Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,199,099 | G→A | 7.8% | T139I (ACC→ATC) | PP_2806 ← | TetR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,199,099 | 0 | G | A | 7.8% | 143.9 / 2.7 | 51 | T139I (ACC→ATC) | PP_2806 | TetR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/23); new base A (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 |
ACTGCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCAGTTGACAA > NC_002947/3198958‑3199243 | aCTGCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCtt > 4:107126/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCAc > 7:221613/1‑149 (MQ=255) tGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGAt > 6:368800/1‑149 (MQ=255) ggCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAAAAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTAAGTGCTGCATGGTCAAGTGAGCCGTCGGTGACCTTCACGaag > 6:17287/1‑147 (MQ=255) aGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGcc < 4:137419/149‑1 (MQ=255) ggtctcggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCTGACCAGGCGAGAATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGTCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTTTTGGGc < 5:13970/147‑1 (MQ=255) ggtctcggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGc < 1:112185/147‑1 (MQ=255) tcggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGc < 8:209485/134‑1 (MQ=255) tcggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGc > 7:209485/1‑134 (MQ=255) ggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTc > 3:330772/1‑147 (MQ=255) ggCCTCCAGGCGTGCACGGGCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGa < 4:240777/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGaaa > 2:46810/1‑149 (MQ=255) aGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAAc < 8:276698/149‑1 (MQ=255) gCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTTACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACgg < 8:92539/149‑1 (MQ=255) cACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCa > 1:331702/1‑146 (MQ=255) cGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGAt > 3:288115/1‑149 (MQ=255) ccGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGt > 4:290898/1‑149 (MQ=255) cAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCgg > 2:214098/1‑149 (MQ=255) gCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGgtt < 6:10827/149‑1 (MQ=255) ggCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAgg < 3:290898/149‑1 (MQ=255) ggCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAgg > 1:6209/1‑149 (MQ=255) tCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCATTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCa < 5:17287/149‑1 (MQ=255) tCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCa < 2:157571/149‑1 (MQ=255) gAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAg < 1:46810/148‑1 (MQ=255) aGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCaaaa < 5:368800/149‑1 (MQ=255) aTTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCa < 7:63319/141‑1 (MQ=255) aTTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTACAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGATGGGACGCTTCTAGGGAAACTCAATACATCTTGGTTGCCATCTCCGGATTGTTGCGCAGGTTCCa > 8:63319/1‑141 (MQ=255) gATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTGAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGtt > 4:256315/1‑149 (MQ=255) aTCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGtt < 3:107126/148‑1 (MQ=255) tCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTc > 3:369232/1‑148 (MQ=255) aaGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGATGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACa < 5:197762/139‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGATGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACa < 5:202792/139‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGATGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACa > 6:202792/1‑139 (MQ=255) aaGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGATGACCTTCACGATGGCATGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACa > 6:197762/1‑139 (MQ=255) gCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGACTGGTACAGTGCGCCGTCGGTGACCTTAACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATGTTGGTTGCAATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTAGAACTGCg > 3:84922/1‑149 (MQ=255) ggCTGAAAGTGGTCAGTGCTGCCTGCTCCAGTGCGCCGTCCGTGACCTTCACGATTGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCGGTCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTg > 6:254604/1‑149 (MQ=255) cTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGt < 4:288115/149‑1 (MQ=255) cTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGt < 6:329484/149‑1 (MQ=255) aTAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCa > 3:270927/1‑115 (MQ=255) aTAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCa < 4:270927/115‑1 (MQ=255) aTAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTc < 2:331702/147‑1 (MQ=255) tGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCAtc > 6:352639/1‑149 (MQ=255) gTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTTGTCGCCAtct > 5:183426/1‑148 (MQ=255) gTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGa > 3:301391/1‑149 (MQ=255) ccTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGc < 6:183426/148‑1 (MQ=255) tCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGaa > 3:15948/1‑149 (MQ=255) cAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAAc < 5:352639/148‑1 (MQ=255) cAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAAc > 3:310690/1‑148 (MQ=255) gTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCAg > 3:354401/1‑149 (MQ=255) gTCGGTGACGTTGTCGATGGCCTGTTGTGCCGATTCGAGTGAAACGGCATATATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTTCGCAGGTTCCAGCAAATCAGTTCTATCTGCGTGGTCGCCATCTCAGTATGAGCGGTGAACCATTTGACaa < 4:310690/149‑1 (MQ=255) gTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCTCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCAGTTGACaa < 3:256315/149‑1 (MQ=255) | ACTGCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCAGTTGACAA > NC_002947/3198958‑3199243 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |