| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,455 | G→A | 16.4% | intergenic (+51/+38) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,455 | 0 | G | A | 16.4% | 136.5 / 18.1 | 61 | intergenic (+51/+38) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (3/7); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.39e-01 | |||||||||||
TTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAG > NC_002947/5984308‑5984603 | ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg < 5:189232/149‑1 (MQ=255)ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg > 8:112439/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCTGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTTTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 6:213619/148‑1 (MQ=37) 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tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAc > 4:27850/1‑149 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAccc < 1:37500/149‑1 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTCGTGACGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCGGCCTTTGATTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTATTCCCGCTGCTACGGTCGGGGGTAGGGGCGGGTTTAccc > 1:46756/1‑149 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGGTCCTACGGGCGGCGGGAGGGGCGGGTTTTCCc‑gcg > 3:43443/1‑148 (MQ=39) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCc‑gcg > 2:104658/1‑148 (MQ=255) 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3:301713/149‑1 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCt < 8:264005/148‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCACTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc > 3:287941/1‑149 (MQ=255) tgtcCCGGCCGCTTGGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCGGGGGGGTAGGGGGGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGTTGCGa < 8:100090/149‑1 (MQ=38) cGGCCTCTTCGGGGGTATACCCGCTCCTACGGTGGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagca < 8:89814/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTCCCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGCTACGCTGCGACAGCAGGTTAcc > 3:234853/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCTGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGGGTAGCTGTTCAGCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 1:89551/1‑149 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGcc < 7:341138/149‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGcc > 2:45133/1‑149 (MQ=25) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGATGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCt > 6:253981/1‑149 (MQ=255) tAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt < 1:45133/149‑1 (MQ=37) gccGCTCGTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑TCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCTTCAGGTTGGGGTAGTTGGGGATACGGTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:46756/148‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGGTACCCAGCCCTGCggt > 8:261283/1‑147 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCACTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 4:287941/149‑1 (MQ=255) accGCTCCTACGTTCGGGTTTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTTCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGTGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:41948/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTAGGCTGTAGCGGCGGCTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGTTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAAGCTGAGACAGCAGGTTACCCCGCCCTTCGATg > 6:147029/1‑149 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg < 3:279667/146‑1 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg > 4:279667/1‑146 (MQ=38) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:188823/1‑149 (MQ=255) cGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 3:47051/1‑149 (MQ=38) gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 1:104658/149‑1 (MQ=255) ccTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt > 1:18330/1‑149 (MQ=255) aCGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 7:162863/1‑149 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 2:188823/149‑1 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 3:162582/149‑1 (MQ=255) cGGGCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 4:43443/147‑1 (MQ=255) cGGGCGGCGGTTGGGGGGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc < 6:353578/147‑1 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGTCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa < 5:253981/149‑1 (MQ=255) tCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 4:32458/1‑149 (MQ=255) gCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTcg > 8:202862/1‑149 (MQ=255) gCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTcg > 8:208377/1‑149 (MQ=255) gTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCgg > 1:243517/1‑149 (MQ=255) tAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCgg > 1:134872/1‑148 (MQ=255) aGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGGCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGt < 2:89551/148‑1 (MQ=255) ggggCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGTTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTg < 2:243517/148‑1 (MQ=255) ggCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAg > 8:97692/1‑149 (MQ=255) | TTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTC‑GTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAG > NC_002947/5984308‑5984603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |