| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 973,245 | G→C | 8.9% | A513P (GCC→CCC) | secD → | protein translocase subunit SecD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 973,245 | 0 | G | C | 8.9% | 269.7 / 11.9 | 89 | A513P (GCC→CCC) | secD | protein translocase subunit SecD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/40); new base C (4/4); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
CATGCTGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAATCGTCGACGCC > NC_002947/973106‑973391 | cATGCTGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCagg > 1:184280/1‑146 (MQ=255)cATGCTGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCagg < 2:184280/148‑3 (MQ=255) aTGCTGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCgt < 5:93650/149‑1 (MQ=255) cTGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑Gtt < 4:124588/149‑1 (MQ=255) tGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑Gtt > 8:34144/1‑148 (MQ=255) tGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACAGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGTGGCGAACCT‑GACCCTGCAGGGAATTGCCGGCATCGT‑Gtt > 6:282685/1‑148 (MQ=255) ttCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCGTTCGGTGTGCTGGACACCATCGGCCTGGCGGGGAACTTGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGAc < 6:245233/149‑1 (MQ=255) ttCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGAc < 7:316621/149‑1 (MQ=255) gTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCAt < 4:30772/149‑1 (MQ=255) tcGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCTAGACCCTGCCGGGTATTGCCGGAATCGT‑TTTTACCATgg > 1:127106/1‑149 (MQ=255) tcGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATggg > 3:20168/1‑149 (MQ=255) tcGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATggg > 4:27121/1‑149 (MQ=255) cGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCag > 8:292341/1‑132 (MQ=255) cGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCag < 7:292341/133‑2 (MQ=255) gCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTGGCTGCTGGGGCCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATgg < 1:266362/146‑1 (MQ=255) ttCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGc > 5:147754/1‑149 (MQ=255) tcatcGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTg < 3:27121/149‑1 (MQ=255) tcatcGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTg > 2:180076/1‑149 (MQ=255) atcGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCag < 3:152488/122‑2 (MQ=255) atcGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCag > 4:152488/1‑121 (MQ=255) tcGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACACT‑GACCCTGCCGGGTATTGACGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGAc > 5:347683/1‑149 (MQ=255) ccATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGc > 6:147547/1‑148 (MQ=255) aCCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTg > 5:359339/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTg < 1:285258/148‑1 (MQ=255) ccGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGGGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGc > 7:150988/1‑149 (MQ=255) 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tGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTAtt > 5:329695/1‑149 (MQ=255) tGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTAtt > 2:56417/1‑149 (MQ=255) tGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTAtt > 4:173779/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTcgc < 6:147754/149‑1 (MQ=255) ccaccaTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTcgc > 5:65984/1‑149 (MQ=255) accaTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTcgcg > 6:53416/1‑148 (MQ=255) accaTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGa < 7:323830/149‑1 (MQ=255) ccaTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGaa < 8:286348/149‑1 (MQ=255) ccaTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGaa < 2:93917/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAaga < 3:20707/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAaga < 3:175198/149‑1 (MQ=255) gggCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTg < 6:65984/149‑1 (MQ=255) gggCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCagg < 1:74849/76‑3 (MQ=255) gggCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGCAATACCCGGCagg > 2:74849/1‑74 (MQ=255) gCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGt < 3:25058/149‑1 (MQ=255) gCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGt < 1:56417/149‑1 (MQ=255) aCATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATg > 3:148812/1‑149 (MQ=255) cATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAaga < 2:132345/132‑1 (MQ=255) cATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGt < 6:329695/149‑1 (MQ=255) tgctgctgcTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTg < 2:127106/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAgc < 5:53416/148‑1 (MQ=255) 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gTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGaa < 5:60705/148‑1 (MQ=255) gTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAg > 3:194417/1‑149 (MQ=255) tCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAg < 1:313259/148‑1 (MQ=255) gctgctGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCt > 3:355483/1‑149 (MQ=255) ctgctgGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCtt < 3:239746/149‑1 (MQ=255) 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7:295508/1‑149 (MQ=255) tgCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAAtc > 4:266825/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCg > 2:103155/1‑100 (MQ=255) ccGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAAtcg < 6:359339/148‑1 (MQ=255) ccGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAAtc < 5:282685/147‑1 (MQ=255) ggTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAATCGTCGa > 6:16004/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAATCGTCGACGcc < 4:269216/149‑1 (MQ=255) | CATGCTGTTCGTCTCGCTGTTCATCATCGCCATCTACCGCGCCTTCGGTGTGCTGGCCACCATCGCCCTGGCGGGCAACATGGTGCTGCTGCTGGCGTTGATGTCGCTGCTGGGGGCGACCCT‑GACCCTGCCGGGTATTGCCGGCATCGT‑GTTGACCATGGGTATGGCGGTGGACGCCAACGTGCTGATCTTCTCGCGTATTCGCGAAGAGATCGCGGCTGGTATGTCGGTGCAGCGCGCCATCCACGAAGGCTTCAATCGCGCCTACTCGGCAATCGTCGACGCC > NC_002947/973106‑973391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |