Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,798,434 | G→A | 7.5% | Q102* (CAG→TAG) | endX ← | extracellular DNA endonuclease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,798,434 | 0 | G | A | 7.5% | 150.0 / 2.1 | 53 | Q102* (CAG→TAG) | endX | extracellular DNA endonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/19); new base A (2/2); total (32/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.69e-01 |
TCAGGCAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAGGTTGACCTTGT > NC_002947/2798296‑2798580 | tCAGGCAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGc > 7:190204/1‑149 (MQ=255) aGGCAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCtt < 8:278361/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGc > 5:252809/1‑149 (MQ=255) gCAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGc < 6:296666/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTACGAGCACTGCTTGCg > 4:133514/1‑149 (MQ=255) ccGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCa < 8:190204/149‑1 (MQ=255) cgcgTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAg > 6:202146/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTgg < 6:252809/148‑1 (MQ=255) cTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACATCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCAtgctgc > 8:11192/1‑110 (MQ=255) gTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGgcgc < 3:32233/146‑1 (MQ=255) cagccGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGcc > 7:251491/1‑149 (MQ=255) gccGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGa > 7:331477/1‑149 (MQ=255) gAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCt < 1:90886/149‑1 (MQ=255) gAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTACGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCt > 2:105358/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCCCCGATGCTGGTCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCgg < 3:56685/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATgg < 6:141561/126‑1 (MQ=255) cGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATgg > 5:141561/1‑126 (MQ=255) cGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGAt < 4:293551/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGAt > 4:159192/1‑149 (MQ=255) cGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTcc > 3:57961/1‑149 (MQ=255) aCCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTc > 3:305622/1‑149 (MQ=255) cTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCtt < 3:18879/78‑1 (MQ=255) cTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCtt > 4:18879/1‑78 (MQ=255) cTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGa > 2:222269/1‑149 (MQ=255) tCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGAt > 2:320848/1‑149 (MQ=255) cACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCg > 3:97618/1‑125 (MQ=255) cACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCg < 4:97618/125‑1 (MQ=255) cACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATg < 8:251491/149‑1 (MQ=255) cACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATg > 7:200353/1‑149 (MQ=255) aCCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGc > 7:184470/1‑149 (MQ=255) aTGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGa < 8:200353/149‑1 (MQ=255) ggCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGAcgcgcg > 3:23237/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCTAGCACTGCTTGTGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTg < 8:331477/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCCCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGCGTACGATGTGCTCACACTCGATGCGTGAAGCGCGCTg > 8:73215/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTACGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTgg < 1:105358/149‑1 (MQ=255) ggTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTgg < 4:114818/146‑1 (MQ=255) ggTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTgg > 3:114818/1‑146 (MQ=255) gTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCAt > 3:152410/1‑149 (MQ=255) tgCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTACGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCtt < 3:133514/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTg > 5:162725/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGt < 4:23237/149‑1 (MQ=255) tCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTgg < 4:152410/149‑1 (MQ=255) cGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTggg < 5:202146/149‑1 (MQ=255) cTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCa > 2:7243/1‑149 (MQ=255) gcgcGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTAAGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGcc < 8:184470/149‑1 (MQ=255) ggTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCaggag > 5:145264/1‑149 (MQ=255) gTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCaggagg > 7:317504/1‑149 (MQ=255) gTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCaggagg > 7:114032/1‑149 (MQ=255) gTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCaggagg > 7:344987/1‑149 (MQ=255) acTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAg > 8:173217/1‑149 (MQ=255) ttCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAGGt > 4:313484/1‑149 (MQ=255) ttCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAGGt > 3:61919/1‑149 (MQ=255) ttCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGATGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTCCTCCCACTCGATGCGTGACGCCCGCTGGGCATTCTTCCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAgct > 4:269720/1‑147 (MQ=255) tCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAGGTTGAc > 1:5505/1‑149 (MQ=255) ctgcGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCAAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCTGTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCGAGGTTGACCttgt > 4:310118/1‑149 (MQ=255) | TCAGGCAGCGGCCATACTGGCCGCGTTGTTCTGGTAGCCAGCCGAAACTGAAGTTGCTGCGGTCGCCGTTGACCTCACCGATGCTGGGCACCAGGTTGTGCAGGTCGGCTTCGGCGCGTTGGTACACTTCGTCATGCTGCGAGCACTGCTTGCGTCCGCCACTCTGCCAGCACTGGCGCTGATGGCCGATCTGCCAGGCGGGTACGATGTGCTCCCACTCGATGCGTGACGCGCGCTGGGCATTCTTGCGTGGGGCATAGCCGCAGGAGGCCAGGTTGACCTTGT > NC_002947/2798296‑2798580 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |