Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,543,816 | C→T | 6.1% | P207L (CCG→CTG) | mdfA → | multidrug MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,543,816 | 0 | C | T | 6.1% | 244.8 / 3.7 | 81 | P207L (CCG→CTG) | mdfA | multidrug MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/34); new base T (3/2); total (45/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACCTTGCTGCTGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGG > NC_002947/1543670‑1543963 | cACCTTGCTGCTGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGa < 7:315537/149‑1 (MQ=255) cACCTTGCTGCTGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGa > 1:76401/1‑149 (MQ=255) aCCTTGCTGCTGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGATCGCGGCTGGCGTTACCGC‑CGAt > 4:277015/1‑149 (MQ=255) aCCTTGCAGCTGCATTGGGTGGACTGGCGCTGGCGGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGAt < 4:234923/149‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCTGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGAtt > 7:82008/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTGCTGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGAtt < 8:356697/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGATGCAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGAtt > 5:228362/1‑148 (MQ=255) ctgcAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACctgct < 2:76401/149‑1 (MQ=255) tgcAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGAGGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑TGATTCACctgctg > 5:359291/1‑149 (MQ=255) tgcAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGTCTGGCGTTCACGC‑TGATTCACctgctg > 5:353909/1‑149 (MQ=255) tgcAATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACctgctg > 4:350139/1‑149 (MQ=255) tGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACt < 1:65857/149‑1 (MQ=255) cTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑TGATTCACCTGCTGCCACTGtt < 6:359291/149‑1 (MQ=255) cTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑TGATTCACCTGCTGCCACTGtt < 6:353909/149‑1 (MQ=255) aCTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCg < 3:364964/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCggg > 6:14849/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCCCCTGCTGCCACTGTTGGCGGGc > 2:94471/1‑148 (MQ=255) gctggctgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTAt > 7:316878/1‑149 (MQ=255) gctggctgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTAt < 6:150871/149‑1 (MQ=255) ctggctgTTCGTGGCATTCTCCATCGGCGCGGTTCTGACCTGGCTGCTTCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATg < 6:228362/149‑1 (MQ=255) ctgccggTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGGGCGGCCCTGGCTGCTGCGGCCCCGGTTGCTGCCCGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGCCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATg < 4:26227/143‑1 (MQ=255) gctgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGc > 7:104202/1‑148 (MQ=255) gctgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGc > 5:175025/1‑148 (MQ=255) tgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAg > 1:282368/1‑149 (MQ=255) tgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAg > 4:352517/1‑149 (MQ=255) cGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCg > 8:233525/1‑133 (MQ=255) cGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCg < 7:233525/133‑1 (MQ=255) gTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCt < 3:350139/149‑1 (MQ=255) ggCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTgg > 6:271721/1‑149 (MQ=255) gCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAAccg > 6:203575/1‑149 (MQ=255) cATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGc > 3:255757/1‑124 (MQ=255) cATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGc < 4:255757/124‑1 (MQ=255) cATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAAccgcc < 8:104202/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCt < 6:133762/148‑1 (MQ=255) gcgcGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCCTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACTC‑CGATTCACCTGATGCCACTGTAGGCGGGCTATGGCCAGATGCTTGGCAACCGCAGCt > 4:104444/1‑147 (MQ=255) cgcgGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATTCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCg < 8:128804/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCTGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTg < 1:9007/149‑1 (MQ=255) tGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTgca < 8:316878/149‑1 (MQ=255) tGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTgca < 6:175025/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAgcg > 1:134827/1‑149 (MQ=255) ctgctgTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCAGCTGCTGCCACTGTTGTCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCGCt > 8:125503/1‑149 (MQ=255) tgctgTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCCGCGCCGCCCtt > 4:295644/1‑149 (MQ=255) ctgTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCtt < 5:271721/147‑1 (MQ=255) tACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGtt > 7:188703/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTgg > 1:232311/1‑107 (MQ=255) ccGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTgg < 2:232311/107‑1 (MQ=255) ccGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGCAGCGCCGTGACCGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCATAATTAACATGCTTCCAATGTTGGCGGGCTATGGCCCGTTGATGGGCAACCGCCGCTTCTTTGCAGCACGCCCCGCCGTTGGGTTg > 1:302308/1‑149 (MQ=255) gTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCg < 2:124014/149‑1 (MQ=255) tGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTg < 2:134827/149‑1 (MQ=255) ccGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTAt > 5:254575/1‑84 (MQ=255) ccGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGC‑CGATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTAt < 6:254575/84‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |