| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,470,045 | C→G | 7.7% | C33S (TGT→TCT) ‡ | algK ← | alginate biosynthesis protein AlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,470,045 | 0 | C | G | 7.7% | 270.0 / 9.1 | 88 | C33S (TGT→TCT) ‡ | algK | alginate biosynthesis protein AlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/41); new base G (4/3); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
CCACCTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCGGTCGCTG > NC_002947/1469908‑1470192 | ccACCTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCTGGCCGGCTGTGCCGGcctgc < 8:223332/149‑4 (MQ=255)ccACCTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAgg < 4:264834/149‑1 (MQ=255)ccACCTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAgg < 1:3995/149‑1 (MQ=255) aCCTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACCGCCGGCCAGGGt > 2:153104/1‑149 (MQ=255) ccTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCGCGGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGt < 1:4182/149‑1 (MQ=255) ccTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGt > 5:95805/1‑148 (MQ=255) ccTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTg < 7:176868/149‑1 (MQ=255) tGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATg > 4:91874/1‑149 (MQ=255) gATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATg < 4:113319/148‑1 (MQ=255) gATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATg < 5:97962/148‑1 (MQ=255) aTGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATggc < 1:373575/149‑1 (MQ=255) aTGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATgg < 1:336522/148‑1 (MQ=255) ccGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATggcgg > 6:291779/1‑147 (MQ=255) ccGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATggcgg < 5:291779/147‑1 (MQ=255) cGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATggcggcgg > 5:238507/1‑149 (MQ=255) ggCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGt < 6:250365/149‑1 (MQ=255) gCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTg > 6:282154/1‑149 (MQ=255) gCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTg > 7:64490/1‑149 (MQ=255) gCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCGGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTg > 7:33455/1‑149 (MQ=255) cGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGca > 1:54504/1‑149 (MQ=255) gACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGcac < 2:364125/149‑1 (MQ=255) ttGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGcacac > 2:274122/1‑148 (MQ=255) cTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAAcccc < 6:66411/149‑1 (MQ=255) cTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAAccc > 6:288310/1‑148 (MQ=255) ttCGCTGTACCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGACACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAAccc > 2:258966/1‑147 (MQ=255) cGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAg < 3:30560/148‑1 (MQ=255) gCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCTGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGt < 5:115014/149‑1 (MQ=255) gCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAgg < 1:327185/148‑1 (MQ=255) cTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGtt > 2:239231/1‑149 (MQ=255) cccAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCAcgcg > 3:196302/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCTGTGCCGGcct < 1:89211/105‑2 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCTGTGCCGGcct > 2:89211/1‑104 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCgg < 8:161207/149‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGcaca < 6:319478/96‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGcaca > 5:319478/1‑96 (MQ=255) gCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTa < 2:55135/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTa < 5:288310/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGACACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAg < 1:258966/149‑1 (MQ=255) cTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACACCCCCAGGTTCACGCGGCCCTTGTAGGTATCag > 8:238563/1‑149 (MQ=255) cTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCag > 2:285753/1‑149 (MQ=255) ttGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCa > 5:25290/1‑147 (MQ=255) gTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTAt > 1:38634/1‑140 (MQ=255) gTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTAt < 2:38634/140‑1 (MQ=255) gTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATc < 1:239231/148‑1 (MQ=255) ttGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCAt > 5:65410/1‑149 (MQ=255) ttGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCAt > 1:303696/1‑149 (MQ=255) gcgcTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCAtt < 6:238507/148‑1 (MQ=255) cgcTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTg < 3:91874/148‑1 (MQ=255) gcTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTgtc > 5:243190/1‑149 (MQ=255) gcTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTgtc < 4:282954/149‑1 (MQ=255) gcTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTgtc > 1:309607/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAg > 2:205897/1‑130 (MQ=255) cTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAg < 1:205897/130‑1 (MQ=255) ggCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTgtccgtc < 6:25290/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCt > 6:177331/1‑148 (MQ=255) tGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTcac < 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(MQ=255) gcTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAggccacgggccac > 2:340071/1‑149 (MQ=255) gcTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAggccacgggccac > 4:332914/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGgccacgggccacgg > 7:184553/1‑149 (MQ=255) tCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGc > 6:322918/1‑149 (MQ=255) cAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGgccacgggccacgg < 4:196302/147‑1 (MQ=255) 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cAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAg > 5:168526/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTTTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGt < 1:274122/149‑1 (MQ=255) cgcTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTTCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCa < 5:282154/149‑1 (MQ=255) gcTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAg < 1:340071/149‑1 (MQ=255) cTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGc > 5:141879/1‑149 (MQ=255) tCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCTGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGTTCTTTGTCCGTCCCTCACAGGCCACTGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATg < 7:52097/149‑1 (MQ=255) tCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGTTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATg < 6:141879/149‑1 (MQ=255) g‑ggCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATggg > 4:323165/1‑149 (MQ=255) cctggCCGGCTGTGCCGGCCAGGGTGATGGCTGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGATTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATgcgca > 7:280795/4‑148 (MQ=255) tggCCGGCTGTGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATgg < 7:308040/143‑1 (MQ=255) tggCCGGCTGTGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATgg > 8:308040/2‑144 (MQ=255) tggCCGGCTGTGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCcgc > 7:169800/2‑149 (MQ=255) aGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCcgc > 6:199327/1‑149 (MQ=255) ggCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCcgcg < 6:168526/149‑1 (MQ=255) gCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACCACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCCCGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCgg > 7:238671/1‑149 (MQ=255) gCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTg > 7:161995/1‑119 (MQ=255) gCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTg < 8:161995/119‑1 (MQ=255) cGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCGACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCGGTc > 5:321814/1‑149 (MQ=255) acaGCCGGCCAGGGTGATTGCGGCGGCCATTTCACACAACCCCAGGTTCACGCGGAACTTGTAGGTATCACATATCATTGTTCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCGGTCGCTg < 6:243190/149‑1 (MQ=255) acaGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCGCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCGGTCGCTg < 5:322918/149‑1 (MQ=255) acaGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCGGTCGCTg < 6:65410/149‑1 (MQ=255) | CCACCTTGATGTCCGCCAGGCCGACTTGCGCTTCGCTGTAGCCCAGGTCGGCCAGCGCCTTGTAGTTGCGCTCGGCCAATGCCGTGTCACCGCGCTTCAGGGCCTCGTTGGCCAGGCGCTGGTCG‑GGCAGGCCGGCACAGCCGGCCAGGGTGATGGCGGCGGCCAGTGCACACAACCCCAGGTTCACGCGGACCTTGTAGGTATCAGAGATCATTGTCCGTCCCTCACAGGCCACGGGCCACGGCTTTGTCGATCAGCCAGTTCAGCGATGGGCCGCGGTCGCTG > NC_002947/1469908‑1470192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |