Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,753,886 | C→T | 7.0% | T71I (ACC→ATC) ‡ | czcA‑II → | cation efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,753,886 | 0 | C | T | 7.0% | 165.9 / 2.0 | 57 | T71I (ACC→ATC) ‡ | czcA‑II | cation efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.84e-01 |
CTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAGCAA > NC_002947/2753738‑2754034 | cTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGAc > 2:2084/1‑149 (MQ=255) gTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGCGGTCTCGAtggcaaa < 5:71145/149‑4 (MQ=38) ggTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGCGGTCTCGAtggcaaagg < 7:36229/148‑6 (MQ=37) tCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGcc < 3:331549/148‑1 (MQ=255) acaGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAggg > 8:183576/1‑149 (MQ=255) aCCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTCGCCATCGAGACCGCGAtggct < 5:371935/131‑1 (MQ=255) aCCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTAGCCATCGAGACCGCGAtggct > 6:371935/1‑131 (MQ=255) ccAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCaa < 5:44207/147‑1 (MQ=255) ccAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAg > 2:40721/1‑148 (MQ=255) ccAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGc < 2:45987/149‑1 (MQ=255) cAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAg > 5:154326/1‑147 (MQ=255) aGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAg > 3:192417/1‑146 (MQ=255) gAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCAGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGa > 5:333722/1‑149 (MQ=255) aCTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGCTCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGAccc > 6:331308/1‑149 (MQ=255) ccGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCcgctc > 5:147850/1‑149 (MQ=255) ccGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCcgc < 5:354714/147‑1 (MQ=255) gatGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTc < 8:78139/149‑1 (MQ=255) gatGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTc < 1:2084/149‑1 (MQ=255) tGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTcgc > 8:348428/1‑149 (MQ=255) tgCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCACGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCCTCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGACGCGCTCg > 3:196650/1‑149 (MQ=255) gCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGCGAACGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCGTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGATCGCTGTCGCGCTCgg > 4:335128/1‑149 (MQ=255) gCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGATACCGCGATGGCTGTCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCgg > 8:297760/1‑149 (MQ=255) ccGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCggg < 7:96578/149‑1 (MQ=255) ccGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCggg > 3:161691/1‑149 (MQ=255) cGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGc < 6:75979/149‑1 (MQ=255) gACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCt < 1:371379/149‑1 (MQ=255) cACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCg > 6:325968/1‑148 (MQ=255) cTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCaa < 1:40721/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTc > 1:157030/1‑140 (MQ=255) gTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTc < 2:157030/140‑1 (MQ=255) tCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACg > 1:222501/1‑149 (MQ=255) aGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGt > 1:96230/1‑148 (MQ=255) tgTGCAGATCAACACGGCCGCCACGGTCTATTCGCCGCTGGAGAGCGAGCAGCGCATCACCTTTTCCATCGAGACCGCGATGGCTGGGCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTGGCTGGCGCGCTCGGGGCTTTCGCTAGTCACGGTCa < 8:264965/148‑1 (MQ=255) cAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCAtttt < 5:325968/149‑1 (MQ=255) aGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTc < 8:194775/149‑1 (MQ=255) aGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTc > 5:182133/1‑149 (MQ=255) aGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTc < 6:333722/149‑1 (MQ=255) aTCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCga < 4:192417/149‑1 (MQ=255) aTCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCga > 6:179496/1‑149 (MQ=255) tCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgat < 4:161691/149‑1 (MQ=255) aaCACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatga < 7:348428/149‑1 (MQ=255) aaCACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCgatga < 6:147850/149‑1 (MQ=255) ccgccgCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGc < 7:297760/149‑1 (MQ=255) cgccgcCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGAc > 4:20421/1‑93 (MQ=255) ttCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCga < 8:110350/126‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCga > 7:110350/1‑126 (MQ=255) cgcTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgcccgc < 7:183576/149‑1 (MQ=255) gcTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTcgcccgcc < 6:154326/149‑1 (MQ=255) gagaCCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACt > 4:166225/1‑149 (MQ=255) aCCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTgg > 5:362924/1‑148 (MQ=255) agcagcGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAAc < 2:96230/149‑1 (MQ=255) ccagCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGt > 3:94209/4‑149 (MQ=255) ttGCCATCGAGACCGCCATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCACGCTGTCGCGCTCGGCCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTCGTCAACGAGCGCCTGCACGTg > 8:76773/1‑149 (MQ=255) cagCCATCGCGGTCTCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTg > 6:337387/3‑149 (MQ=255) agCCATCGAGACCGCTATGGCTGGCCTGCCAGGGCTAAATCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGTCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGt < 3:335128/146‑1 (MQ=255) aTCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCcg > 5:104088/1‑149 (MQ=255) gagaCCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGa < 6:182133/149‑1 (MQ=255) agaCCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGATAGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGCGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAg > 6:337561/1‑149 (MQ=255) ccGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAGCaa < 1:2277/149‑1 (MQ=255) | CTGATGGCCGCGGTGGGTATCCACAGCTACCAGAAACTGCCGATCGATGCTGTGCCGGACATCACTAACGTCCAGGTGCAGATCAACACCGCCGCCCCCGGCTATTCGCCGCTGGAGACCGAGCAGCGCATCACCTTTGCCATCGAGACCGCGATGGCTGGCCTGCCAGGGCTCAAGCAGACCCGCTCGCTGTCGCGCTCGGGCCTGTCGCAAGTCACGGTCATTTTCGATGATGGCACCGATATCTTCTTCGCCCGCCAACTGGTCAACGAGCGCCTGCAGGTGGCCCGCGAGCAA > NC_002947/2753738‑2754034 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |