Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,887,552 | G→A | 7.7% | L373L (CTG→TTG) | PP_2542 ← | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,887,552 | 0 | G | A | 7.7% | 150.1 / 2.2 | 52 | L373L (CTG→TTG) | PP_2542 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/25); new base A (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
ATCGTCCAGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCG > NC_002947/2887406‑2887699 | aTCGTCCAGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGgc > 8:289294/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGgcgc < 6:250686/148‑1 (MQ=255) ccAGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAAgcacctc < 5:262773/149‑6 (MQ=255) aGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAg < 4:108774/149‑1 (MQ=255) aaCGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTg > 1:337732/1‑149 (MQ=255) ggCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTgc < 7:289294/149‑1 (MQ=255) ggCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGGCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTgc < 7:255202/149‑1 (MQ=255) gCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTAATCCGATTCGGTGAACAATTCACAGCCCAGTCGATGCAGATGACGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTAGGCCAGGCGCTGGCGCCGGCGCTTGAGgtgcgtgc > 8:255202/1‑148 (MQ=255) cACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTgcgc < 1:152373/149‑1 (MQ=255) cTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCa < 3:309303/149‑1 (MQ=255) tCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAgc < 3:320413/148‑1 (MQ=255) tCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCGCCAgc < 6:22775/148‑1 (MQ=39) gggAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGcc > 2:24046/1‑149 (MQ=255) ggAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAACGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGccc < 3:68102/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTc > 8:292281/1‑148 (MQ=255) gCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAg > 2:9661/1‑125 (MQ=255) gCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCgat > 1:249713/1‑149 (MQ=255) gCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCCGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAg < 1:9661/125‑1 (MQ=255) gATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATc < 1:61627/149‑1 (MQ=255) ggggggTCCATTTGTACATGCCTTCATCCTATTCGGTTAACAATTCAAAGCCCAGTCTATGCAGATGCCGCCCAACTT‑CCTCAGGCGCCGCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGTGGTGCTTGCGCCAGGGCCCGTCGATGATcgc < 2:282806/145‑1 (MQ=255) tCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATac < 1:239486/149‑1 (MQ=255) ccAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATaca > 2:74872/1‑149 (MQ=255) ccAGATGTACAAGCCTTCATCCGATACGGTCAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACAT‑CCTGATGCGCCTCCGCCAGGCGCAGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGAACGCCGCATaca > 8:80340/1‑149 (MQ=255) cATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACgcgc < 7:292281/148‑1 (MQ=255) aTGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTc > 5:176608/1‑149 (MQ=255) cGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAggt < 6:176608/148‑1 (MQ=255) gTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTGCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAggtgg > 1:262537/1‑149 (MQ=255) tGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCAAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACATCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTc < 1:24046/149‑1 (MQ=255) aaCAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACgcgc < 7:15105/126‑1 (MQ=255) aaCAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACgcgc > 8:15105/1‑126 (MQ=255) aaaaTTCAAAGCCCCGTCGATGCTGATGCCGGCAAACTT‑CCTTTTGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCTGGCGTTTGTGGGGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAgg < 2:337732/147‑1 (MQ=255) ttCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCt > 4:269330/1‑148 (MQ=255) cAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAgc > 1:165404/1‑143 (MQ=255) cAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGAGGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCt < 2:249713/149‑1 (MQ=255) tCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCa < 1:74872/149‑1 (MQ=255) gATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAgg > 8:242406/1‑149 (MQ=255) cGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTc < 4:106503/135‑1 (MQ=255) cGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTc > 3:106503/1‑135 (MQ=255) cAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTg > 5:81100/1‑148 (MQ=255) cAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGc < 6:81100/149‑1 (MQ=255) tt‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCa < 3:269330/149‑1 (MQ=255) cTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGtt < 2:262537/149‑1 (MQ=255) tGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTc > 1:52474/1‑149 (MQ=255) aTGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCgg > 7:28513/1‑149 (MQ=255) tGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGCGGTGCTGGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCggg < 2:93851/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGc > 7:24817/1‑147 (MQ=255) gCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAg > 2:326333/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATg > 5:308677/1‑148 (MQ=38) cgcTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATg > 5:252861/1‑147 (MQ=38) gcTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCTTCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAg < 7:242406/149‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGcc > 7:488/1‑149 (MQ=255) tGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGcc > 7:122594/1‑149 (MQ=255) ggCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCAATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCg > 1:63572/1‑148 (MQ=255) | ATCGTCCAGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTT‑CCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCGCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCG > NC_002947/2887406‑2887699 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |