Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,824,152 | C→T | 8.7% | E2346E (GAG→GAA) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,824,152 | 0 | C | T | 8.7% | 128.2 / 2.3 | 46 | E2346E (GAG→GAA) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/25); new base T (2/2); total (19/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 |
CAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGG > NC_002947/4824011‑4824293 | cAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAGTTCGCCAt < 1:375552/149‑1 (MQ=255) cAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCAt < 5:371741/149‑1 (MQ=255) gTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATgg < 1:24796/149‑1 (MQ=255) cacacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGccc > 3:4871/1‑149 (MQ=255) cacacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATAGCTGACCACCACGccc > 1:229534/1‑149 (MQ=255) cacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCtt < 1:349931/149‑1 (MQ=255) cacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCtt > 3:123356/1‑149 (MQ=255) caacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCCGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTgg < 1:45921/149‑1 (MQ=255) aacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTggg > 6:289994/1‑149 (MQ=255) acaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAACTTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGt < 4:204063/149‑1 (MQ=255) aGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGttt < 4:4871/149‑1 (MQ=255) ggCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGcc < 5:66053/149‑1 (MQ=255) cccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTg < 4:184328/149‑1 (MQ=255) cctcatgcgcTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGTTAGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCTCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTgg < 8:154797/143‑1 (MQ=255) ccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTg > 6:393554/1‑148 (MQ=255) acaGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAg > 4:117360/1‑149 (MQ=255) gcgcTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTg < 6:9490/149‑1 (MQ=255) ctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCGATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAgg < 5:326204/149‑1 (MQ=255) gctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGgtgt < 8:87391/149‑1 (MQ=255) aGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCa < 5:368608/149‑1 (MQ=255) aGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCa < 2:93128/149‑1 (MQ=255) aaTTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGc < 5:289994/148‑1 (MQ=255) gAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGtgctg > 3:14072/1‑149 (MQ=255) aaTAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGtgctgc > 8:257993/1‑149 (MQ=255) aaTAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGtgctga > 2:76166/1‑148 (MQ=255) tAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCgg > 3:212423/1‑149 (MQ=255) aaaTGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGACTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAg < 5:55987/149‑1 (MQ=255) aTGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGc < 4:123356/149‑1 (MQ=255) cAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTg < 5:393554/148‑1 (MQ=255) cTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGt > 3:165535/1‑149 (MQ=255) cGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTg > 3:256229/1‑149 (MQ=255) gCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGtt < 4:14072/147‑1 (MQ=255) tcGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCgg < 4:212423/149‑1 (MQ=255) cATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGc > 3:291016/1‑149 (MQ=255) aaTGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCTCGACCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGTTGTAGATCAGGTAATACTGGTGCTGCGGCAGGATGAGGTTGTCCAGCTGTGCATCGCTGTAgtc > 1:255120/1‑147 (MQ=255) gATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGAGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGc > 1:301670/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggc < 4:256229/149‑1 (MQ=255) ccGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcg < 4:165535/149‑1 (MQ=255) ccGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcg < 2:213366/149‑1 (MQ=255) ccTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCATGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCa > 7:99372/1‑149 (MQ=255) tGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATc < 4:291016/149‑1 (MQ=255) tcagccATGGCTATTTCGCCATGGCTGACCACCACGCCGTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAgg < 2:50433/122‑1 (MQ=255) tcagccATGGCGAGTTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAgg > 1:50433/6‑127 (MQ=255) ccATGGCGAGTTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTc > 5:2814/2‑148 (MQ=255) aTGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGACTCCTTATCATTAAATATTAGTTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAg > 2:380602/1‑149 (MQ=255) tGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAgg < 2:275463/149‑1 (MQ=255) | CAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGG > NC_002947/4824011‑4824293 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |