Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 62,077 | G→T | 8.7% | E108* (GAA→TAA) ‡ | PP_0053 → | sulfide:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 62,077 | 0 | G | T | 8.7% | 124.3 / 4.4 | 46 | E108* (GAA→TAA) ‡ | PP_0053 | sulfide:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/20); new base T (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.89e-02 |
GGTGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTCAAGCAAG > NC_002947/61930‑62224 | ggTGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGa < 4:380516/149‑1 (MQ=255) gTGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGaa < 3:335032/149‑1 (MQ=255) tGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCTTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCTGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAAc < 8:98759/149‑1 (MQ=255) cGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGc > 3:343386/1‑149 (MQ=255) tgtgtTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGa > 6:169917/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTGTTCATAGCTGAtggc < 2:185501/149‑4 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCg > 8:320415/1‑148 (MQ=255) tCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTGTTCATAGCTGAtggc < 1:356600/148‑4 (MQ=255) cACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGcccc > 8:287970/1‑149 (MQ=255) aCCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGAt > 2:345441/1‑138 (MQ=255) aCCAAGCACTGCCCGCACCATCGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGAt < 1:345441/138‑1 (MQ=255) aaGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGcc > 3:75687/1‑149 (MQ=255) cACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGa > 2:258575/1‑123 (MQ=255) cACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGa < 1:258575/123‑1 (MQ=255) gCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGggcggc > 3:11133/1‑149 (MQ=255) gACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTg < 8:348457/149‑1 (MQ=255) cTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTc > 4:54187/1‑149 (MQ=255) tCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCt > 3:180406/1‑147 (MQ=255) gcgGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCa < 7:320415/147‑1 (MQ=255) cgGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCg < 4:75687/149‑1 (MQ=255) ggTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCga < 6:390565/149‑1 (MQ=255) tCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCACACGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGATCAGCGAGACCCTGGGCCg > 8:337499/1‑148 (MQ=255) aaGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCaa < 4:343386/149‑1 (MQ=255) cgGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGgtgt < 4:11133/149‑1 (MQ=255) gTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCAc > 4:23850/1‑149 (MQ=255) ggATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCaa > 2:183397/1‑149 (MQ=255) aTTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAAc > 6:33736/1‑148 (MQ=255) gACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATc < 3:23850/148‑1 (MQ=255) ccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGCCTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTa > 6:125127/1‑149 (MQ=255) ccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTa > 2:274608/1‑149 (MQ=255) cATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTAc < 7:287970/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTgg > 3:342824/1‑149 (MQ=255) gTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCTCCCt < 5:330000/148‑1 (MQ=255) gTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGACCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCta > 6:351391/1‑149 (MQ=255) atgGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTg < 1:183397/149‑1 (MQ=255) gTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGt < 5:33736/148‑1 (MQ=255) gTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTg < 1:274608/149‑1 (MQ=255) agacgaTCAGCTGTTCATAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGCCCCTGGGCCGCAACGGTGTCCCCTCCAAATATCGCTACGACCTGGAACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCa > 7:275973/6‑148 (MQ=255) gacgaTCAGCTGTTCATAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCaa > 7:101199/5‑148 (MQ=255) gacATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGTGCCGCAACTGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCaaaa < 7:337499/147‑1 (MQ=255) aGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTg < 8:321823/135‑1 (MQ=255) aGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTg > 7:321823/1‑135 (MQ=255) cTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTcaag > 1:181368/1‑148 (MQ=255) tATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTcaagc > 3:163453/1‑148 (MQ=255) aTGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCaaaa < 6:11756/139‑1 (MQ=255) aTGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCaaaa > 5:11756/1‑139 (MQ=255) gAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTcaagcaag > 1:335043/1‑148 (MQ=255) | GGTGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACAGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTCAAGCAAG > NC_002947/61930‑62224 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |