| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,662,843 | C→G | 6.0% | A569A (GCC→GCG) | nuoG → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,662,843 | 0 | C | G | 6.0% | 259.3 / 6.4 | 84 | A569A (GCC→GCG) | nuoG | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/32); new base G (2/3); total (49/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
AAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCTGGTGCTGCCGGCCGCCTCGTTCGCCGAAGGCGACGGTACCCTGGTCAGCC > NC_002947/4662698‑4662991 | aaaaCGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCcgc > 2:243017/1‑149 (MQ=255) aaaCGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCcgcg > 3:368024/1‑149 (MQ=255) gCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCGGGCGTAcag < 2:49487/149‑3 (MQ=255) cTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCTGCTGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACATGTACGCCCGCGTACCgg > 7:98281/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCgg > 2:294908/1‑149 (MQ=255) cGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgcc > 3:314638/1‑149 (MQ=255) gCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCGGGCGTACAggt < 3:31968/147‑2 (MQ=255) gCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgccg > 6:75150/1‑149 (MQ=255) tGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgccgc > 7:217716/1‑148 (MQ=255) gAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCGGGCGTACAgg < 1:45647/143‑1 (MQ=255) gAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCGGGCGTACAgg > 2:45647/1‑143 (MQ=255) aGCCTGGTGGTGCCTGACGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGGGGCGAGTCGGTCGATCCCGCCCTCGCCGCGGGCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGCAA‑AACGCCCTGTACGCCCGCGTACCGCCCGCCaa < 6:118490/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAg < 4:44642/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAgg > 2:130135/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGt < 1:294908/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGCGTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGGTCGGGGGCTAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGGGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGt < 5:229719/149‑1 (MQ=255) ggtggtGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTc > 7:10435/1‑148 (MQ=255) ggtggtGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCg < 3:91619/149‑1 (MQ=255) gtggtgCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCg < 4:8390/148‑1 (MQ=255) gtgCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGCAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGAtgc > 1:214580/1‑149 (MQ=255) gCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGa < 7:363975/144‑1 (MQ=255) gCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGAACCGGCCGCCAAGGTCGa > 8:363975/1‑144 (MQ=255) tGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGccc > 5:176632/1‑149 (MQ=255) aGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTg < 2:214580/149‑1 (MQ=255) ccAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGt < 7:10901/133‑1 (MQ=255) ccAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGt > 8:10901/1‑133 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGc < 7:218280/149‑1 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATCCCATCCTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGc > 3:171343/1‑149 (MQ=255) aCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCg < 8:217716/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAgg < 8:10435/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAggtg > 4:307628/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCATGGCTGCGGCCAAggtg > 1:57741/1‑149 (MQ=255) ggCCATGCTCGGTGGCGAGTCGCTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGa > 4:38681/1‑149 (MQ=255) gCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGAt > 4:149147/1‑149 (MQ=255) ccATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGCACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATc < 4:298201/149‑1 (MQ=255) gCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTg > 4:140989/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTg > 2:175138/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTg > 6:386879/1‑149 (MQ=255) ggTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGcc < 3:307628/147‑1 (MQ=255) gAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTc > 4:233174/1‑149 (MQ=255) ggtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCaaaa > 1:152847/1‑149 (MQ=255) gtcgATGTCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCaaacc > 8:322208/1‑147 (MQ=255) gtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAAc > 1:230788/1‑149 (MQ=255) 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cccTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTc < 4:33618/149‑1 (MQ=255) cTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGa > 4:170125/1‑149 (MQ=255) cgcgGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTg < 8:111667/116‑1 (MQ=255) cgcgGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTg > 7:111667/1‑116 (MQ=255) gcgGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCgcgc > 7:150812/1‑149 (MQ=255) cgGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGcc < 5:75150/149‑1 (MQ=255) ggTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGccc < 4:354976/149‑1 (MQ=255) tcatcaGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCAc > 4:84652/1‑149 (MQ=255) tcatcaGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCAc < 3:149147/149‑1 (MQ=255) tcatcaGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTAGACCGCGCCCAc > 8:301397/1‑149 (MQ=255) atcaGCGGCAAATCCGATGCCATCGTTGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTTATCGTTGCCGACGACTCCAAATCCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCt < 4:171343/149‑1 (MQ=255) caGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAA‑AACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAg < 8:159269/94‑1 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> NC_002947/4662698‑4662991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |