| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,987,440 | T→C | 7.0% | L232S (TTG→TCG) ‡ | PP_1778 → | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,987,440 | 0 | T | C | 7.0% | 248.2 / 6.9 | 86 | L232S (TTG→TCG) ‡ | PP_1778 | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/37); new base C (3/3); total (46/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
GCTGCAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTA > NC_002947/1987294‑1987583 | gctgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGGCAATGTGATACCTGATCACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTCCGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 5:90442/149‑1 (MQ=255) tgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGt < 8:21879/149‑1 (MQ=255) tgcAGGTGCTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCATAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTCCTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGt > 7:5483/1‑149 (MQ=255) gcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑GCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTACTGCGCCTGATTTGAGTc > 4:236196/1‑149 (MQ=255) gttgttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCgg > 6:72412/1‑149 (MQ=255) ttgtgCTGGATTACCCCCATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCgg < 4:275440/148‑1 (MQ=255) gttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCGCtt < 4:40699/148‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTg > 7:254115/1‑148 (MQ=255) cTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTTATTTGAGTCAGGCGGTTGTCa > 6:374625/1‑149 (MQ=255) cTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTc < 1:62644/148‑1 (MQ=255) cccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTGACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa > 1:124292/1‑149 (MQ=255) cccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa > 7:147825/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACCCCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGAttt > 3:71585/1‑149 (MQ=255) tttACATTGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCttt < 5:96574/149‑1 (MQ=255) cATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCTCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTc > 5:36130/1‑149 (MQ=255) cATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTc > 2:104867/1‑149 (MQ=255) aTGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTcc > 1:346685/1‑148 (MQ=255) aTGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCt > 5:376979/1‑149 (MQ=255) aTGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCg > 4:270778/1‑120 (MQ=255) aTGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCg < 3:270778/120‑1 (MQ=255) tGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACTCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCt > 1:51046/1‑149 (MQ=255) gTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCtgt < 8:254115/148‑1 (MQ=255) tCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCATGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCtgttg > 3:100723/1‑149 (MQ=255) gtgATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGAttt < 4:253513/101‑1 (MQ=255) gtgATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGAttt > 3:253513/1‑101 (MQ=255) gtgATACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTAGACATGACCTGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCt > 4:242488/1‑149 (MQ=255) aTACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCCGTTGTTGCTTg < 2:346685/148‑1 (MQ=255) tACCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGc < 7:258741/149‑1 (MQ=255) aCCTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCttt > 4:328654/1‑130 (MQ=255) ccTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa > 1:356737/1‑121 (MQ=255) ccTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa < 2:356737/121‑1 (MQ=255) ccTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa > 3:114812/1‑121 (MQ=255) ccTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa < 4:114812/121‑1 (MQ=255) cTGAACACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctg > 4:279066/1‑149 (MQ=255) aaCACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttc < 5:72412/149‑1 (MQ=255) aaCACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttc < 7:183678/149‑1 (MQ=255) aaCACCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgt < 6:376979/147‑1 (MQ=255) cacCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcct > 2:85971/1‑149 (MQ=255) acCTTCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcctg > 4:14384/1‑149 (MQ=255) cTTCGGGCCAC‑CCATAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcctgtt > 7:108579/1‑149 (MQ=255) ttCGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGttt > 6:303472/1‑149 (MQ=255) cGGGCCAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTtc < 3:293654/148‑1 (MQ=255) ccAC‑CCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCgg > 2:350496/1‑149 (MQ=255) cTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcct < 7:113243/128‑1 (MQ=255) cTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcct > 8:113243/1‑128 (MQ=255) cTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCtgt < 8:147825/149‑1 (MQ=255) cTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCtgt > 4:271553/1‑149 (MQ=255) ttttAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCt > 3:188457/1‑148 (MQ=255) tttAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTg < 6:36130/148‑1 (MQ=255) aaCCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGccgctagg > 1:324898/1‑143 (MQ=255) aCCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtg < 1:104867/149‑1 (MQ=255) cccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCtt < 8:292509/111‑1 (MQ=255) cccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCtt > 7:292509/1‑111 (MQ=255) ccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCATGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCGTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtg < 8:5483/149‑1 (MQ=255) ccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtg < 3:76890/149‑1 (MQ=255) ccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGACATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCGTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtg > 2:104501/1‑149 (MQ=255) gTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATg > 2:6790/1‑149 (MQ=255) tCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTa < 2:271919/148‑1 (MQ=255) cccATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTAc > 8:42752/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |