| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,972,881 | A→T | 9.0% | F223I (TTT→ATT) | flgL ← | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,972,881 | 0 | A | T | 9.0% | 171.2 / 5.9 | 64 | F223I (TTT→ATT) | flgL | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/24); new base T (4/2); total (38/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
GCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGC > NC_002947/4972734‑4973028 | gcAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAAc > 3:251531/1‑149 (MQ=255) cAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACt < 6:252660/149‑1 (MQ=255) agaTCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTg < 7:192713/149‑1 (MQ=255) tcTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATCCGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAg > 4:226815/1‑149 (MQ=255) gccgccTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAATCAGTTTGCCgctg < 5:191661/145‑4 (MQ=255) gccgccTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAggtgg > 1:390139/1‑149 (MQ=255) gccgccTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAg < 4:251531/145‑1 (MQ=255) gccgccTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAg < 3:286495/145‑1 (MQ=255) ccgccTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAggtgg < 2:390139/148‑1 (MQ=255) cgccTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGgtggtg > 4:188686/1‑149 (MQ=255) cGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCg < 5:95413/147‑1 (MQ=255) tATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGt > 3:252279/1‑148 (MQ=255) ttGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCaa > 2:57900/1‑149 (MQ=255) aCGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAg > 8:87706/1‑149 (MQ=255) aCGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAg > 2:362892/1‑149 (MQ=255) gTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGgc > 3:267892/1‑149 (MQ=255) gTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATAAGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGgc > 3:358179/1‑149 (MQ=255) ccttgccGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGccaccaacaa > 8:5473/1‑143 (MQ=255) tCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATACCTCACGCTGTACTCGGAGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGt > 1:64999/1‑148 (MQ=255) cATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGAc > 3:211015/1‑131 (MQ=255) cATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGAc < 4:211015/131‑1 (MQ=255) aTTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCAt > 5:202614/1‑149 (MQ=255) ttGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGAGGCAAAATGATTGCAGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATTCCTTGCCGTCATc > 1:117712/1‑149 (MQ=255) gTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCgg > 3:188688/1‑149 (MQ=255) tGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGGACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGc > 3:268483/1‑149 (MQ=255) tCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACgg < 6:293295/149‑1 (MQ=255) tCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTAGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACgg > 1:36432/1‑149 (MQ=255) aTTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTg > 1:157759/1‑149 (MQ=255) aTTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTg > 4:123855/1‑149 (MQ=255) ggcggcATCCCTCACGCTGCACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCa < 4:268483/149‑1 (MQ=255) gcggcATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAg > 3:305128/1‑149 (MQ=255) gcggcATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAg > 8:150906/1‑149 (MQ=255) aTCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAgg > 3:52201/1‑89 (MQ=255) aTCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAgg < 4:52201/89‑1 (MQ=255) tCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑a < 5:162816/149‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACt > 3:367191/1‑149 (MQ=255) ccTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCCGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACt > 2:111865/1‑149 (MQ=255) cTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTg > 5:245475/1‑149 (MQ=255) aCGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTggg < 3:226815/148‑1 (MQ=255) aCGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTgg < 3:123855/147‑1 (MQ=255) aCGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTgg < 7:87706/147‑1 (MQ=255) gCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGc < 6:245475/149‑1 (MQ=255) tACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCt > 5:157349/1‑149 (MQ=255) ggTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCtgtt < 6:202614/147‑1 (MQ=255) gCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTtgg < 4:188688/148‑1 (MQ=255) cACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTtggtg < 3:188686/149‑1 (MQ=255) aCTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGCGTGCGGCTGTAGTtcgtgg > 7:116815/1‑149 (MQ=255) gTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTgttgtt < 6:301139/140‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTgttgtt > 5:301139/1‑140 (MQ=255) gACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGaaaa > 5:334608/1‑149 (MQ=255) 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6:349303/4‑149 (MQ=255) ctacGGCAATCAGTTTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCg > 8:129034/4‑149 (MQ=255) cGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTg < 4:252279/149‑1 (MQ=255) cAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTc > 3:194348/1‑149 (MQ=255) aaaCTGATTGCCGTAGGTGGGGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGTGTTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTc < 1:111865/149‑1 (MQ=255) aaCTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGc > 2:3402/1‑149 (MQ=255) aCTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGc > 6:73094/1‑148 (MQ=255) | GCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCG‑ACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGC > NC_002947/4972734‑4973028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |