| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 681,972 | C→A | 5.3% | S434I (AGC→ATC) | PP_0584 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 681,972 | 0 | C | A | 5.3% | 276.6 / 3.2 | 85 | S434I (AGC→ATC) | PP_0584 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/36); new base A (3/2); total (47/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGCCGAGGATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTC > NC_002947/681824‑682115 | ggTGCCGAGGATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGc > 6:167950/1‑149 (MQ=255) gCCGAGGATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTAt > 5:74041/1‑149 (MQ=255) gAGGATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCgg > 2:29497/1‑149 (MQ=255) gATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCg < 1:286763/149‑1 (MQ=255) gATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGATAGCGG‑cc < 4:345608/148‑1 (MQ=255) aTGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGcgccgc > 3:140050/1‑149 (MQ=255) cTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGc < 7:23974/148‑1 (MQ=255) cTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCa < 3:26819/149‑1 (MQ=255) cACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGAc > 7:71773/1‑149 (MQ=255) aCGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGAcc > 5:26351/1‑149 (MQ=255) aCGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGATAGCGG‑ccagca > 8:49661/1‑124 (MQ=255) aCGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGATAGCGG‑ccagca < 7:49661/128‑5 (MQ=255) cTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGTCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGt < 1:29497/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGc < 3:10077/147‑1 (MQ=255) cAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGc < 2:353163/147‑1 (MQ=255) cAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTACTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCa > 5:165659/1‑149 (MQ=255) aGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCAc > 7:257601/1‑149 (MQ=255) cTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACt > 3:232532/1‑148 (MQ=255) ttGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCa < 3:287606/148‑1 (MQ=255) gATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTgg > 1:294745/1‑149 (MQ=255) 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tAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGa > 7:138468/1‑148 (MQ=255) tAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGa > 2:279569/1‑148 (MQ=255) ggCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCACCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAAc > 3:326834/1‑148 (MQ=255) gCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCa > 4:15356/1‑149 (MQ=255) gATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGc > 1:57334/1‑118 (MQ=255) gATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGc < 2:57334/118‑1 (MQ=255) 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tgctgctgGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAc > 6:246409/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAcgc < 4:167992/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAcgc < 5:316544/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAcgc < 2:315885/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAcg < 1:206114/148‑1 (MQ=255) tgctgGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAcgcg > 6:213490/1‑149 (MQ=255) gtcggCCGATAGCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCgg > 4:267834/4‑149 (MQ=255) tcggCCGATAGCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCggg > 3:60448/3‑149 (MQ=255) gCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTc < 8:246861/148‑1 (MQ=255) | GGTGCCGAGGATCGACTGAATGGCGTTGCTGTCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGG‑CCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTC > NC_002947/681824‑682115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |