| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,241,719 | Δ1 bp | 6.1% | coding (153/633 nt) | hmgC ← | maleylacetoacetate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,241,719 | 0 | G | . | 6.1% | 326.6 / 13.1 | 99 | coding (153/633 nt) | hmgC | maleylacetoacetate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/51); new base . (3/3); total (45/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGGTGTACA > NC_002947/5241571‑5241864 | cAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcg > 3:94243/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCTCCAGCACCTCACCCCCGTCGGTGCGCACGGCCG‑GTCcgc > 2:239868/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcgc > 3:116616/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcgc > 6:73771/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcgc > 7:127522/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGAACCTCCCCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTCcgc > 4:4721/1‑149 (MQ=255) tgatgGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCgg > 2:207690/1‑149 (MQ=255) tgGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGccc > 2:132559/1‑149 (MQ=255) ccgccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGc > 7:254779/1‑149 (MQ=255) ccgccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGc < 8:254779/149‑1 (MQ=255) ccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGCgca < 7:176491/149‑3 (MQ=255) ccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGCgca < 8:285685/149‑3 (MQ=255) ccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCggg < 7:224105/149‑1 (MQ=255) aCCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGtt > 4:148833/1‑149 (MQ=255) ccccccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTg > 3:122609/1‑149 (MQ=255) cccccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGa < 4:84902/149‑1 (MQ=255) cccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACg < 4:94243/149‑1 (MQ=255) cccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACg > 2:121186/1‑149 (MQ=255) 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ccGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACAAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCGG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGCCGGCGACATAGccgt > 4:36486/1‑147 (MQ=255) cGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTc > 6:235941/1‑149 (MQ=255) gTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCg < 4:215857/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCAc > 7:7080/1‑149 (MQ=255) ggcggTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACgc < 4:194444/148‑1 (MQ=255) 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< 5:235941/148‑1 (MQ=255) gatgatCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCa < 5:135843/149‑1 (MQ=255) gatgatCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCa < 1:289783/149‑1 (MQ=255) atCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCCGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGc < 7:155370/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGcc < 3:36486/149‑1 (MQ=255) gCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAg < 1:207690/149‑1 (MQ=255) 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accaccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGcc < 1:181443/124‑1 (MQ=255) accaccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGcc > 2:181443/1‑124 (MQ=255) ccaccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCCTCTTACAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGa < 1:121186/149‑1 (MQ=255) caccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTAGATAGCCCTCGCCACGCTTCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGGCATCCCCTTGAGTGCCAGGGCAATGCGCACGCGGTAGGACGAg < 8:194567/149‑1 (MQ=255) caccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAg < 3:310021/149‑1 (MQ=255) cGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTg < 2:332028/149‑1 (MQ=255) gTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTgg < 2:70402/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGaa < 2:298554/148‑1 (MQ=255) tGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACgg > 3:325784/1‑149 (MQ=255) cccgcAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACgg > 4:366255/3‑149 (MQ=255) cgcAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGt > 6:35632/1‑148 (MQ=255) gcAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑CGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACgg > 5:209728/1‑146 (MQ=255) gcAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑CGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACgg < 6:209728/146‑1 (MQ=255) aaGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTaa > 3:338239/1‑147 (MQ=255) aaGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATa < 5:35632/149‑1 (MQ=255) gCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGgt < 3:148833/149‑1 (MQ=255) ccG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGgtg > 5:135146/1‑149 (MQ=255) cG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACgg > 7:267125/1‑139 (MQ=255) cG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACgg < 8:267125/139‑1 (MQ=255) cG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGgtg > 3:154746/1‑148 (MQ=255) tACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGGTGTACa < 4:90428/149‑1 (MQ=255) | CAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGGTGTACA > NC_002947/5241571‑5241864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |