| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,878,603 | C→T | 8.0% | A242V (GCC→GTC) | PP_1684 → | transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,878,603 | 0 | C | T | 8.0% | 138.9 / 2.8 | 50 | A242V (GCC→GTC) | PP_1684 | transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/19); new base T (2/2); total (28/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GATCGCCCGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCGGGTTGTACCTGCT > NC_002947/1878458‑1878750 | gATCGCCCGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTa > 7:339531/1‑149 (MQ=255) tCGCCCGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTAcc > 3:257521/1‑149 (MQ=255) cccGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGTCAACCAgg > 8:303552/1‑149 (MQ=255) cccGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTgg < 7:302232/149‑1 (MQ=255) cccGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTgg < 8:124772/149‑1 (MQ=255) cGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGtt < 6:82152/149‑1 (MQ=255) aCCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGAc < 2:147402/148‑1 (MQ=255) aCCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGAc < 3:222592/148‑1 (MQ=255) cAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGTCAACCAGGTAGGCCAGc < 8:200474/149‑1 (MQ=255) gTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGTCAACCAGGTAGGCCAGCag < 7:303552/149‑2 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCCCCGGTa > 6:308879/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGc < 8:306609/132‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGc > 7:306609/1‑132 (MQ=255) cgAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTgg > 6:146604/1‑149 (MQ=255) gCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCgg < 4:293958/149‑1 (MQ=255) gCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCg < 4:257521/148‑1 (MQ=255) gTGCACGCACTCCGGCGTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCACTACGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGc < 1:307004/149‑1 (MQ=255) cTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTAGGCCTGTTCAACa > 5:153725/1‑149 (MQ=255) tCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACAt > 3:156321/1‑149 (MQ=255) cGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACAtcg > 4:261360/1‑149 (MQ=255) gCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCgc > 6:192867/1‑149 (MQ=255) cACTGGGCTTTTTTGTCTTTTGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGACTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTTGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCgct < 5:365219/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCgctg < 3:261360/149‑1 (MQ=255) ttttttGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGtt < 7:347418/149‑1 (MQ=255) ttttGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTgg > 6:233734/1‑149 (MQ=255) ttttGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTgg > 1:74325/1‑149 (MQ=255) tttGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGtt < 7:339978/57‑1 (MQ=255) tttGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGtt > 8:339978/1‑57 (MQ=255) tGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTgggc < 5:308879/148‑1 (MQ=255) gtgGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGggcgggcg > 4:67108/1‑148 (MQ=255) tgGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGACGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGCGCGGGCGCa > 8:193225/1‑149 (MQ=255) cTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGt > 7:21705/1‑149 (MQ=255) cGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCcgc > 8:226977/1‑149 (MQ=255) gTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTc < 3:218392/93‑1 (MQ=255) gTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTc > 4:218392/1‑93 (MQ=255) gTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCcgcg > 6:12832/1‑149 (MQ=255) tATTGATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCgcgc < 4:12503/149‑1 (MQ=255) tATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCgcgc < 5:233734/149‑1 (MQ=255) ttCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCct > 7:277477/1‑149 (MQ=255) aTTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACAtcg > 7:82628/1‑94 (MQ=255) aTTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACAtcg < 8:82628/94‑1 (MQ=255) ttGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAAc > 4:372682/1‑89 (MQ=255) tGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGa > 6:118395/1‑149 (MQ=255) ggCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGa < 5:192867/148‑1 (MQ=255) cGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCg < 3:67108/149‑1 (MQ=255) ttCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCGGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCggg > 5:226919/1‑149 (MQ=255) aC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCGGGTTg > 6:77771/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCGGGTTGTa > 6:320759/1‑149 (MQ=255) atgctgGTCAACCAGGTAGGCCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCGGGTTGTa > 3:317676/2‑149 (MQ=255) gCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCGGGTTGTACctgct > 5:78765/1‑149 (MQ=255) | GATCGCCCGTTACCCAGTCACGGTGCCGAGCAGACCCTGGGCCAGGCGCTGCGCGAGGCGTGCACGCACTCCGGCTTCTGGTTGCTGGCACTGGGCTTTTTTGTCTGTGGCTTCCAGGTCGTATTCATTGGCGTTCAC‑CTGCTGGCCTACCTGGTTGACCAGCATCTGGCTGCGGCCACCGGTACGACAGTGCTGGCGCTGGTCGGCCTGTTCAACATCGTCGGTACCTTCACCGCTGGCTGGTTGGGCGGGCGCATGTCCAAGCCGCGCCTGCTGACCGGGTTGTACCTGCT > NC_002947/1878458‑1878750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |