Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,673,830 | G→T | 7.3% | intergenic (‑20/+2) | PP_5519 ← / ← PP_2342 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,673,830 | 0 | G | T | 7.3% | 151.7 / 3.9 | 55 | intergenic (‑20/+2) | PP_5519/PP_2342 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/25); new base T (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-02 |
GCGTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGAATAAT > NC_002947/2673682‑2673976 | gcgTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCg < 6:212139/149‑1 (MQ=255) gcgTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCg < 6:279198/149‑1 (MQ=255) gTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAATTACAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGt > 3:218527/1‑149 (MQ=255) gTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGt > 4:164373/1‑149 (MQ=255) ttAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGc > 1:160885/1‑149 (MQ=255) gtAACCTGTTTTGTAAAAGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGGGTCCCGGTCTATCCACGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGGCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGc > 6:330848/2‑149 (MQ=255) ccTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCtt > 2:319198/1‑148 (MQ=255) cTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCTGACCGGccata > 2:43167/1‑145 (MQ=255) cTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCtt > 4:18602/1‑147 (MQ=255) ttttGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCTGACCGGccatataa < 1:43167/148‑7 (MQ=255) gTAACCGCGACCTCACGGATTCCGCGATAGGCTGTGTCCCTGTCTATGGTCGTTAAGTACAGCAACTTGTCGAGGCGCAGGTAGAGGTCGAGGTGTGCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGttt < 4:218527/148‑1 (MQ=255) gTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGtt < 2:88432/148‑1 (MQ=255) aCGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTg > 7:184536/1‑149 (MQ=255) tCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCt > 1:95241/1‑127 (MQ=255) tCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCt < 2:95241/127‑1 (MQ=255) tCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAg > 1:301102/1‑149 (MQ=255) ggATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTa > 8:322663/1‑148 (MQ=255) tCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCt > 5:69967/1‑149 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCTGACCGGccatataa > 4:63589/1‑116 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCTGACCGGccatataa < 3:63589/122‑7 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATACTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGATCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTAATATGGCCCGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCTGCCAGGTACAGCTg > 8:25786/1‑148 (MQ=255) gcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTg > 4:152264/1‑147 (MQ=255) tAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCt < 7:322663/149‑1 (MQ=255) aGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTg > 4:321127/1‑149 (MQ=255) ggCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTg < 2:301102/148‑1 (MQ=255) gtgtCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACtt < 2:142843/149‑1 (MQ=255) gtCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGc < 3:69524/149‑1 (MQ=255) ccGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTg > 1:144286/1‑149 (MQ=255) ccGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTg > 7:167446/1‑149 (MQ=255) tATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATg > 5:315098/1‑148 (MQ=255) tATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATg > 2:31235/1‑148 (MQ=255) cTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATgaagaa > 8:214264/1‑149 (MQ=255) caACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCgg < 8:130741/149‑1 (MQ=255) caACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCgg < 7:307564/149‑1 (MQ=255) aaCATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGt > 6:371120/1‑149 (MQ=255) cATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGGCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGa < 8:59583/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCgg < 3:164373/149‑1 (MQ=255) cgcAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCggg < 8:184536/149‑1 (MQ=255) aGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTAc < 1:319198/149‑1 (MQ=255) aaGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAga < 3:18602/149‑1 (MQ=255) cGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAgattc < 6:69967/149‑1 (MQ=255) tgtTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCt < 2:160885/149‑1 (MQ=255) ttCTGCATGTCGAATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCTGCCATGTACAGCTGTAGGCTTGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGAGCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTGGATTCGTCTg < 7:25786/148‑1 (MQ=255) ttCAGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTg < 6:315098/148‑1 (MQ=255) tGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTccc < 5:330848/149‑1 (MQ=255) cATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCctc < 5:371120/149‑1 (MQ=255) cATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCctc > 7:325307/1‑149 (MQ=255) cATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCctc > 7:320265/1‑149 (MQ=255) cTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTgg < 7:214264/149‑1 (MQ=255) ctctTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTg > 4:50220/1‑149 (MQ=255) tctTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGc > 7:248679/1‑149 (MQ=255) atatGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGGCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCg < 8:167446/146‑1 (MQ=255) ggCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTg < 5:254380/82‑1 (MQ=255) ggCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTg > 6:254380/1‑82 (MQ=255) gCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGaat < 1:339575/147‑1 (MQ=255) gCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGaat > 2:339575/1‑147 (MQ=255) ccGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGaataat < 3:321127/149‑1 (MQ=255) | GCGTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGAATAAT > NC_002947/2673682‑2673976 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |