Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,916,385 | G→C | 7.8% | intergenic (+87/‑28) | PP_1715 → / → PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,916,385 | 0 | G | C | 7.8% | 265.9 / 9.1 | 87 | intergenic (+87/‑28) | PP_1715/PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/38); new base C (4/3); total (46/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
TGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAG > NC_002947/1916237‑1916532 | tGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATg > 6:243366/1‑149 (MQ=255) cgcgTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCt < 2:204829/149‑1 (MQ=255) gcgTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTg > 6:320309/1‑149 (MQ=255) gcgTGGTCGAGAGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTg > 7:130537/1‑149 (MQ=255) gTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGCCCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGt > 8:254561/1‑148 (MQ=255) gAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCt < 7:87178/148‑1 (MQ=255) aGCGCCTGCAGGCTACCCCGGAATCGCTGCGGCTTGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTGGGAGTTGGTAATAAAATTGGCATAAGGG‑TATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCtttt < 2:367737/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACAGCATGTAATccgtag < 2:351475/149‑5 (MQ=255) gcgcCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACAGCATGTAATccgtag < 1:299772/149‑5 (MQ=255) cTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTaaa < 4:122459/149‑1 (MQ=255) tGCCGGCTACCCCGGAAGAGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGAACAGACCTCGGAGTTTGTAATATAATTGGCATAAGGTTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAg > 1:377473/1‑149 (MQ=255) ccGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAg < 7:147881/147‑1 (MQ=255) ccGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAg < 2:218513/147‑1 (MQ=255) 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aCC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTccc < 5:243366/149‑1 (MQ=255) cc‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCt > 2:39650/1‑149 (MQ=255) c‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTg > 4:66134/1‑149 (MQ=255) aaCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGTTTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTGATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTgg < 8:130537/147‑1 (MQ=255) aCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAg > 5:82024/1‑149 (MQ=255) cTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGTGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGc < 4:324973/149‑1 (MQ=255) tGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGc > 2:258878/1‑148 (MQ=255) aCCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAg > 5:278572/1‑149 (MQ=255) ggAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGtt > 5:50121/1‑149 (MQ=255) ggAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACCGATTACATGCTGTAATCCTTTATAAAGGGGTTTGTAATGGCTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAAGCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGtt > 6:363445/1‑149 (MQ=255) ggTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAg > 1:41737/1‑149 (MQ=255) gTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAgc > 8:12505/1‑149 (MQ=255) tAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAgcg > 1:341536/1‑149 (MQ=255) aaTATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAgcgc > 3:308750/1‑149 (MQ=255) tataATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGc > 5:380698/1‑140 (MQ=255) tataATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGc < 6:380698/140‑1 (MQ=255) taATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTgca < 8:53696/149‑1 (MQ=255) aTTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCCTCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTgcag < 2:297550/148‑1 (MQ=255) aTTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTgcagg < 3:96295/149‑1 (MQ=255) aTTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTgcag < 4:269810/148‑1 (MQ=255) ttGGCATAAGGGTTTTGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGtt 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aaaggATTACAGCATGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGa < 7:41269/141‑1 (MQ=255) aaaggATTACAGCATGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGa > 8:41269/4‑144 (MQ=255) ttACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTc > 3:85984/1‑147 (MQ=255) ttACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCa < 4:99961/149‑1 (MQ=255) ttACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCa < 8:73305/149‑1 (MQ=255) ttACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACAAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTc > 4:278105/1‑147 (MQ=255) cATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGt < 7:254561/148‑1 (MQ=255) aTGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGa < 3:66134/149‑1 (MQ=255) tGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAg > 7:159873/1‑149 (MQ=255) tGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAg < 1:13041/149‑1 (MQ=255) tGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAg > 4:34662/1‑149 (MQ=255) | TGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACC‑‑TCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAG > NC_002947/1916237‑1916532 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |