New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1117691 = | 43 (0.690) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 6.5% | coding (141/2847 nt) | valS | valine‑‑tRNA ligase |
? | NC_002947 | 1117750 = | 46 (0.790) | coding (82/2847 nt) | valS | valine‑‑tRNA ligase |
CTTTGGCTTCAAGTTGGCGCTCGACCAGCATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATCCATGCGCGGC > NC_002947/1117546‑1117838 | cTTTGTCTTCAAGTTGGCGCTCGACTAGCATCTGCGTGGCGATACCCGAGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGc < 6:109933/149‑1 (MQ=255) tttGGCTTCAAGTTGGCGCTCGACCAGCATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCAtgtg > 2:73592/1‑147 (MQ=255) tGGCTTCAAGTTGGCGCTCGACCAGCATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAg < 1:73592/148‑1 (MQ=255) cccagcttggttatacttcccggctttcccgaataaatgcacagggtcccgccgcgcatggataagacctaccagccgcacgcaatcgaaacttcctggtacaacacctgggagtccgagaactatttcgctccacaagGTGCAGGc < 3:245184‑M1/8‑1 (MQ=255) gACCAGCATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTcgg < 7:212912/147‑1 (MQ=255) gACCAGCATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGCGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATCTGCAGGCTGCCGGTTACGTTcggcg > 2:131736/1‑149 (MQ=255) cATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTcggcggcgg < 8:333665/147‑1 (MQ=255) cATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGa < 3:365999/149‑1 (MQ=255) cATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGa > 5:168890/1‑149 (MQ=255) cATCTGCGGGTGGCTACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGa < 1:135882/149‑1 (MQ=255) cctGGCGATACCCGCGGGATCGCGGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCatga < 2:171740/147‑1 (MQ=255) cGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATc < 6:168890/145‑1 (MQ=255) gTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGCCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCatgat > 1:220144/1‑149 (MQ=255) gATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCTCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGgtgt > 4:259345/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAg > 4:23570/1‑148 (MQ=255) ccGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCatgatg > 8:19442/1‑140 (MQ=255) ccGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCatgatg < 7:19442/140‑1 (MQ=255) agggtcccgccgcgcatggataagacctaccagccgcacgcaatcgaaacttcctggtacaacacctgggagtccgagaactatttcgctccacaagGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGTGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCg < 4:34783‑M1/52‑1 (MQ=255) tGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGCGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGcc > 8:5267/1‑149 (MQ=255) gATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCt > 2:95064/1‑149 (MQ=255) gATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCt > 8:77964/1‑149 (MQ=255) cgccgcgcatggataagacctaccagccgcacgcaatcgaaacttcctggtacaacacctgggagtccgagaactatttcgctccacaagGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCAc > 7:342919‑M1/91‑149 (MQ=255) cgcgcatggataagacctaccagccgcacgcaatcgaaacttcctggtacaacacctgggagtccgagaactatttcgctccacaagGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGTGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCtt > 3:34783‑M1/88‑149 (MQ=255) cTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGTATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTtgt < 7:349760/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTtgt < 3:23570/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCCGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTtgt > 7:320105/1‑149 (MQ=255) tGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTtgtg > 3:64546/1‑149 (MQ=255) gCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTtgtg < 3:259345/147‑1 (MQ=255) gCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTtgtg > 5:67557/1‑147 (MQ=255) ccACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGAGCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGc < 8:271816/147‑1 (MQ=255) aGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATa < 1:210737/149‑1 (MQ=255) aGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATa < 1:95064/149‑1 (MQ=255) tgtCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCt < 2:215435/125‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTtctc > 8:179095/1‑149 (MQ=255) cggcggAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAATTAGTTCTCGGACTCCCAGGtgtt < 7:242612/149‑1 (MQ=255) cggcggAAAAGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGTATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGtgtt < 3:25701/149‑1 (MQ=255) gcggAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGtgttgt < 7:179095/149‑1 (MQ=255) ggATCAGGGCGTCCATGATCGCGGTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAgg > 1:349598/1‑147 (MQ=255) gggCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGttt > 1:382670/1‑147 (MQ=255) gggCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGttt < 2:382670/147‑1 (MQ=255) gggCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTc > 7:43176/1‑148 (MQ=255) ggCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGa < 6:167513/149‑1 (MQ=255) tCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATTGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATtgc < 8:320105/149‑1 (MQ=255) ccATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATtgcg > 1:273596/1‑149 (MQ=255) cATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATACTTCTCGGACTCCCAGGTTTTGTACCAGGAAGTTTCGATtgcgt > 7:181686/1‑149 (MQ=255) cgTTGTTGATCGCGTGGCCCATGTGCAGGGTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTATGACTGGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGTCTCCCAGGTGTTGTACCAGGAATTTTCGATTGCGTGCGGCTgg < 2:349598/149‑1 (MQ=255) cgTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGCCTCCGAGGTGTTGTACCCGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTgg > 6:112890/1‑149 (MQ=255) ttgttgAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTgg > 3:158398/1‑147 (MQ=255) ccGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCACAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATc > 2:243590/1‑149 (MQ=255) ccATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGgtg < 7:91505/98‑1 (MQ=255) ccATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGgtg > 8:91505/1‑98 (MQ=255) ccATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATCCATgcgc > 2:47026/1‑149 (MQ=255) ccATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATCCATgcgc > 6:213175/1‑149 (MQ=255) cATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATc < 8:21606/141‑1 (MQ=255) cATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATc > 7:21606/1‑141 (MQ=255) tgtgCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATCCATGCgcggc < 7:5267/149‑1 (MQ=255) | CTTTGGCTTCAAGTTGGCGCTCGACCAGCATCTGCGTGGCGATACCCGCGTGATCGGTGCCTGGCTGCCACAGGGTGTCGCGGCCTTGCATGCGGCGGAAACGGATCAGGGCGTCCATGATCGCGTTGTTGAACCCGTGGCCCATGTGCAGGCTGCCGGTTACGTTCGGCGGCGGGATCATGATGGTGTAGGACTCGCCTGCACCTTGTGGAGCGAAATAGTTCTCGGACTCCCAGGTGTTGTACCAGGAAGTTTCGATTGCGTGCGGCTGGTAGGTCTTATCCATGCGCGGC > NC_002947/1117546‑1117838 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |