| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 94.7% | 118.7 / 0.0 | 38 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (13/23); total (15/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGA‑CGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTA > NC_002947/1126502‑1126787 | ggggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAA‑c‑ccgc < 1:197788/149‑4 (MQ=255) ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAA‑c‑ccgctc < 6:79983/149‑6 (MQ=255) ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAA‑c‑ccgctc < 4:163867/149‑6 (MQ=255) 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1:304910/149‑1 (MQ=255) cTCAGTGACATGTGGACCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTGG‑CGGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGc < 2:88887/149‑1 (MQ=255) gACATGTGCACCTCCTGC‑CTGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTCGGCGC‑GGTTTTACCCGCGAAGGCGGAGGTATCGCCACCATCCCATCCG‑CGGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGGGGCGGGGa < 3:190712/148‑1 (MQ=37) aCATGTGGACCTCGTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAgg < 7:108750/149‑1 (MQ=255) aCCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGc < 6:135051/126‑1 (MQ=255) aCCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg < 1:99795/149‑1 (MQ=255) 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5:35235/1‑118 (MQ=255) cg‑cgGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGA‑CGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc < 1:300172/148‑1 (MQ=255) gggTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGA‑CGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAg > 6:335050/1‑148 (MQ=255) gggTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGA‑CGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAg > 8:310352/1‑148 (MQ=255) ggTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGA‑CGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTa > 6:443700/1‑149 (MQ=255) | GGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGC‑CAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGGTAAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCAC‑CCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGA‑CGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTA > NC_002947/1126502‑1126787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |