| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,241,714:1 | +C | 5.7% | coding (158/633 nt) | hmgC ← | maleylacetoacetate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,241,714 | 1 | . | C | 5.7% | 425.7 / 19.4 | 105 | coding (158/633 nt) | hmgC | maleylacetoacetate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (48/51); new base C (3/3); total (51/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-02 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AACCAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGGTG > NC_002947/5241568‑5241860 | aaCCAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑Gt < 5:206327/149‑1 (MQ=255) cAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcg > 3:94243/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCTCCAGCACCTCACCCCCGTCGGTGCGCACGGCCG‑GTCcgc > 2:239868/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcgc > 3:116616/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcgc > 6:73771/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTAcgc > 7:127522/1‑149 (MQ=255) aaTGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGAACCTCCCCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTCcgc > 4:4721/1‑149 (MQ=255) atgatgGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCgcgtaccg > 7:285685/1‑142 (MQ=255) tgatgGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCgg > 2:207690/1‑149 (MQ=255) tgGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGccc > 2:132559/1‑149 (MQ=255) ccgccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGc > 7:254779/1‑149 (MQ=255) ccgccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGc < 8:254779/149‑1 (MQ=255) ccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGCgca < 7:176491/149‑3 (MQ=255) ccACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAGGGCCGCGTAC‑CGGCCTTGCgca < 8:285685/149‑3 (MQ=255) aCCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGtt > 4:148833/1‑149 (MQ=255) ccccccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTg > 3:122609/1‑149 (MQ=255) cccccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGa < 4:84902/149‑1 (MQ=255) cccGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACg > 8:41498/1‑149 (MQ=255) 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caccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAg < 3:310021/149‑1 (MQ=255) ccGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCGCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGt < 4:116616/149‑1 (MQ=255) cGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTg < 2:332028/149‑1 (MQ=255) gTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTgg < 2:70402/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGaa < 2:298554/148‑1 (MQ=255) 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cG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGgtg > 3:154746/1‑148 (MQ=255) | AACCAATGATGGCCGCCACCCCCCGAACCCTGGCCCGTGCCTCGGCGGTGGCCGGCAGCAACGCAGGCTGTGGATAAACCTCTTCCAGGTACTCGATGATCGCCGGCGACTGCACCAGCACCTCACCACCGTCGGTGCGCAAGGCCG‑GTACGCGGCCCTGCGGGTTGACGGCTACATAGCCCTCGCCACGCTGCTCA‑CCC‑‑‑TGCAGCAGGTTGACCGGCAGGGACTGGTAAGCCAGCCCCTTCAGTGCCAGGGCAATGCGCACCCGGTAGGACGAGGTGGAACGGTAATAGGTG > NC_002947/5241568‑5241860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |