| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,534,912 | T→C | 5.0% | intergenic (+103/‑80) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,534,912 | 0 | T | C | 5.0% | 307.7 / 2.9 | 99 | intergenic (+103/‑80) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/53); new base C (3/2); total (44/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTTCT > NC_002947/1534766‑1535060 | gTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTtg > 3:118176/1‑149 (MQ=255) gggCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTgg < 3:93942/148‑1 (MQ=255) ggCAAGAAGTTCAAGCATTGCCTCGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGGCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTgggg < 8:355661/149‑1 (MQ=255) gCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTggggg > 7:13133/1‑149 (MQ=255) aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcg > 4:249753/1‑149 (MQ=255) aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcg > 5:56288/1‑149 (MQ=255) agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg > 5:284679/1‑149 (MQ=255) agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg > 5:345770/1‑149 (MQ=255) agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCCCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGG‑‑ACGAGCGCGGTACCTGTGGGagcgg < 4:285183/149‑1 (MQ=21) acttCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTTAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCTCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACACGGCCGCTCCCACAGGGACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCt < 5:216831/147‑1 (MQ=255) gTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCtt < 8:211371/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtg < 8:13133/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtg > 2:308843/1‑149 (MQ=255) cAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgtg > 5:287629/1‑149 (MQ=255) cAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgt < 6:345770/148‑1 (MQ=255) aaGCATTGCCACGGTCGGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTgtgt < 4:261588/149‑1 (MQ=255) aGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTc > 7:30468/1‑149 (MQ=255) gCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTcg < 6:287629/149‑1 (MQ=255) 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ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCAc < 6:236407/147‑1 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttggtc > 6:51857/1‑136 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttggtc < 5:51857/136‑1 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtct < 7:258767/130‑1 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtct > 8:258767/1‑130 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTg > 2:225290/1‑149 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTg > 4:198298/1‑148 (MQ=255) aGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCa > 5:200450/1‑149 (MQ=255) aGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCa > 1:66487/1‑149 (MQ=255) gTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCt < 8:64071/133‑1 (MQ=255) gTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCt > 7:64071/1‑133 (MQ=255) gatcgcgCCCGTTCATGG‑‑ACGAGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAccc > 7:243391/4‑149 (MQ=39) aCCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCTATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAccc < 4:118176/148‑1 (MQ=255) cATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtttt < 6:363619/149‑1 (MQ=255) cATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtttt < 2:57928/149‑1 (MQ=255) cATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtttt < 1:308843/149‑1 (MQ=255) a‑‑aCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGaa < 2:155973/148‑1 (MQ=255) aCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACt > 7:48466/1‑149 (MQ=255) gggCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCg < 3:109868/149‑1 (MQ=255) gggCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCg < 8:48466/149‑1 (MQ=255) ggCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCgg < 6:284679/149‑1 (MQ=255) gATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCC‑TTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGc < 3:198298/149‑1 (MQ=255) ttGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTTCt > 1:227686/1‑149 (MQ=255) | GTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGA‑‑ACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTTCT > NC_002947/1534766‑1535060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |