Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,425,655 | C→T | 6.4% | intergenic (+57/‑448) | PP_1249 → / → PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,425,655 | 0 | C | T | 6.4% | 291.2 / 5.6 | 94 | intergenic (+57/‑448) | PP_1249/PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/44); new base T (3/3); total (47/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.95e-01 |
CTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGG > NC_002947/1425511‑1425798 | cTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACAt > 5:141049/1‑149 (MQ=255) cTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACAt > 8:57483/1‑149 (MQ=255) cTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACAt > 8:41636/1‑149 (MQ=255) tACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATg > 3:14395/1‑149 (MQ=255) cGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGc < 2:28535/149‑1 (MQ=255) aCTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCg < 2:192147/149‑1 (MQ=255) aCTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCg < 4:229529/149‑1 (MQ=255) cTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGt > 4:130511/1‑149 (MQ=255) cTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGt > 4:136083/1‑149 (MQ=255) cTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGGCATGCACATGGCCGGGGGt > 4:51715/1‑149 (MQ=255) cgtcgcTTCGGTTTCTATCTCGAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCTGCTGGTGTAATGTTGGCGGTAGCCTGATCGCGACGCTTGTGTCGTGTTCCAAGGCCGCCTGTCATGCTGATGGGCGGGGGttttt < 4:160789/143‑1 (MQ=255) ccACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGttttt < 4:8152/148‑1 (MQ=255) ccACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGttttt < 7:198066/148‑1 (MQ=255) ccTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTtgtgtg > 5:82561/1‑149 (MQ=255) 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ccTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCaa < 5:292912/149‑1 (MQ=255) cTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAg > 4:279463/1‑149 (MQ=255) tCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGcc > 6:339455/1‑145 (MQ=255) tCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGcc < 5:339455/145‑1 (MQ=255) agcagcagTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTgg > 3:151388/1‑149 (MQ=255) 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ccAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGGAAGGGGAAgtgt > 5:285217/1‑147 (MQ=255) cAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTa < 2:137935/148‑1 (MQ=255) ggCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 6:376181/1‑149 (MQ=255) ggCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTCGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 6:96262/1‑149 (MQ=255) cccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCgg > 2:184076/1‑149 (MQ=14) ccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 4:151388/149‑1 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAgg > 4:49786/1‑149 (MQ=255) cccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCa > 7:254782/1‑87 (MQ=14) cccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCa < 8:254782/87‑1 (MQ=14) ggTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCaa < 6:82561/149‑1 (MQ=255) gTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAg > 6:198763/1‑149 (MQ=255) tCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAgg < 3:130511/149‑1 (MQ=255) tCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAgg < 3:136083/149‑1 (MQ=255) tCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAgg < 4:14395/149‑1 (MQ=255) tCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAgg < 4:333821/149‑1 (MQ=255) gCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 7:146533/139‑1 (MQ=40) gCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg > 8:146533/1‑139 (MQ=40) | CTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGC‑GTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGG > NC_002947/1425511‑1425798 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |