Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,921,549 | T→A | 12.9% | intergenic (+24/+37) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,921,549 | 0 | T | A | 12.9% | 81.9 / 6.5 | 39 | intergenic (+24/+37) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/17); new base A (2/3); total (19/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.02e-01 |
GCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGG > NC_002947/1921402‑1921687 | gCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGttt < 8:233878/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTAccc < 8:236007/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCcgcg < 8:312447/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCcgcg > 3:173464/1‑147 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCcgcg > 6:318966/1‑147 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTAAACCCGCGaa < 2:9407/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCCGGCCCCTTCG‑CGGGTAAACCCGCGaa < 2:345307/149‑1 (MQ=255) ccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGGCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGTGTAAACCCGCGAAg < 5:184538/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGACACCTATCCGGGGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCg < 7:48357/149‑1 (MQ=255) gTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGca > 5:258984/1‑149 (MQ=255) cTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGCGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCa > 7:338123/1‑148 (MQ=255) tATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCAt > 5:337856/1‑148 (MQ=255) ggAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCtt < 5:318966/149‑1 (MQ=255) aGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTc < 6:258984/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTTTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcag > 5:366904/1‑149 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTca < 1:267719/149‑1 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGAAGAACAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcag > 4:82134/1‑149 (MQ=255) gcggcgTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTACGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCa < 4:247175/149‑1 (MQ=255) ttATGCCGCGCTGGTGACCACCCCGGTGTGGGGCATGCTGGTTATGGTGATCCACCCTCGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCGTGCG‑CGGGTTTACCCGCGATGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTc < 4:173464/148‑1 (MQ=255) cTGGAGACCAACCCGGGGTGGGGCAAGCTGGTGATGGTGACCGACCCTCGCCGGGTGAACGCGGGGCGGGCCCCTTCG‑GGGTTTAACCCGCGACGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCAt < 3:367576/149‑1 (MQ=255) ggAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCAtt > 7:348508/1‑148 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGGGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTg < 8:2488/148‑1 (MQ=255) gaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCT‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGAtc < 6:366904/149‑1 (MQ=255) caaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCg > 2:35872/1‑149 (MQ=255) caaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCg > 4:77005/1‑149 (MQ=255) aaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCgg > 3:181138/1‑149 (MQ=255) ggTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGc < 6:337856/149‑1 (MQ=255) gtgatCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGt > 8:200480/1‑149 (MQ=255) ttCGACCCTTGCCTGGTGTAAGCGGTGCTGGCCCCTTCG‑CTGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGGCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGttga < 7:170975/148‑3 (MQ=255) cTAGCCTGGTGTACGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATg < 3:82134/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCgg < 7:200480/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCgg < 6:118326/133‑1 (MQ=255) ccTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCgg > 5:118326/1‑133 (MQ=255) tGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCGGCGAAGGGGCCGCCACAGCCCAGAAAACCCTTCACCTCCCGGGCCGAGTCGGCCACCCATTGAAAGGGGAATGCTGGGGCAGCACTGGGTCCGGGTTAACCACTTCCggtgg > 6:75580/1‑146 (MQ=255) aGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCAct > 1:17340/1‑149 (MQ=255) gCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGNCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCActc < 1:35872/149‑1 (MQ=255) cccTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCaacaacaac > 6:138633/1‑149 (MQ=255) cTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 6:193410/1‑149 (MQ=255) cTTCG‑CGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 4:39161/1‑149 (MQ=255) ttCG‑CGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 3:87073/1‑148 (MQ=255) | GCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCG‑CGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGG > NC_002947/1921402‑1921687 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |