New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1488038 | 50 (0.810) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 5.7% | coding (285/1209 nt) | degS | serine endoprotease DegS |
? | NC_002947 | = 1488075 | 52 (0.870) | coding (248/1209 nt) | degS | serine endoprotease DegS |
GGCGCCGCTGGTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGA > NC_002947/1487891‑1488186 | ggCGCCGCTGGTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGG < 6:106657‑M1/148‑1 (MQ=255) gccgcTGGTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGACCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGtcga > 8:176438‑M1/1‑145 (MQ=255) cgcTGGTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCtt < 4:321585/149‑1 (MQ=255) gTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTTATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTTCGGGTGTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGtt < 1:249242/149‑1 (MQ=255) gTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGt < 7:56134/148‑1 (MQ=255) gACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTca < 4:34281/149‑1 (MQ=255) aCATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTca < 4:39096/148‑1 (MQ=255) cATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGAGTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGGTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGTACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTcacc < 6:238186/149‑1 (MQ=255) ggTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGAAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGT‑GGCGCTTTTGTTCACCACCt > 2:306970/1‑149 (MQ=255) gttgttGGTCAGCAGGTAGCCCTCTTGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCaccacc < 4:303472/148‑1 (MQ=255) gttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtg < 1:79828/148‑1 (MQ=255) ttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATT‑CCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtggtg < 8:183126/149‑1 (MQ=255) gTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTggtggt < 6:52551/149‑1 (MQ=255) cagcagGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGgtggtg > 2:249412/1‑148 (MQ=255) cagcagGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGgtggtg > 4:295311/1‑148 (MQ=255) agGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAg < 4:106110/149‑1 (MQ=255) gTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGt > 8:64271/1‑149 (MQ=255) ggCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGccaacctgtacaccaccaaggtggtgaacaaaagcgcccacccg < 2:283846‑M1/148‑45 (MQ=255) ggCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCAccgcc > 2:277123/1‑149 (MQ=255) gCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGccaacctgtacaccaccaaggtggtgaacaaaagcgcccacccgc < 6:44563‑M1/148‑46 (MQ=255) gCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGccaacctgtacaccaccaaggtggtgaacaaaagcgcccacccgc > 5:44563‑M1/1‑103 (MQ=255) aTGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCggg < 7:64271/147‑1 (MQ=255) aTGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCCCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCggg < 1:273337/147‑1 (MQ=255) gATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCGGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACGTTGGTGGTGTACAGGTTGGCGACCGCCGGggcgg > 8:252778/1‑149 (MQ=255) aCCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCTCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCACCGGGGCGGCCa < 7:188510/148‑1 (MQ=255) ccgAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGt > 5:216306/1‑148 (MQ=255) cAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcg‑t > 1:125330/1‑149 (MQ=255) aGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcg‑tc > 4:222093/1‑149 (MQ=255) gATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCAcggcg‑tcggcgt < 2:170830/148‑1 (MQ=255) ccAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAgg < 7:174552/103‑1 (MQ=255) ccAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAgg > 8:174552/1‑103 (MQ=255) ccAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAgg < 6:85537/127‑1 (MQ=255) ccAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAgg > 5:85537/1‑127 (MQ=255) ggcgCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCggg < 4:78443/149‑1 (MQ=255) cgcTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGcc < 1:277123/149‑1 (MQ=255) gcTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCt < 3:295311/149‑1 (MQ=255) tttGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGc < 6:216306/148‑1 (MQ=255) gggCAGGTTACCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGa > 7:313128/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATc > 2:159812/1‑149 (MQ=255) cAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATcc < 7:143530/149‑1 (MQ=255) aGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGT‑GGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCgg < 1:306970/149‑1 (MQ=255) ggTTACCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCgg < 8:313128/149‑1 (MQ=255) ggtATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCAGCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCggg < 7:252778/147‑1 (MQ=255) gTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCggg > 1:322523/1‑149 (MQ=255) ttATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGATCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCggg < 1:249412/149‑1 (MQ=255) gCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTc < 3:80581/148‑1 (MQ=255) gCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCt < 7:16583/149‑1 (MQ=255) ccGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCtg > 2:253323/1‑149 (MQ=255) aaCTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAg < 2:322523/149‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTtg < 6:337880/142‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTtg > 5:337880/1‑142 (MQ=255) cGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGtt < 2:125330/147‑1 (MQ=255) gggTCTTGGATGAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCTCCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACGGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGAc < 1:327922/149‑1 (MQ=255) gTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGt > 2:331779/1‑149 (MQ=255) aaCAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCctggct > 8:37148/1‑149 (MQ=255) gCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGccacccgctgttcgaagacccgcagttccgccgcttcttcggcgataacctgcccaaacagcgccgctgggaatcaagcctgggttcggcggtaatcatgagc < 6:44563‑M2/148‑104 (MQ=255) gCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGccacccgctgttcgaagacccgcagttccgccgcttcttcggcgataacctgcccaaacagcgccgctgggaatcaagcctgggttcggcggtaatcatgagc > 5:44563‑M2/1‑45 (MQ=255) cGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGccacccgctgttcgaagacccgcagttccgccgcttcttcggcgataacctgcccaaacagcgccgctgggaatcaagcctgggttcggcggtaatcatgagcc < 2:283846‑M2/148‑105 (MQ=255) ggCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGa > 7:62217/1‑149 (MQ=255) | GGCGCCGCTGGTGACATGGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCG‑TCGGCGTACGACACCGGGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGA > NC_002947/1487891‑1488186 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |