| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 697,214 | T→C | 12.2% | intergenic (+141/‑610) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 697,214 | 0 | T | C | 12.2% | 225.6 / 20.3 | 90 | intergenic (+141/‑610) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/33); new base C (4/7); total (50/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
CTGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGC > NC_002947/697068‑697360 | cTGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCg > 3:107536/1‑149 (MQ=255) tGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATc > 3:144122/1‑147 (MQ=255) tGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATc > 2:262173/1‑147 (MQ=255) tGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTGAGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATc > 1:288299/1‑147 (MQ=255) tAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAgc < 5:370566/149‑1 (MQ=255) aaGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCgccgcc < 1:151746/149‑1 (MQ=255) gATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcgc > 6:376486/1‑149 (MQ=255) gATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcgc > 6:265187/1‑149 (MQ=255) gATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACGGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcgc > 8:70863/1‑149 (MQ=255) 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ttgCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGccc < 5:216905/148‑1 (MQ=255) gCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGCCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGa > 8:109820/1‑149 (MQ=255) gggAGGAAGTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGGGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTTCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCGGCGCTGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAATCTGTGGTGTCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGtg < 5:66056/149‑2 (MQ=25) gggAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGt < 5:225881/148‑1 (MQ=255) gggAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTc > 2:23462/1‑149 (MQ=255) 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ttttGAGAGGGGGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACATTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTcccc < 1:23462/147‑1 (MQ=255) ttGACAGGCTATTGGCTCTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTCCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGACGCCCCCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTtata > 4:162436/1‑149 (MQ=21) agagGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATAtt > 5:97109/1‑148 (MQ=255) gggTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCAc > 1:24440/1‑149 (MQ=255) ggTGTTGGCTGTGAGATGTGCCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACt < 4:267764/149‑1 (MQ=255) 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aTGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAg < 4:302355/149‑1 (MQ=255) gtgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGt > 2:214534/1‑149 (MQ=255) gtgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGt > 8:133786/1‑149 (MQ=255) tgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGtt > 6:136224/1‑149 (MQ=255) cGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGTGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGaca < 7:27418/149‑1 (MQ=255) 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cAGCGCCTATGAGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTTTCATAGGCGGTGAAtgtctcaagccggacgcgggcggcgctcgatctcacaggcgctgcaagggtgttggcggtgagatgtgtccgccacaacccttgc > 3:68113‑M2/1‑56 (MQ=255) ccTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTta < 8:23468/148‑1 (MQ=255) cTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATAttt > 7:47812/1‑103 (MQ=11) cTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATAttt < 8:47812/103‑1 (MQ=11) atgaGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTTTCATAGGCGGTGAAtgtctcaagccggacgcgggcggcgctcgatctcacaggcgctgcaagggtgttggcggtgagatgtgtccgccacaacccttg > 1:142827‑M2/2‑48 (MQ=255) atgaGACCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTTTCATAGGCGGTGAAtgtctcaagccggacgcgggcggcgctcgatctcacaggcgctgcaagggtgttggcggtgagatgtgtccgccacaacccttg < 2:142827‑M2/131‑85 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCACCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATg > 2:206194/1‑149 (MQ=255) agaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑tt < 1:380306/64‑1 (MQ=255) agaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑tt > 2:380306/1‑64 (MQ=255) agaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCGCCTTATAATgcg > 7:316355/1‑149 (MQ=255) agaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATaa > 6:338064/1‑145 (MQ=255) agaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATaa < 5:338064/145‑1 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCGCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTGGAATCCCCTTAGACTgcgc > 7:63322/1‑149 (MQ=255) | CTGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACAC‑TTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGC > NC_002947/697068‑697360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |