Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,738,324 | C→T | 100% | G16S (GGC→AGC) | sdhA ← | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,738,324 | 0 | C | T | 100.0% | 172.7 / NA | 51 | G16S (GGC→AGC) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (23/28); total (23/28) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGCC > NC_002947/4738184‑4738466 | gTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGTCGGCGCCGCCGCTACCgatg > 1:154894/1‑148 (MQ=255) gTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatga > 1:169997/1‑149 (MQ=255) gTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatga > 8:170678/1‑149 (MQ=255) gCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatgatgat < 2:354625/149‑1 (MQ=255) gCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGCCGGATACGCTGTGCGAACGGGTCGGCAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTAGTGCCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCCATACCgatgatgat > 3:45403/1‑149 (MQ=255) gCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCGGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGTGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatgatgat < 2:360290/149‑1 (MQ=255) gAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGc < 7:353240/149‑1 (MQ=255) aGGTGATGCCGCCCTTGGCGGATACGGTGTTCGAACGGGGCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATg < 5:221562/149‑1 (MQ=255) tGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGtt < 3:21161/149‑1 (MQ=255) gATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTg > 7:17556/1‑149 (MQ=255) gATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTg > 5:318672/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTg < 7:170678/148‑1 (MQ=255) gccgccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGaa < 4:27390/135‑1 (MQ=255) gccgccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGaa > 3:27390/1‑135 (MQ=255) gccgccCTGGGCGGATACGGGGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGa < 1:141651/148‑1 (MQ=255) ccgccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGaa < 3:59762/148‑1 (MQ=255) gccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGc < 7:179053/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCGGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGc > 2:185695/1‑147 (MQ=255) ccTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGGCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTTTAATGCTa < 6:368113/149‑1 (MQ=255) cTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAg > 7:198166/1‑149 (MQ=255) ggCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGcc < 2:368293/148‑1 (MQ=255) cGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATg < 6:318672/149‑1 (MQ=255) ggATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATgg < 6:129323/149‑1 (MQ=255) ggATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATgg < 5:319542/149‑1 (MQ=255) cGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCa < 8:17556/148‑1 (MQ=255) cGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAg < 4:188002/149‑1 (MQ=255) gtgtGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGAt < 1:345936/149‑1 (MQ=255) cGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAcccc < 2:169997/149‑1 (MQ=255) gAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAccc > 2:82004/1‑147 (MQ=255) gggTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCagag > 3:145732/1‑148 (MQ=255) gggAAGAGCTTGGTGACTACGGCTGTCTTGTGGCCTCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCt < 8:198166/148‑1 (MQ=255) cGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGt > 8:111260/1‑147 (MQ=255) ggCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAg > 6:335024/1‑149 (MQ=255) aGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGa < 3:131949/149‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATc > 5:254357/1‑149 (MQ=255) gccgccTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCaa > 3:31394/1‑149 (MQ=255) ccgccTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAAc < 4:31394/149‑1 (MQ=255) cgccTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAAcg > 3:250698/1‑149 (MQ=255) gAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCa > 1:203571/1‑148 (MQ=255) ccAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATAcc > 4:38364/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTg < 6:162675/148‑1 (MQ=255) cAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTgg < 6:254357/148‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGTAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGa > 3:220573/1‑147 (MQ=255) gcgcTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATTCCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGa < 4:220573/147‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGaa > 6:341745/1‑148 (MQ=255) cgcgcATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGaaa < 3:38364/149‑1 (MQ=255) gcgcATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAAc < 4:145732/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAAt > 6:86041/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCg < 5:341745/148‑1 (MQ=255) ggCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATCCCCCAGAGAATCTGCAAACCCCAGACGAAGTAACCGACCATCGCAACGCCGCATAACGCCTGGAACCGGAACCGAAACGCAg > 3:114217/1‑149 (MQ=255) acgccgccgcTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGt > 6:217226/2‑149 (MQ=255) gccgccgctACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGa < 6:90611/89‑1 (MQ=255) gccgccgctACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTg < 3:133039/149‑1 (MQ=255) cgccgctACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGcc < 4:250698/149‑1 (MQ=255) gccgctACCGATGATGATGGCGTCGAAGCAAATGGTTGGAATGCTAGCAATGGAACAGATACCCAAGAGAATCTGCGCACCCCAGACGAAGTAAGCGATCATCGCAACGCCGCAAACCGCCTGGAACAGGAAACGATTCGCAGTGGcc > 8:35306/1‑148 (MQ=255) | GTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACAGGAAACGAATCGCAGTTGCC > NC_002947/4738184‑4738466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |