| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,060,485 | 0 | T | G | 7.1% | 321.4 / 13.2 | 110 | intergenic (+121/+60) | PP_5311/PP_5312 | signal transduction protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/52); new base G (3/5); total (53/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCTTCGCAGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGATGTGC > NC_002947/6060338‑6060629 | gCTTCGCAGTTCCATGCTCCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGt < 7:288755/148‑1 (MQ=255) ttCGCAGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑Gc > 4:322504/1‑149 (MQ=255) ttCGCAGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑Gc > 6:19989/1‑149 (MQ=255) 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cgAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCa < 3:114308/149‑1 (MQ=255) cgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaa < 1:317476‑M2/149‑96 (MQ=255) cgAACACAGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTCT‑TTCG‑AGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCCTCATCATCCCAGTCGGGCATCAGCCTTTCTTCATTGGTATCAGCTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATAAc > 5:145334/1‑147 (MQ=37) tggcacCGGCTTCGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAg > 7:321113/4‑149 (MQ=255) gAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaac < 3:305016‑M2/149‑97 (MQ=255) ccGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctat > 2:317476‑M2/1‑48 (MQ=255) cGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCCTCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCATCTTTGGTTTCAGGAATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCgg > 3:282152/1‑149 (MQ=255) cGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCgg > 7:323356/1‑149 (MQ=255) gAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTg > 1:152133/1‑149 (MQ=255) caccccggtgCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctatcaag > 8:52161‑M2/5‑43 (MQ=255) aaagCCGGTGCCATGCACCG‑CGGCAGCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctatcaag < 7:52161‑M2/148‑106 (MQ=255) gCCGGTGCCATGCACCGGCTTT‑GCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCcgcgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctatcaag < 1:72447‑M2/148‑107 (MQ=255) ccATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCt < 6:79662/149‑1 (MQ=255) cATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTg < 4:363185/149‑1 (MQ=255) aTGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTg > 5:303152/1‑148 (MQ=255) aTGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCGTCAGCCGTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCACCCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTg > 5:308168/1‑148 (MQ=255) aCCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGAtgt < 3:97182/149‑1 (MQ=255) aCCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGAtgt < 4:299810/149‑1 (MQ=255) aCCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGAtgt > 3:230231/1‑149 (MQ=255) cg‑cgTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGATGTGc < 1:223122/149‑1 (MQ=255) cg‑cgTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGATGTGc < 6:165053/149‑1 (MQ=255) | GCTTCGCAGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGATGTGC > NC_002947/6060338‑6060629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |