| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,534,879 | G→A | 6.1% | intergenic (+70/‑113) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,534,879 | 0 | G | A | 6.1% | 292.9 / 5.7 | 99 | intergenic (+70/‑113) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/46); new base A (4/2); total (50/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CCAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCA > NC_002947/1534731‑1535026 | ccAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAg < 3:101064/149‑1 (MQ=255)ccAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAg > 5:236407/1‑149 (MQ=255) cAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAgg > 4:322427/1‑149 (MQ=255) 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cGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGt < 6:214163/149‑1 (MQ=255) gCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCCCAGGTACCGCGCTCGTc > 4:109868/1‑149 (MQ=255) aaCGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCTGACCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTcc > 6:216831/1‑148 (MQ=255) aaCGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCa > 5:5490/1‑149 (MQ=255) aGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGa‑‑a > 4:94147/1‑149 (MQ=255) 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aaGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCt > 5:363619/1‑149 (MQ=255) aGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCtt < 3:6543/149‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGGCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCttt < 8:296424/149‑1 (MQ=255) gCCGCTCCCACAGGTACCGCGCGCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTg < 8:30468/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGc > 2:369941/1‑149 (MQ=255) cccccACAAGGATCGCGCCCGTTCATGG‑‑ACGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCa > 1:355360/3‑149 (MQ=21) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGAc > 6:42453/1‑91 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGAc < 5:42453/91‑1 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCAccc > 3:162065/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCAcc < 6:263703/148‑1 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCAc < 6:236407/147‑1 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttggtc > 6:51857/1‑136 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttggtc < 5:51857/136‑1 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtct < 7:258767/130‑1 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtct > 8:258767/1‑130 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTg > 2:225290/1‑149 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTg > 4:198298/1‑148 (MQ=255) aGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCa > 1:66487/1‑149 (MQ=255) aGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCa > 5:200450/1‑149 (MQ=255) | CCAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCA > NC_002947/1534731‑1535026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |