Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,976,789 | C→G | 11.0% | R151R (CGC→CGG) | PP_1770 → | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,976,789 | 0 | C | G | 11.0% | 144.1 / 7.1 | 53 | R151R (CGC→CGG) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base G (3/3); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
ATCACCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTGC > NC_002947/1976643‑1976937 | atcaCCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTccgccg > 1:148885/1‑149 (MQ=255) atcaCCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTccgccg < 8:194479/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAGGtg < 1:18286/149‑2 (MQ=255) tCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAGGtg > 1:236249/1‑148 (MQ=255) aGCGCCAAGGGCAAGGTGGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTTCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAGGtggcatt < 2:236249/149‑7 (MQ=255) aGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCt < 6:289164/149‑1 (MQ=255) aCGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGcc < 6:296039/149‑1 (MQ=255) gtcgtGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCg > 2:142102/1‑148 (MQ=255) ggCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCccg > 8:109417/1‑149 (MQ=255) gcgcGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCccgc < 7:108294/149‑1 (MQ=255) gcgcGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTACCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGACACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTAATCCTCACGCCGCTGGCCGAAAACGACCccgc > 5:163536/1‑149 (MQ=255) ccGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACCAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGCCCCCGCCGCGCTg > 3:25016/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCt > 7:126139/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGTGCCACCCAATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCt < 6:163536/148‑1 (MQ=255) cGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAAc < 8:87981/126‑1 (MQ=255) cGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAAc > 7:87981/1‑126 (MQ=255) ggTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACATGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTgg < 1:284261/148‑1 (MQ=255) gTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCAGCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGtt < 7:245339/149‑1 (MQ=255) cccGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGAc < 1:142102/149‑1 (MQ=255) ccGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGAcc > 6:217296/1‑149 (MQ=255) ccGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTAGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCCCGCCGCTGGCCGAACCCGCCCCCGCCGCGCTCGTCCTGGTTGAcc > 7:205726/1‑149 (MQ=255) cGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCg < 2:164218/149‑1 (MQ=255) ccTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGcc > 3:120955/1‑149 (MQ=255) cgcgCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTgg > 2:30623/1‑149 (MQ=255) gcgcTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGc < 4:131951/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGc < 8:354014/149‑1 (MQ=255) gTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCt < 8:119837/149‑1 (MQ=255) ccGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGa > 2:25046/1‑149 (MQ=255) gCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGcc > 5:6008/1‑149 (MQ=255) aCCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAt > 6:357077/1‑149 (MQ=255) cccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgt > 4:363744/1‑149 (MQ=255) cccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAg < 4:196634/66‑1 (MQ=38) cccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAg > 3:196634/1‑66 (MQ=38) aTCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgtg > 7:173066/1‑147 (MQ=255) aTCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGa < 6:320435/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGTTCCGCGCAGAGCGGGGTTGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCGGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGATACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAg < 8:205726/149‑1 (MQ=255) cGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGcaca > 6:302594/1‑149 (MQ=255) ggTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATc < 4:304673/63‑1 (MQ=255) ggTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATc > 3:304673/1‑63 (MQ=255) ggTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACAt < 3:363744/149‑1 (MQ=255) gTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATg < 4:105113/149‑1 (MQ=255) cGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTgg > 5:121522/1‑95 (MQ=255) cGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTgg < 6:121522/95‑1 (MQ=255) cGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcg < 5:302594/148‑1 (MQ=255) gAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcggt > 7:184902/1‑149 (MQ=255) gAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcggt < 7:109417/149‑1 (MQ=255) gAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcggt > 3:52241/1‑149 (MQ=255) cAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcggtc > 7:283664/1‑147 (MQ=255) agCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAgcg < 8:126139/149‑1 (MQ=255) tCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACt > 5:54530/1‑149 (MQ=255) tCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACt < 8:283664/149‑1 (MQ=255) cAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTg < 6:6008/148‑1 (MQ=255) tGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTg < 4:353967/145‑1 (MQ=255) tGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTg > 3:353967/1‑145 (MQ=255) ccTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGccac > 2:33000/1‑148 (MQ=255) ccgGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTGc < 1:150838/149‑1 (MQ=255) | ATCACCGACGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTGC > NC_002947/1976643‑1976937 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |