| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,515,847 | T→A | 6.0% | M150K (ATG→AAG) ‡ | aat → | leucyl/phenylalanyl‑tRNA‑‑protein transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,515,847 | 0 | T | A | 6.0% | 274.4 / 3.8 | 94 | M150K (ATG→AAG) ‡ | aat | leucyl/phenylalanyl‑tRNA‑‑protein transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/44); new base A (3/3); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCCGCGCCTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAACCACCTGCACAGCCTGGGC > NC_002947/4515700‑4515995 | gcgccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCCCCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATg > 3:229827/1‑149 (MQ=255)gcgccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGATGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATg > 7:209789/1‑149 (MQ=255) cgccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCAt < 7:360916/147‑1 (MQ=255) cgccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCAt < 2:123048/147‑1 (MQ=255) cgccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATgg < 2:19617/149‑1 (MQ=255) cgccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGGCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATgg < 7:365936/149‑1 (MQ=255) gccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAAGTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATggg > 4:65185/1‑149 (MQ=255) ccgcgccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGc < 2:54235/149‑1 (MQ=255) gccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCCATGGCCAga < 2:323409/149‑2 (MQ=255) ccTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCCATGGCCAga < 8:241824/148‑2 (MQ=255) ccTCGCGACTACGCTGACGGCAACTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCCATGGCCAga > 7:241824/1‑147 (MQ=255) gcgACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTc > 6:393640/1‑149 (MQ=255) gcgACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTc < 2:30584/149‑1 (MQ=255) gACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCAACGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCtt > 7:309800/1‑149 (MQ=255) cTACGCTGTCGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTg < 1:156645/149‑1 (MQ=255) cGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTgg < 6:371591/147‑1 (MQ=255) gCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCg > 8:122818/1‑148 (MQ=255) aCCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGtt < 6:120187/149‑1 (MQ=255) cTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCCATGGCCAgacc < 4:321822/127‑4 (MQ=255) cTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCCATGGCCAgacc > 3:321822/1‑124 (MQ=255) cTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGtt > 6:235492/1‑147 (MQ=255) cTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGtt > 4:275778/1‑147 (MQ=255) ggATCACCGCCACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGc > 6:195091/1‑149 (MQ=255) ggATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGc > 1:112672/1‑149 (MQ=255) aCCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCgcgc > 1:151787/1‑149 (MQ=255) 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cAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTAt > 2:108459/1‑149 (MQ=255) aGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATc > 2:271990/1‑149 (MQ=255) cGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACt > 2:163134/1‑149 (MQ=255) gCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGc < 1:108459/149‑1 (MQ=255) gCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGc < 2:151787/149‑1 (MQ=255) gCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGc < 5:194074/149‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGGGGGCCTCTACGGTCTGGCCATGGGACACCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCa > 4:194088/1‑149 (MQ=255) tGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGCCCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATg > 5:128841/1‑149 (MQ=255) ggcGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGcc < 4:229827/147‑1 (MQ=255) gTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATg < 2:186217/147‑1 (MQ=255) gggggCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGac < 4:277661/149‑1 (MQ=255) gCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGaccaac > 7:64835/1‑149 (MQ=255) gCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGaccaac < 8:64835/149‑1 (MQ=255) gCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGaccaac < 7:323730/149‑1 (MQ=255) ccTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGaccaacc < 5:264493/149‑1 (MQ=255) cTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGAc > 6:374145/1‑129 (MQ=255) cTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGAc < 5:374145/129‑1 (MQ=255) cTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGaccaacca > 6:27258/1‑149 (MQ=255) tGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTCCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAaccac > 1:339547/1‑149 (MQ=255) gTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAaccacc > 5:44314/1‑149 (MQ=255) cGGGCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAAGCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGCTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAACCACCTGc < 6:187039/149‑1 (MQ=255) aTGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGc < 4:144992/124‑1 (MQ=255) aTGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGc > 3:144992/1‑124 (MQ=255) tGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAACCACCTGCACAGCCTGGgc < 8:209789/149‑1 (MQ=255) tGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAACCACCTGCACAGCCTGGgc < 2:73809/149‑1 (MQ=255) tGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGAAGTTCAGCCGCGCCGACCACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGCCCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAACCACCTGCACAGCCTGGgc < 4:86651/149‑1 (MQ=255) | GCGCCGCGCCTCGCGACTACGCTGACGGCACCTGGATCACCGACACCATGCGCAACGCCTACTGCGAACTGCACCGCCGTGGCATCGCCCATTCGGTCGAAGTTCGCCAGGACGGCGAACTGGTCGGGGGCCTGTACGGTCTGGCCATGGGCCAGCTGTTCTTTGGCGAATCGATGTTCAGCCGCGCCGACAACGCCTCCAAGGTCGGTTTCGTGACCTTGGTCAACCACCTGCGAGACGCCGGCTTCGTGCTTATCGACTGCCAGATGCCGACCAACCACCTGCACAGCCTGGGC > NC_002947/4515700‑4515995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |