| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,578,008 | G→C | 6.1% | R80R (CGC→CGG) ‡ | ttgC ← | efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,578,008 | 0 | G | C | 6.1% | 317.2 / 8.4 | 98 | R80R (CGC→CGG) ‡ | ttgC | efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/49); new base C (3/3); total (46/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCTGGTGATGCCAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTGCGCAGCCA > NC_002947/1577861‑1578156 | gctggTGATGCCAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGAcgc > 6:87137/1‑149 (MQ=255) ctggTGATGCCAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGAcgcg < 5:351601/149‑1 (MQ=255) tggTGATGCCAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGATATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGAcgcg > 6:154797/1‑148 (MQ=255) gCCAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGGACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTcgc > 6:297787/1‑149 (MQ=255) cAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCgg < 6:326932/149‑1 (MQ=255) aGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGt > 5:165520/1‑149 (MQ=255) gATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGt > 3:231223/1‑148 (MQ=255) aTTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTa < 2:30272/149‑1 (MQ=255) aTTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACCTGCGCGTCGCggcgt < 3:243035/149‑4 (MQ=255) ttCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTAt > 7:48567/1‑149 (MQ=255) cGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTAtt < 3:125808/148‑1 (MQ=255) gCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGa > 4:229936/1‑149 (MQ=255) gCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGa > 6:213913/1‑149 (MQ=255) cccGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGAc > 7:5378/1‑149 (MQ=255) tttGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGc < 4:76529/149‑1 (MQ=255) cGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAgg > 8:114606/1‑149 (MQ=255) cGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAg < 8:35912/148‑1 (MQ=255) cGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTAATGACCAGCGAg < 8:145659/148‑1 (MQ=255) 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ttCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGAt > 5:15535/1‑149 (MQ=255) tCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATc < 3:233146/149‑1 (MQ=255) cGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGAt > 4:74914/1‑147 (MQ=255) gCCGGGACTCGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCGGGGAACAGGTCGGCGCGCTGTATGCGGTATTGCGCAGGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATct < 2:77362/148‑2 (MQ=255) cGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTGCGCGCGCTGCCGGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCt < 1:312669/149‑1 (MQ=255) cGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCAAGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCt > 2:70239/1‑149 (MQ=255) gggACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTg > 4:218393/1‑149 (MQ=255) gACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGGACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGtt < 5:297787/149‑1 (MQ=255) acacGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTg > 6:34066/1‑149 (MQ=255) cacGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGc < 5:34066/149‑1 (MQ=255) 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tgccgctgccgGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCg > 8:177067/1‑149 (MQ=255) ccgctgccgGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGt < 8:48567/148‑1 (MQ=255) ccgctgccgGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGt < 7:177067/148‑1 (MQ=255) ccgctgccgGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTg < 1:70239/149‑1 (MQ=255) ccgctgccgGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTg > 3:176288/1‑149 (MQ=255) 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gTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGt > 5:129173/1‑140 (MQ=255) tCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGcc > 2:76374/1‑149 (MQ=255) gAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCtt > 2:320773/1‑149 (MQ=255) gTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCg < 3:218393/149‑1 (MQ=255) gTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGGCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCg < 7:124196/149‑1 (MQ=255) tcaataaccgcGACCTGCGCGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCgg > 2:129344/8‑149 (MQ=255) caataaccgcGACCTGCGCGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGa < 2:323916/124‑1 (MQ=255) caataaccgcGACCTGCGCGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGa > 1:323916/7‑130 (MQ=255) gccgcGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGc > 7:38234/1‑123 (MQ=255) gccgcGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGc < 8:38234/123‑1 (MQ=255) ccgcGACCTGCGCGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAg < 5:359067/132‑1 (MQ=255) ccgcGACCTGCGCGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAg > 6:359067/1‑132 (MQ=255) cgcgACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTgcg < 4:86130/149‑1 (MQ=255) gcgACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTgcgc < 2:358339/149‑1 (MQ=255) gcgACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGGCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTgcgc < 6:15535/149‑1 (MQ=255) cgcgCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTGCGCAGcc < 7:114606/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTGCGCAGCCa < 4:176288/149‑1 (MQ=255) | GCTGGTGATGCCAGATTCGCCCGTTTGCGACATGTTCGCCGGGACACGCTGGCGGCTGCCGCTGCCGGTGGCCGAAACCGCCGGGAACAGGTCGGCGCGCTGAATGCGGTATTGCGCACGGTAGGCGTCGAGGTTCAACGCCGCGACGCGCAGGTCGCGGTTATTGACCAGCGAGGTCTGGATCAGCTGTTGCAGCGCCGGGTCGTGGAAGAACTGGCGCCAGCCCTGTTCAGCAGCGGCAACATCCGCCGATTGCGTCGGCGAGTAAGCAGGGCCTTGCGGCCACTGCGCAGCCA > NC_002947/1577861‑1578156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |