| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,060,489 | 0 | T | C | 8.6% | 293.1 / 13.4 | 106 | intergenic (+125/+56) | PP_5311/PP_5312 | signal transduction protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/49); new base C (3/6); total (50/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGATGTGCTTGTCCT > NC_002947/6060345‑6060636 | aGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGt‑t < 2:247951/149‑1 (MQ=255) ccATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTcg‑c > 2:54125/1‑149 (MQ=255) ccATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTcg‑c > 3:336734/1‑149 (MQ=255) 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gcgAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCGCAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCAc > 5:165053/1‑148 (MQ=255) cgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaa < 1:317476‑M2/149‑96 (MQ=255) tggcacCGGCTTCGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAg > 7:321113/4‑149 (MQ=255) gAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaac < 3:305016‑M2/149‑97 (MQ=255) ccGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctat > 2:317476‑M2/1‑48 (MQ=255) cGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCCTCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCATCTTTGGTTTCAGGAATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCgg > 3:282152/1‑149 (MQ=255) cGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCgg > 7:323356/1‑149 (MQ=255) gAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTg > 1:152133/1‑149 (MQ=255) caccccggtgCCATGCACCG‑CGGC‑GCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctatcaag > 8:52161‑M2/5‑43 (MQ=255) aaagCCGGTGCCATGCACCG‑CGGCAGCCTGT‑TTCG‑CGGGCACGCccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctatcaag < 7:52161‑M2/148‑106 (MQ=255) gCCGGTGCCATGCACCGGCTTT‑GCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCcgcgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactcccttagaacgctatcaag < 1:72447‑M2/148‑107 (MQ=255) ccATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCt < 6:79662/149‑1 (MQ=255) cATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTg < 4:363185/149‑1 (MQ=255) aTGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTg > 5:303152/1‑148 (MQ=255) aTGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCGTCAGCCGTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCACCCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTg > 5:308168/1‑148 (MQ=255) 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cTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGATGCGATTGATCTGGATGTGCTTGTCCt > 6:249908/1‑149 (MQ=255) | AGTTCCATGCACCGCATTAAGCATTAACACATAGCCTGCGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAACAGCTGGCGCGATTTTGGA‑‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCG‑CGTC‑GCTTGT‑TTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGTCATCATCCCCGTCGGGCTTCAGCCTTTCTTCTTTGGTTTCAGGTATTTCATCAACCCCTGGAACCACATCACCAGCGCCGGGTTGCCCTTGATCTGGATGTGCTTGTCCT > NC_002947/6060345‑6060636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |