Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,275,871 | A→T | 11.2% | intergenic (+26/‑116) | PP_5540 → / → PP_2874 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,275,871 | 0 | A | T | 11.2% | 120.5 / 5.2 | 51 | intergenic (+26/‑116) | PP_5540/PP_2874 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/21); new base T (2/4); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGGCATTTCGCCTGGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAGGGAAGAAACCTATT > NC_002947/3275725‑3276017 | ggcggcATTTCGCCTGGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAAc > 1:247250/1‑149 (MQ=255) tttCGCCTGGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCgggg > 2:311905/1‑149 (MQ=255) tCGCCTTGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCGTTGGGCGGGGt < 3:219469/148‑1 (MQ=255) cgtcTGGGTTTCGCACACATGACGCTTGATGATTCAGAACAGCTTCGGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACAGATCCCGCCCACCGGCGGGGtt < 2:275984/145‑1 (MQ=255) ccTGGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCGTTGGGCGGGGtgtgt > 3:354757/1‑145 (MQ=255) ccTGGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCGTTGGGCGGGGtgtgt < 4:354757/149‑5 (MQ=255) ggTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTAtt < 5:379016/148‑1 (MQ=255) tttCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGcc < 7:207492/149‑1 (MQ=255) cccACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGACATTCg > 8:177201/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) cTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCGTTGGGCGGGGt > 1:12501/1‑105 (MQ=255) cTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAg > 2:202831/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAg > 1:80167/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATc < 5:261712/123‑1 (MQ=255) cAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATc > 6:261712/1‑123 (MQ=255) gCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCGCACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTc < 5:183770/149‑1 (MQ=255) 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ccGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGc < 3:209088/149‑1 (MQ=255) cacacaCCCCTCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAggg < 5:269827/149‑1 (MQ=255) acacacCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTCGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCGGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGGTCATGCGCGTCAGGga > 4:260884/1‑149 (MQ=255) cacacCCCGCCCCACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGGTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAGGgaa < 4:319920/149‑1 (MQ=255) cacacCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAGGgaa < 4:103678/149‑1 (MQ=255) acacCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAggg > 7:195411/1‑146 (MQ=255) cccGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCtgtg > 2:139671/1‑87 (MQ=255) cccGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAggg < 7:174943/142‑1 (MQ=255) cccGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAggg > 8:174943/1‑142 (MQ=255) cccAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAGGGAAGAAACCTAt < 5:101060/149‑1 (MQ=255) ccAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGATTGCTCATGCGAGTCAGGGAAGAAAGCTAtt < 2:208203/149‑1 (MQ=255) | GGCGGCATTTCGCCTGGGTTTCGCCCACATGACGCTGGATGATTCCGAACAGCTCCAGCCTGCACATTTGCAGCGCAGCAAAAAAGGCCGCTTCATGCCGCGGGTACCGCTCAAGAAGTGATCCCGCGTCTGCACACACCCCGCCCAACGGCGGGGTTTTTATTGCCATTCGTTGATCCGCCTCATGGTATTGCCCGGTAGCGCTCGCCGGATGGCCCGGCCTGTGGTTTTCTGACGCGGCATTCCAGCAACGGAGGATTGAATGCTCATGCGAGTCAGGGAAGAAACCTATT > NC_002947/3275725‑3276017 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |