| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,667,365 | C→G | 6.2% | A377A (GCC→GCG) | nuoL → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,667,365 | 0 | C | G | 6.2% | 257.5 / 6.5 | 81 | A377A (GCC→GCG) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/40); new base G (3/2); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
GGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAACACCGGCCTGCTGTATGCCGGCCTGGTAGGCGCGTTCATGA > NC_002947/4667223‑4667513 | gggACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGc > 8:81938/1‑148 (MQ=255)gggACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCACAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGc > 8:219366/1‑148 (MQ=255) cggcgATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTc < 2:103858/149‑1 (MQ=255) gcgATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCGTAGGCCAGcggcag < 7:327817/149‑6 (MQ=255) gcgATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGt < 7:240283/149‑1 (MQ=255) cTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCGTAGGCCAGcgg > 7:280088/1‑139 (MQ=255) cTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCGTAGGCCAGcgg < 8:280088/141‑3 (MQ=255) ttCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCgg > 4:77961/1‑149 (MQ=255) ccACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCggtg > 5:157267/1‑149 (MQ=255) aCCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCggtggt < 2:18665/149‑1 (MQ=255) atgcCCCCCGCCGTCCTCCACGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGGCCCCGTTCCCTGACACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGCGCGGCCTGT‑GCAAGAAACAGCCGATCGCCTACGCCAGCGGCGTGGTCGGTGGTGCGGc < 8:152262/149‑1 (MQ=255) ccACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTgg > 5:289591/1‑149 (MQ=255) cACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTggc < 7:81938/149‑1 (MQ=255) cGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTggcgg < 1:88388/149‑1 (MQ=255) cGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTggcgg < 7:289077/149‑1 (MQ=255) cttcttCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGccc > 1:294026/1‑149 (MQ=255) ttcAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCggtgg > 3:220329/1‑128 (MQ=255) ttcAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGcc > 3:350769/1‑149 (MQ=255) ttcAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGGGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCggtgg < 4:220329/128‑1 (MQ=255) cAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTCCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGa > 1:218596/1‑149 (MQ=255) aaGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGAt > 3:268131/1‑149 (MQ=255) cggCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGGGATCGGTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATc < 4:268131/148‑1 (MQ=255) aGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCCAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGGGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATc < 7:246171/149‑1 (MQ=255) aGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATc < 8:6468/149‑1 (MQ=255) ggCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCg > 2:325638/1‑149 (MQ=255) gctgTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCg > 6:376373/1‑149 (MQ=255) tgTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTa < 7:309764/149‑1 (MQ=255) ttCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGCTGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTa < 8:3325/147‑1 (MQ=255) ttCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAg < 3:199377/148‑1 (MQ=255) ccTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTa < 8:238621/148‑1 (MQ=255) ccTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACAACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTAGGTGGTGCGGCACTCGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGATTCTAc > 8:103429/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTcc < 1:375947/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTc > 1:330180/1‑148 (MQ=255) ggtgcggtgATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCaa < 5:158111/149‑1 (MQ=255) cggtgATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCGTCGTGGGCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGa < 2:349603/148‑1 (MQ=255) gtgATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGAc > 2:345845/1‑147 (MQ=255) ttGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCctc > 1:367317/1‑149 (MQ=255) cctgccACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTgg > 6:185581/1‑149 (MQ=255) ccaccaCGAGCATAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGaa < 7:219366/148‑1 (MQ=255) caccacGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGc < 3:77961/149‑1 (MQ=255) ccacGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCt > 7:63527/1‑149 (MQ=255) ccacGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCt > 6:72521/1‑149 (MQ=255) acGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCg < 7:95973/66‑1 (MQ=255) acGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCg > 8:95973/1‑66 (MQ=255) acGAGCAGAAAATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTc < 8:325864/149‑1 (MQ=255) gAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGTGGGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGTTGCGGCACTGGCGCCCATGCCGATCGTGCCCGTAGGATTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGaa > 1:238623/1‑142 (MQ=255) gAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGGACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGaa < 2:238623/141‑1 (MQ=255) gAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGc < 2:367317/149‑1 (MQ=255) aGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGc < 3:175117/149‑1 (MQ=255) aaCATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCgg > 7:362446/1‑149 (MQ=255) aCATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCgg < 7:103429/148‑1 (MQ=255) cTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAaca > 2:299997/1‑149 (MQ=255) ttCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAacac > 5:350409/1‑149 (MQ=255) ttCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAacac > 4:318036/1‑149 (MQ=255) tCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAACAcc > 2:54675/1‑149 (MQ=255) aaGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAACACCgg > 5:277916/1‑149 (MQ=255) 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ccTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAACACCGGCCTGCTGTATGCCGGCCTGGTAGGCGCGTTCAt > 6:131799/1‑148 (MQ=255) cTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAACACCGGCCTGCTGTATGCCGGCCTGGTAGGCGCGTTCATGa < 8:127953/149‑1 (MQ=255) | GGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCGGCCTGT‑GGAAGAAACTGCCGCTGGCCTACGCCAGCTTCGTGGTCGGTGGTGCGGCACTGGCGGCCCTGCCGATCGTGACCGTAGGCTTCTACTCCAAGGACGAGATCCTCTGGGAAGCCTTCGCCAGCGGCAACACCGGCCTGCTGTATGCCGGCCTGGTAGGCGCGTTCATGA > NC_002947/4667223‑4667513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |