Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,536,287 | T→A | 9.6% | intergenic (+1/‑76) | PP_3124 → / → PP_3125 | short chain fatty acid transporter/Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,536,287 | 0 | T | A | 9.6% | 142.4 / 6.2 | 52 | intergenic (+1/‑76) | PP_3124/PP_3125 | short chain fatty acid transporter/Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/26); new base A (3/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
GCTGCCGTTGCTGGGCGTGCTGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCGAAAAGACT > NC_002947/3536139‑3536431 | gctgcCGTTGCTGGGCGTGCTGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGAt > 8:76552/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGGCGTGCTGGTGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGc < 6:314633/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGGCGTGCTGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGc < 3:215804/149‑1 (MQ=255) gCTGGGCGTGCTGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGc‑‑cc > 1:360843/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCGTGCTGGGGCTCAAGGCCCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCCTTGGTGCAGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGc‑‑cc > 1:360842/1‑149 (MQ=255) gCGGGCTGGGGAGCACGGCGCGAGACCTGATCGGGTTCTCGTTCGTTCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCGGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGGGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGa < 5:121730/149‑1 (MQ=255) cTGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCtt > 3:309920/1‑149 (MQ=255) tGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGATTTGGGGGATGGTTCCAACGGTGAATTCCGTCCCGCAAGTGATGCGTGGATGCAGGGC‑‑CCGTGGAgggtgg > 4:47104/1‑145 (MQ=255) ctgggCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTTCTGTGGGCGCTGTGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCATTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCtt < 3:308470/146‑1 (MQ=255) cTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGt > 4:79450/1‑148 (MQ=255) aaGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCa < 4:250165/147‑1 (MQ=255) gcgACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGa > 8:184641/1‑149 (MQ=255) aCCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGAcgc < 7:184641/149‑1 (MQ=255) ggTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATg < 6:332546/149‑1 (MQ=255) tcgttcgtGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGcc > 4:18704/1‑149 (MQ=255) gttcgtGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGc < 1:137143/146‑1 (MQ=255) cAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTgg > 6:132800/1‑149 (MQ=255) cAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTgg < 2:318898/149‑1 (MQ=255) cAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTg < 4:309920/148‑1 (MQ=255) gCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGaaa < 5:132800/148‑1 (MQ=255) cttgTGCATGTGCCGTTGGGGCTGGTTGTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAAc < 3:47104/145‑1 (MQ=255) gTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTcgc < 4:161406/149‑1 (MQ=255) gTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTcgc < 3:18704/149‑1 (MQ=255) gTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTcgc < 1:132904/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGa > 6:219632/1‑149 (MQ=255) cTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGAt > 1:219799/1‑149 (MQ=255) tGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGTTTCTACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGAGGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCTCATGTCTATCCGttt < 2:360842/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGAtt < 2:360843/147‑1 (MQ=255) ttGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAAc < 7:176752/149‑1 (MQ=255) tGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCt > 1:179224/1‑103 (MQ=255) tGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCt < 2:179224/103‑1 (MQ=255) cTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAActgc > 4:30193/1‑149 (MQ=255) tgGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAActgctg < 3:292491/148‑1 (MQ=255) ggCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCg > 5:31797/1‑148 (MQ=255) ggCGCTGGCTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCAATCCGATTGAAACTGCTGCGt < 1:110768/149‑1 (MQ=255) cgcTGGGTACATCGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTaa < 7:76552/149‑1 (MQ=255) aCAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTgg > 4:336433/1‑149 (MQ=255) gCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGAt > 8:122102/1‑120 (MQ=255) gCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGAt < 7:122102/120‑1 (MQ=255) gCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGAt > 7:61594/1‑148 (MQ=255) gTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGATGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTg > 6:49477/1‑149 (MQ=255) tACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTg > 5:369036/1‑148 (MQ=255) ccgccAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGc < 2:219799/149‑1 (MQ=255) gccAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTg < 6:31797/149‑1 (MQ=255) gTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGCAATGCTGGcc > 8:101026/1‑148 (MQ=255) caggggCCTTGAATCAAGGCATCACTGGCGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGc < 6:76039/144‑1 (MQ=255) aggggCCTTGAATCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCt > 6:74328/5‑143 (MQ=255) aggggCCTTGAATCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCt < 5:74328/139‑1 (MQ=255) aggggCCTTGAATCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCg > 7:224398/5‑148 (MQ=255) ccTTGAATCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCGAAAAGa > 6:72792/1‑149 (MQ=255) cTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCGAAAAGAc > 3:164923/1‑149 (MQ=255) ttGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCGAAAAGACt > 5:22869/1‑149 (MQ=255) gATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCGAAAAGACt < 6:369036/147‑1 (MQ=255) | GCTGCCGTTGCTGGGCGTGCTGGGGCTCAAGGCGCGCGACCTGATCGGTTTCTCGTTCGTGCAATTGCTGGTGCATGTGCCGTTGGTGCTGGTGTTGCTGTGGGCGCTGGGTACAACGCTGCAGTACGTGCCGCCAGTGATGCCTTGATTCAAGGC‑‑CCCTGGAGGCTTGGCGTCAGCTTTCAGACGCGTATCATGGCTGCCTCAGCCTGGGAAACTCGCGTCACATGTCTATCCGATTGAAACTGCTGCGTAAGAAACTGGGGATGACCCTGGAAATGCTGGCCGAAAAGACT > NC_002947/3536139‑3536431 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |