| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 359,692 | Δ1 bp | 5.3% | intergenic (+52/+68) | gbdR → / ← PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 359,692 | 0 | A | . | 5.3% | 223.2 / 6.7 | 76 | intergenic (+52/+68) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/37); new base . (2/2); total (36/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
GATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTC > NC_002947/359544‑359838 | gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 8:251457/149‑1 (MQ=255)gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 3:297158/149‑1 (MQ=255)gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 3:223149/149‑1 (MQ=255) cGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGCGCTTg > 3:381239/1‑149 (MQ=255) cGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCtt > 3:317922/1‑148 (MQ=255) cATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTCAGCCAGCCGCGCAATGAGACGACATTTGCCAGTCTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTACCACAGGACACCCGCAGAGCTTGAGC‑CAGc > 1:233843/1‑149 (MQ=255) aTGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑g < 4:222433/149‑1 (MQ=255) aTGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑g > 3:227785/1‑149 (MQ=255) aTGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑g > 3:103394/1‑149 (MQ=255) ccTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGAt < 4:227785/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGAt > 3:79044/1‑149 (MQ=255) ccTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGAt > 3:212076/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCtgt < 7:258531/149‑1 (MQ=255) gccgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCtgtg < 5:214818/148‑1 (MQ=255) gccgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCtgtg < 5:314575/148‑1 (MQ=255) gccgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCGGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTgg < 7:343944/149‑1 (MQ=255) cgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTgggg < 8:221523/149‑1 (MQ=255) gcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTggggg > 2:337765/1‑149 (MQ=255) cacaGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGgggc < 6:69798/149‑1 (MQ=255) caGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGAACAAGCCCGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGgagcg < 5:365246/149‑1 (MQ=17) caGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGgagcgg < 2:127805/149‑1 (MQ=21) gggCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCtt > 3:62338/1‑149 (MQ=255) gATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTcc > 6:189784/1‑149 (MQ=255) gcggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGa < 3:282321/149‑1 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa < 7:11373/149‑1 (MQ=255) gcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAgg < 2:5342/149‑1 (MQ=255) cccTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAggg < 2:203486/149‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc < 2:225677/149‑1 (MQ=255) gAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCg < 7:227624/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTCCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCAAGCCCGCTCCCACAGGTCACCAGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTAGGTCCGCGAAGGGGCCGGt > 6:173538/1‑147 (MQ=39) gcgcgcAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 6:96983/149‑1 (MQ=255) cgctcAATGAGTCGACATTTGCCTGTGTAAGGCTCTGACACGGGGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTggg < 2:233843/149‑1 (MQ=255) gcgcAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGgggcggg > 1:189839/1‑120 (MQ=255) gcgcAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGgggcggg < 2:189839/120‑1 (MQ=255) cgcAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGt > 3:305312/1‑148 (MQ=255) aGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGAt < 4:103394/149‑1 (MQ=255) gTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGTCGGTCCTGGGTAAATGGAtt < 5:189784/149‑1 (MQ=255) tCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTa > 8:10064/1‑149 (MQ=255) cGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCg > 5:87213/1‑129 (MQ=255) cGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCg < 6:87213/129‑1 (MQ=255) aTTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcgcgc < 5:1836/149‑1 (MQ=255) ttGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGt > 3:126398/1‑149 (MQ=255) ccAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttg > 4:98884/1‑149 (MQ=255) cAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCGCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CTGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgt < 5:5777/149‑1 (MQ=255) cAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgt < 4:380156/149‑1 (MQ=255) cAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgt < 4:374117/149‑1 (MQ=255) aGTGTACGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTAGTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgtt < 7:321887/149‑1 (MQ=255) aGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgtt < 3:19008/149‑1 (MQ=255) tAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGaa < 4:305312/148‑1 (MQ=255) ggCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTgc < 4:126398/149‑1 (MQ=255) tctGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCCCAACCCCAAGTCACCCCCGGGCCGTGAGC‑CACC‑GGGGATCAGTTGGGGCGGGGTTTTTCCGCGAAGGGGGCGGGACGGGGGAAATTGATTTAGCGCGTTTTTTGTACAGAGcc > 2:193072/1‑149 (MQ=255) tGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCaa > 6:95768/1‑149 (MQ=255) tGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGGAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCaa > 1:62651/1‑149 (MQ=255) acacCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCaa < 4:317922/147‑1 (MQ=255) acacCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCaa < 5:95768/147‑1 (MQ=255) acCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCt > 3:147221/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCGGTCTCTTCGCGG‑GCACGCGCGCTCCCACAGGTAACCCGCTGAGGTTGAGC‑TCGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGATGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCATCGCTg < 5:173538/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTg > 4:324462/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCCGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACTCGTCACCCGCTGTGCTTGCGC‑CCGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTg < 2:62651/149‑1 (MQ=255) cgcgCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTgg < 3:198811/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 4:168269/106‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg > 3:168269/1‑106 (MQ=255) gcCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCaa < 4:79044/149‑1 (MQ=255) gcCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCaa < 7:10064/149‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGtt > 8:204650/1‑149 (MQ=255) ctTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcgc > 8:242342/1‑111 (MQ=255) cgcgG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTGGAACTGCGCCAACGGTGGCCCCCGTTGCTGGt > 6:266394/1‑149 (MQ=255) gg‑gCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGa > 5:9606/1‑149 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGc > 6:83485/1‑149 (MQ=255) cGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGcc > 2:66014/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTgg > 1:148411/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTgg > 5:23489/1‑149 (MQ=255) ccGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGc > 8:149523/1‑149 (MQ=14) cGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGCACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCg > 1:177506/1‑149 (MQ=14) gTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCgg > 8:308424/1‑148 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGc < 1:337765/149‑1 (MQ=255) tCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCgg > 3:1371/1‑147 (MQ=255) aCCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAg > 2:151912/1‑148 (MQ=255) ggAGCTTGCGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCGTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtcgtc < 7:336817/148‑1 (MQ=255) | GATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTC > NC_002947/359544‑359838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |