGGGCGGGCTTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTAGGGGCGGCTGTTGGGGGGGTTTAACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGc < 8:74125/141‑1 (MQ=255) cTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCgg > 5:353578/1‑148 (MQ=255) tttGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCGGCGACGGTGGGCGGGAGGGGCGGGGTTTCCC‑GCGAAGAGGGCAGTACAGGGTTACATAAGCGCGAGGCCCGCGCGGGGGTGCTGTTGATGAGGGTggggga > 8:341138/1‑147 (MQ=255) aTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 7:112439/149‑1 (MQ=255) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTGCAACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGGTTTCCC‑GCGAAGACGCCAGGACAGGTTTACATGAGCGCGAGGCCACCGCGGCGTAGCTGTTCAAGAGGTTGGGGTAGTTGGGGATa > 7:100090/1‑149 (MQ=37) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 1:114749/1‑129 (MQ=255) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca < 2:114749/129‑1 (MQ=255) cATAGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTCGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc < 3:301713/149‑1 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCt < 8:264005/148‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCACTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc > 3:287941/1‑149 (MQ=255) tgtcCCGGCCGCTTGGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCGGGGGGGTAGGGGGGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGTTGCGa < 8:100090/149‑1 (MQ=38) cGGCCTCTTCGGGGGTATACCCGCTCCTACGGTGGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagca < 8:89814/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTCCCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGCTACGCTGCGACAGCAGGTTAcc > 3:234853/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCTGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGGGTAGCTGTTCAGCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:89551/1‑149 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGcc < 7:341138/149‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGcc > 2:45133/1‑149 (MQ=25) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGATGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCt > 6:253981/1‑149 (MQ=255) tAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt < 1:45133/149‑1 (MQ=37) gccGCTCGTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑TCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCTTCAGGTTGGGGTAGTTGGGGATACGGTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:46756/148‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGGTACCCAGCCCTGCggt > 8:261283/1‑147 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCACTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 4:287941/149‑1 (MQ=255) accGCTCCTACGTTCGGGTTTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTTCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGTGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:41948/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTAGGCTGTAGCGGCGGCTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGTTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAAGCTGAGACAGCAGGTTACCCCGCCCTTCGATg > 6:147029/1‑149 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg < 3:279667/146‑1 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg > 4:279667/1‑146 (MQ=38) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:188823/1‑149 (MQ=255) cGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 3:47051/1‑149 (MQ=38) gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 1:104658/149‑1 (MQ=255) ccTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt > 1:18330/1‑149 (MQ=255) aCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 7:162863/1‑149 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 2:188823/149‑1 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 3:162582/149‑1 (MQ=255) cGGGCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 4:43443/147‑1 (MQ=255) cGGGCGGCGGTTGGGGGGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 6:353578/147‑1 (MQ=255) | CGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGC > NC_002947/5984298‑5984589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |