| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,975,578 | T→A | 5.8% | I170I (ATT→ATA) | pheA → | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,975,578 | 0 | T | A | 5.8% | 211.8 / 2.3 | 69 | I170I (ATT→ATA) | pheA | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/34); new base A (2/2); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
CAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCACTACCCGAACGTG > NC_002947/1975434‑1975719 | cAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATA‑TGCg > 7:341389/1‑149 (MQ=255) aGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATA‑TGCg < 8:341389/148‑1 (MQ=255) tCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGt > 8:264690/1‑148 (MQ=255) tCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑g < 3:44573/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAg < 2:344004/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAg < 1:207180/149‑1 (MQ=255) gcggcCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCt > 1:21466/1‑149 (MQ=255) ggcCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGc < 1:7122/149‑1 (MQ=255) gaAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATccacca > 3:332494/1‑149 (MQ=255) ttCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACct > 5:91530/1‑149 (MQ=255) cGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACctgc < 7:264690/148‑1 (MQ=255) cGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGAGGTCCCTGTGGAAAACTCCACTGAAGCTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACcagct > 5:26809/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCGTCCGGTGCAGTCAAATTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCAACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGATCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCtggtg < 6:353389/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCga < 1:240993/131‑1 (MQ=255) ttCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCga > 2:240993/1‑131 (MQ=255) ttCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGCGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAg > 8:309487/1‑149 (MQ=255) cgtggtggtgGGGGTGGAAAAGTCCTCTGAAGGTTGGGTGAGCCTCACACTGGACAGGTTCCTCTAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GTGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGTTTGTGGGCGTGAACACCAAGACCGACAGc < 6:26809/144‑1 (MQ=255) ggTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGCGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCAt < 7:309487/149‑1 (MQ=255) gtgtGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATc < 2:21466/149‑1 (MQ=255) agTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGTACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCga < 6:31626/116‑1 (MQ=255) tGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTAc > 4:282084/1‑149 (MQ=255) ggAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACt > 2:228740/1‑149 (MQ=255) gAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACt < 2:331921/148‑1 (MQ=255) gAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTc > 2:200702/1‑149 (MQ=255) aaaCTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTccc > 4:255773/1‑149 (MQ=255) aCTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCAc < 1:200702/149‑1 (MQ=255) aCTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCAc < 3:300188/149‑1 (MQ=255) aCTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCAc < 1:124878/149‑1 (MQ=255) cACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGAGCATGCTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACGAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGcc > 1:278693/1‑149 (MQ=255) cACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGcc > 3:32079/1‑148 (MQ=255) aaGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACa < 8:147593/117‑1 (MQ=255) aaGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACa > 7:147593/1‑117 (MQ=255) gTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTg > 5:347271/1‑149 (MQ=255) gTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACACGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTg > 7:298752/1‑149 (MQ=255) aGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGt < 6:347271/148‑1 (MQ=255) aGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTg < 4:32079/149‑1 (MQ=255) gCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGc > 8:109579/1‑149 (MQ=255) ccTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGt > 5:377425/1‑149 (MQ=255) ccTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGt < 6:377425/149‑1 (MQ=255) cTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTg < 5:272720/149‑1 (MQ=255) cTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATA‑TGCGGTGGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGAACAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTCGCTGGAc > 1:39301/1‑149 (MQ=255) cTCGAGCATGA‑CATGGTGATA‑TTCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCAGCACGACCTGCTGGTGGGCGAGAACACAAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACtctc < 2:39301/148‑1 (MQ=255) tCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAg > 7:268707/1‑77 (MQ=255) tCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAg < 8:268707/77‑1 (MQ=255) tCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCAc > 8:173506/1‑149 (MQ=255) aGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGATGCGTATCCACCACCACCTGCTGTTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCAAGTCGCTGGCCCAGTGACGAAAGTGGCTGGACGCTCACTAc > 6:377114/1‑149 (MQ=255) cATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGCTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTCCTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCACGAccc > 6:170298/1‑149 (MQ=255) gA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCACTACCCGaa > 3:265305/1‑149 (MQ=255) aTGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGATCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACAAAGACCGACAGCATCAACAGCATATACTCCCAAGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCTAAAGTGGCTGGACGATCACTACCCGAACGt > 6:42939/1‑149 (MQ=255) ggTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCACTACCCGAACGTg > 2:338245/1‑148 (MQ=255) ggTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCACTACCCGAACGTg > 4:146945/1‑148 (MQ=255) aTT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGcc < 4:173359/105‑1 (MQ=255) aTT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGcc > 3:173359/1‑105 (MQ=255) | CAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGGTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGA‑CATGGTGATT‑TGCGGT‑GAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTGCCGAAAGTGGCTGGACGCTCACTACCCGAACGTG > NC_002947/1975434‑1975719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |