Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,171,651 | T→C | 6.4% | intergenic (+186/+217) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,171,651 | 0 | T | C | 6.4% | 179.2 / 2.4 | 62 | intergenic (+186/+217) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/29); new base C (2/2); total (31/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 |
AGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAG > NC_002947/2171505‑2171797 | aGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCATCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCa < 8:81459/149‑1 (MQ=255) gggATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGCTAACGACGTGCCGGTTACGTTCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCt < 6:339570/149‑1 (MQ=255) ggATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTg > 2:237001/1‑149 (MQ=255) gATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCACCAGCTGt > 8:289564/1‑149 (MQ=255) aTTTATCCTGTGGGGGTAGGTCGGCGTAACGAGGTTCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATTCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTc < 7:58435/149‑1 (MQ=255) aTTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTc > 5:129438/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGa > 1:116621/1‑147 (MQ=255) tGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCACCAGCTGTCGACAGCtgat < 7:289564/149‑3 (MQ=255) gggTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCACCAGCTGTCGACAGCTgatggt < 3:76028/149‑1 (MQ=255) ggTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTa < 2:116621/149‑1 (MQ=255) cGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTg < 1:16603/149‑1 (MQ=255) cgacgGGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGAAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCCATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACATCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAAc < 2:290162/149‑1 (MQ=255) gacgTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAAcc < 5:138610/149‑1 (MQ=255) ggTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑Gc < 7:4191/149‑1 (MQ=255) ggTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑Gc < 5:137553/149‑1 (MQ=255) ggTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑Gc < 7:9598/149‑1 (MQ=255) ggTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑Gc > 8:4191/1‑149 (MQ=255) ggTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑Gc > 8:9598/1‑149 (MQ=255) ggTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑Gc > 2:345532/1‑149 (MQ=255) cGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTg < 3:208140/149‑1 (MQ=255) tGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCg < 1:345532/149‑1 (MQ=255) tGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCg > 1:63189/1‑149 (MQ=255) tGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCg < 6:85383/149‑1 (MQ=255) tGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGa < 6:312151/148‑1 (MQ=255) tGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGACACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGAc < 2:300927/149‑1 (MQ=255) tCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAg > 3:100413/1‑98 (MQ=255) tCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAg < 4:100413/98‑1 (MQ=255) acacCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAg > 8:87329/1‑137 (MQ=255) acacCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAg < 7:87329/137‑1 (MQ=255) acCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCTGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGccccccc > 3:259944/1‑148 (MQ=255) ccGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCaaa > 1:275440/1‑149 (MQ=255) gATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGAGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAAcc < 1:237001/149‑1 (MQ=255) aTTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAg > 1:230968/1‑116 (MQ=255) aTTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAg < 2:230968/115‑1 (MQ=255) aTTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCgg < 6:129438/149‑1 (MQ=255) gTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAg < 3:5639/108‑1 (MQ=255) gTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAg > 4:5639/1‑108 (MQ=255) aaTAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAg > 3:372621/1‑149 (MQ=255) aGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGGCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTggtggt > 4:196792/1‑149 (MQ=255) c‑tctCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCTGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTa < 4:259944/149‑1 (MQ=255) tctcCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAg > 2:170252/1‑149 (MQ=255) gccgAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGccc > 8:197087/1‑149 (MQ=255) ccgAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATc > 4:357019/1‑126 (MQ=255) ccgAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATc < 3:362774/126‑1 (MQ=255) ccgAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATc < 3:357019/126‑1 (MQ=255) ccgAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATc > 4:362774/1‑126 (MQ=255) gaCAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTtggtg > 5:48502/1‑133 (MQ=255) gaCAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTtggtg < 6:48502/133‑1 (MQ=255) tGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGt > 2:235179/1‑51 (MQ=255) tGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGt < 1:235179/51‑1 (MQ=255) gCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACgg < 7:197087/147‑1 (MQ=255) aTCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCAACCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGc > 4:39963/1‑149 (MQ=255) ccccACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCtt > 2:165980/1‑149 (MQ=255) ccccACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCtt > 1:325701/1‑149 (MQ=255) ccccACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCAAACCGCATCCAGGGTtggtcg > 4:215090/1‑119 (MQ=255) ccACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGACCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTg > 6:121011/1‑149 (MQ=255) cACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTgg < 2:275440/149‑1 (MQ=255) accggtACCACCAGCTGTCGACAGCTGATGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTc > 4:240973/6‑149 (MQ=255) ggCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGa > 3:326381/1‑149 (MQ=255) cTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAtt < 7:90600/149‑1 (MQ=255) tACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAtt > 8:70270/1‑148 (MQ=255) cATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAg > 2:325428/1‑149 (MQ=255) | AGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGC‑TCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAG‑GCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAG > NC_002947/2171505‑2171797 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |